#!/usr/bin/perl -w

# Programa que permet cambiar totes les "U" d'un fitxer fasta concret per "X". 

use strict;

open FILE, "nom_del_arxiu_inicial.fa"; # L'arxiu inicial contindrà "U".
open EXIT, ">nom_del_arxiu_final.fa"; # Creem l'arxiu de sortida, a on hi posarem la seqüència amb "X".
 
my $seq;

while ($seq = <FILE>){
   
    if ($seq =~ m/^[^\>]/){
	$seq =~ s/[Uu]/X/g; 
    }
    print EXIT "$seq"; 
}

unlink ("nom_del_arxiu_inicial.fa"); #Borrem l'arxiu inicial

close FILE;
close EXIT;