Anotació de selenoproteïnes en el genoma d'Aotus nancymaae

Kun M, Rodríguez E, Sans M, Vall G, Yemelyanenko J

Bioinformàtica. Universitat Pompeu Fabra. Barcelona, 2015

L'objectiu d'aquest projecte de Bioinformàtica consisteix en identificar les selenoproteïnes i la maquinària necessària per a la síntesi d'aquestes en el genoma d'Aotus nancymaae, un primat típic de Sud-Amèrica, mitjançant la comparació homòloga amb el genoma d’Homo Sapiens, a on les selenoproteïnes es troben millor caracteritzades.

Les selenoproteïnes són proteïnes que incorporen a la seva cadena peptídica l'aminoàcid 21, la Selenocisteïna (Sec, U). Aquest aminoàcid està codificat pel codó UGA, que és un codó de terminació de la traducció. Per tal de que es dugui a terme la traducció d’aquesta proteïna és imprescindible la presència d'una estructura secundària de RNA, situada en posició downstream de la selenoproteïna, els elements SECIs.

Per tal de dur a terme aquest projecte, hem utilitzat diverses eines bioinformàtiques de manera seqüencial amb la finalitat de predir les selenoproteïnes en el genoma d’Aotus Nancymaae. Els programes utilitzats han estat els següents: tBlastn, Exonerate, Fastafetch, Fastasubseq i T-COFFEE. També s'ha realitzat una predicció dels elements SECIs mitjançant el programa SeciSearch3.0 i Seblastian.