my $jacasiesta = `mkdir blastp`;
my $perficony;
opendir(PROT, "proteines");
while (my $name = readdir(PROT)){
next if ($name =~ m/^\./);
    opendir(TCOF, "t-coffee/$name.t_coffee");
    my $bestscore = 0;
    while(my $fitxer = readdir(TCOF)){
	next if ($fitxer =~ m/^\./);
	open(DOC, "t-coffee/$name.t_coffee/$fitxer");
	while (<DOC>){
		my @split = split (",", $_);
		my $score = $split[2];
		$score =~ s/\SCORE=//g;
		if ($score >= $bestscore) {
		    $bestscore = $score;
		    $perficony = $fitxer;
		    
	    }
	}
    }

print "el millor score de $name.t_coffee és $bestscore de la seqüència $perficony\n";

opendir (TRANS, "translate");
    while (my $document = readdir(TRANS)){
	next if ($document =~ m/^\./);
	$apanyo = $document;
	$apanyo =~ s/\.tr.fa//g;
	if ($perficony eq $apanyo){
my $blastp = `/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin/blastall -p blastp -i translate/$document -d /cursos/BI/db/blast/nr.fa > blastp/$apanyo.blastp`; 
print "s'ha realitzat el blastp";
    }
}
}

