Resum

L'objectiu d'aquest estudi és identificar les selenoproteïnes en el genoma de Nannospalax galili. És un mamífer rosegador de vida subterrània que pertany a la família de les rates talp cegues.

Les selenoproteïnes es caracteritzen per incloure com a mínim una selenocisteïna, un aminoàcid que conté un àtom de seleni i està codificat pel codó UGA. La incorporació d'aquest aminoàcid a la selenoproteïna es realitza mitjançant factors trans (Sec tRNA) i una estructura stem-loop en cis anomenada SECIS.

L'anotació de les selenoproteïnes s'ha dut a terme a partir d’un programa automatitzat que inclou les accions del tBLASTn, de l'exonerate i del T-Coffee. La cerca d'elements SECIS s'ha fet amb el programa SECISearch3. En total, s'han trobat 18 selenoproteïnes, observant algun guany o pèrdua respecte el genoma d'Homo sapiens i el d'Echinops telfairi.

Torna a dalt

Resumen

El objetivo de este estudio es identificar las selenoproteínas en el genoma de Nannospalax galili. Es un mamífero roedor de vida subterránea que pertenece a la família de las ratas topo ciegas.

Las selenoproteínas se caracterizan por incluir como mínimo una selenocisteína, un aminoácido que contiene un átomo de selenio y está codificado por el codón UGA. La incorporación de este aminoácido a la selenoproteína se realiza mediante factores trans (Sec tRNA) y una estructura stem-loop en cis llamado SECIS.

La anotación de selenoproteínas se ha realizado a partir de un programa automatizado que incluye las acciones del tBLASTn, del exonerate y del T-Coffee. La búsqueda de elementos SECIS se ha hecho con el programa SECISearch3. En total, se han encontrado 18 selenoproteínas, observando alguna ganancia o pérdida respecto al genoma de Homo sapiens y de Echinops telfairi.

Torna a dalt

Abstract

The main goal of this study is to identify selenoproteins in Nannospalax galili genome. It is a subterranian mammal that belongs to the blind mole rat family, a clade of muroid rodents.

Selenoproteins include at least one selenocystein, a selenium-containing amino acid encoded by UGA codon. This amino acid is incorporated by trans factors (Sec tRNA) and an stem-loop structure in cis known as SECIS.

Anntotation of selenoproteins was carried out from an automatized program which includes tBLASTn, exonerate and T-Coffee actions. SECIS elements search was done with the program SECISearch3. In total, 18 selenoproteins were found, observing some gain or loss compared to Homo sapiens and Echinops telfairi genomes.

Torna a dalt