Conclusions

L’objectiu d’aquest treball és predir i anotar totes les selenoproteïnes existents en el genoma de Balaenoptera acutorostrata fent una aproximació computacional.  Els nostres resultats es basen en la homologia obtinguda a partir de comparar selenoproteïnes ja descrites en espècies properes al rorqual. La predicció dels elements SECIS ha permès delimitar més acuradament la cerca de selenoproteïnes.

S’han caracteritzat 25 selenoproteïnes en el genoma de Balaenoptera acutorostrata amb el seu corresponent element o elements, en el cas de la SelP, SECIS. Pel que fa a la maquinària de síntesi, han sigut anotades 7 proteïnes, una de les quals, SPS2, és una selenoproteïna. Finalment, s’han determinat 7 proteïnes homòlogues en cisteïna. L’explicació i classificació de cadascuna d’elles es pot veure a l’apartat discussió.

La espècie més propera al rorqual amb selenoproteïnes anotades és Tursiops truncatus. S’ha pogut comprovar que la majoria d’aquestes estan també conservades en les dues espècies tot i que amb algunes excepcions. Les selenoproteïnes GPx2, GPx3, GPx4, SelI, TR1 i TR2 s’han trobat en rorqual tot i que en dofí no contenen residu Sec. Aquestes últimes s’han pogut determinar gràcies a la comparació amb els homòlegs d’Equus caballus, espècie propera, i Homo sapiens, espècie àmpliament descrita.

Cal remarcar, però, que aquest treball està basat en comparacions teòriques entre proteïnes de diferents genomes i el genoma problema. Per això, una limitació és que en el cas que el rorqual tingués alguna selenoproteïna, no present en altres espècies, aquesta no podria ser determinada. D’altra banda, en algunes proteïnes faltaven regions a l’inici o al final de la seqüència, de manera que no han pogut ser predites completament. Això podria ser solucionat millorant l’ensamblatge del genoma proporcionat. També s’han observat proteïnes incompletes en dofí i cavall, per tant, una millor anotació d’aquestes podria repercutir en una predicció més acurada de les proteïnes de rorqual.

Tot i aquestes limitacions, aquest treball suposa un pas endavant en l’àmbit de la recerca de selenoproteïnes en mamífers ja que proporciona coneixement sobre una espècie no descrita fins el moment. A més, aquest projecte ens ha permès adquirir uns coneixements bàsics i sòlids en l’àmbit de la bioinformàtica, tant en el de programació com en el d’elaboració de pàgines web i en el d’anàlisi de dades generades per un programa informàtic.