 #!/bin/bash


for protein in `cut -f1 llista.txt` ; do {

    fitxerprot=`grep $protein llista.txt | cut -f2`;
    sequence=`grep $protein llista.txt | cut -f3`;
     
         exonerate -m p2g --showtargetgff -q $fitxerprot -t $sequence --exhaustive yes | egrep -w exon > estru&ccedil;$protein.gff;
    fastaseqfromGFF.pl $sequence estru&ccedil;$protein.gff > estru&ccedil;$protein.nuc.fa;
    fastatranslate -f estru&ccedil;$protein.nuc.fa -F 1 > estru&ccedil;$protein.prot.fa;
# hem de canviar els * per X # fer programa canviar * en perl
    cat estru&ccedil;$protein.prot.fa | ./asteriscperX.pl > estru&ccedil;corregit$protein.prot.fa;
    t_coffee $fitxerprot estru&ccedil;corregit$protein.prot.fa > tcoffee$protein.fa;
        } done
