#!/usr/bin/perl -w

use strict;

#Midgard
#Programa en perl creat per Moises Coll, Carla Conejo, Marta Vila, Paula Ortiz, Anna Molinet
#Si vols mes informacio del nom del programa, pots anar a la seguent pagina web: http://es.wikipedia.org/wiki/Midgard

##########################################################  FITXER AMB PROT ###########################################################

my @proteines;
my $protname;
my $masterfile;
my $mfile;
my $cont;

print "Dona el nom del fitxer que conte la llista de proteianes: \n";
$masterfile = <STDIN>;
chomp ($masterfile);
open ($mfile, "<$masterfile") || die "ERROR: el fitxer amb la llista que has introduit no existeix\n";
$cont = 0;
while (<$mfile>) {
    chomp ($_);
    $proteines[$cont] = $_;
    $cont = $cont + 1;
}
close ($mfile);
print "Les proteines que he trobat al document son: @proteines \n";

foreach (@proteines){
    chomp ($_);
    $protname = $_;

##########################################################   CANVIAR U PER X   ###########################################################

my @squery;
my $lquery;
my $aminoacid;
my $entrada;
my $sortida;
my $ent;
my $sor;
my $line;

$entrada = $protname;
$sortida = "N_$entrada";          
chomp ($sortida);
print "\n";

open ($ent, "<$entrada") || die "ERROR: el fitxer amb el nom de la query que has introduit no existeix\n";
open ($sor, ">$sortida") || die "ERROR: el fitxer amb el nom de la query que has introduit no existeix\n";

$line = 0;
while (<$ent>) {
    @squery = split(//,$_);
    $lquery = scalar(@squery);
    $aminoacid = 0;
    while ($lquery > 0 && $line != 0) {
	if ($squery[$aminoacid] eq "U") {
	    $squery[$aminoacid] = "X";
	}
	if ($squery[$aminoacid] eq "@") {
	    $squery[$aminoacid] = "";
	}
	if ($squery[$aminoacid] eq "#") {
	    $squery[$aminoacid] = "";
	}
	if ($squery[$aminoacid] eq "%") {
	    $squery[$aminoacid] = "";
	}
	$aminoacid = $aminoacid + 1;
	$lquery = $lquery - 1;
    }
    if ($line == 0) {
	$line = $line + 1;
    }
    print $sor @squery;
}

close ($ent);
close ($sor);
system ("mv $entrada $entrada\_"); 
system ("mv $sortida $entrada");

############################################################## BLAST #####################################################################

my $nomblast;
my $nomblastindex; 
my $pesfitxerblast;

$nomblast = "blast_$protname";
$nomblastindex = "index_$nomblast";
$pesfitxerblast = -s $nomblast;

if ((-e $nomblast) && ($pesfitxerblast > 0)) {}   # Si el fitxer existeix I el fitxer esta ple
else {                                            # Si el fitxer NO existeix o existeix pero esta buit
print "S'esta fent el blast de $protname i el seu index; roman a l'espera, pot trigar uns segons... \n";
system('/bin/bash', '-c', qq(blastall -p tblastn -i "$protname" -d  /cursos/BI/genomes/vertebrates/2014/Thunnus_orientalis/genome.fa -o "$nomblast" -m8 -e0.01));
system('/bin/bash', '-c', qq(cut -f 2 "$nomblast" | sort | uniq > "$nomblastindex"));
system('/bin/bash', '-c', qq(blastall -p tblastn -i "$protname" -d  /cursos/BI/genomes/vertebrates/2014/Thunnus_orientalis/genome.fa -o "full_$nomblast" -e0.01));
}

############################################################ IndexDB ####################################################################

my $nomindex;
my $pesfitxerindex; 

$nomindex = "index_databaseTo";
$pesfitxerindex = -s $nomindex;

if ((-e $nomindex) && ($pesfitxerindex > 0)) {}               # Si el fitxer existeix I el fitxer esta ple
else {
print "S'esta fent el l'index de la base de dades; roman a l'espera, pot trigar uns segons... \n";
system('/bin/bash', '-c', qq(fastaindex "/cursos/BI/genomes/vertebrates/2014/Thunnus_orientalis/genome.fa" "$nomindex"));
}

################################################### Llistar els contics del blast #######################################################

my $idbl;
my @llistacontigs;
my $lineindex;

open ($idbl, "<$nomblastindex") || die "ERROR: L'index del blast no existeix\n";

$lineindex = 0;
while (<$idbl>) {
    chomp($_);
    $llistacontigs[$lineindex] = $_;
    $lineindex = $lineindex + 1;
}
close ($nomblastindex);

############################################################# FASTAFETCH ################################################################

my $nlcontigs;
my $nl1;
my $contig;

$nlcontigs = scalar(@llistacontigs);
$contig = $nlcontigs -1;
$nl1 = $nlcontigs;

while ($nl1 > 0){
    system('/bin/bash', '-c', qq(fastafetch "/cursos/BI/genomes/vertebrates/2014/Thunnus_orientalis/genome.fa" "$nomindex" "$llistacontigs[$contig]" > "contig_$nl1\_$protname"));
    $contig = $contig - 1;
    $nl1 = $nl1 - 1;
}

############################################################## EXONERATE #################################################################

my $nomexonerate;
my $nomexonerateprevi;
my $pesfitxerexonerate; 
my $nl2;

$nl2 = $nlcontigs;
$nomexonerate = "cDNA_contig_$nl2\_$protname\_exonerate.gff";
$nomexonerateprevi = "contig_$nl2\_$protname\_exonerate.gff";
$pesfitxerexonerate = -s $nomexonerate;

if ((-e $nomexonerate) && ($pesfitxerexonerate > 0)) {}     # Si el fitxer existeix I el fitxer esto ple (nomes mirara que existeixi un)
else {                                                      # Si el fitxer NO existeix o el fitxer NO esta ple
    while ($nl2 > 0){
	$nomexonerate = "cDNA_contig_$nl2\_$protname\_exonerate.gff";
	$nomexonerateprevi = "contig_$nl2\_$protname\_exonerate.gff";
	print "S'esta fent el l'exonerate de $protname ; roman a l'espera, pot trigar uns segons... \n";
	system('/bin/bash', '-c', qq(exonerate -m p2g --showtargetgff -q "$protname" -t "contig_$nl2\_$protname" --exhaustive yes > "$nomexonerateprevi"));
	system('/bin/bash', '-c', qq(cat "$nomexonerateprevi" | egrep -w exon > "$nomexonerate"));
	$nl2 = $nl2 - 1;
    }
}

############################################################# FASTASEQFROMGFF ############################################################

my $nl3;

$nl3 = $nlcontigs;

while ($nl3 > 0){
    $nomexonerate = "cDNA_contig_$nl3\_$protname\_exonerate.gff";
    system('/bin/bash', '-c', qq(fastaseqfromGFF.pl "contig_$nl3\_$protname" "$nomexonerate" > "genepredict_$nl3\_$protname"));
    $nl3 = $nl3 - 1;
}

###################################################### rm genewise&exonerate&contig ######################################################

#system('/bin/bash', '-c', qq(rm *contig*));

############################################################## FASTATRANSLATE ############################################################

my $nl4;

$nl4 = $nlcontigs;

while ($nl4 > 0){
    system('/bin/bash', '-c', qq(fastatranslate -f "genepredict_$nl4\_$protname" -F 1 > "protpredict_$nl4\_$protname"));
    $nl4 = $nl4 - 1;
}

################################################################## T_COFEE ##############################################################

my $nl5;
my $nomtcofee;
my $pesfitxertcofee;

$nl5 = $nlcontigs;
$nomtcofee = "t_cofee_$nl5\_$protname";
$pesfitxertcofee = -s $nomtcofee;

if ((-e $nomtcofee) && ($pesfitxertcofee > 0)) {}       # Si el fitxer existeix I el fitxer esta ple (nomes mirara que existeixi un)
else {                                                  # Si el fitxer NO existeix o el fitxer NO esta ple
    print "S'esta fent el t_cofee de $protname ; roman a l'espera, pot trigar uns segons... \n";
    while ($nl5 > 0){
	$nomtcofee = "t_cofee_$nl5\_$protname";
	system('/bin/bash', '-c', qq(t_coffee $protname protpredict_$nl5\_$protname \>\ $nomtcofee));
	$nl5 = $nl5 - 1;
    }
}



############################################################## GENEWISE ##################################################################

my $nomgenewise;
my $pesfitxergenewise; 
my $nl6;

$nl6 = $nlcontigs;
$nomgenewise = "contig_$nl6\_$protname\_genewise";
$pesfitxergenewise = -s $nomgenewise;

if ((-e $nomgenewise) && ($pesfitxergenewise > 0)) {}       # Si el fitxer existeix I el fitxer esta ple (nomes mirara que existeixi un)
else {                                                      # Si el fitxer NO existeix o el fitxer NO esta ple
    while ($nl6 > 0){
	$nomgenewise = "contig_$nl6\_$protname\_genewise";
	print "S'esta fent el el genewise de $protname ; roman a l'espera, pot trigar uns segons... \n";
	system ("genewise -cdna -pep -pretty -gff -both $protname contig_$nl6\_$protname > $nomgenewise");
	$nl6 = $nl6 - 1;
    }
}

######################################################### Gruardar a la carpeta ##########################################################

my $foldername;

$foldername = "magodeoz";

system('/bin/bash', '-c', qq(mkdir $foldername));
system('/bin/bash', '-c', qq(mv *$protname* $foldername));
system('/bin/bash', '-c', qq(mv $foldername $protname));
}

################################################################# FI ####################################################################

print "\n";
print "\n";
print "\n";   
print "El programa ha finalitzat el seu proces amb exit\n";