CHELONIA MYDAS

RESULTATS

Selenoproteïnes

Aquí podem veure la nostra taula de selenoproteïnes, amb tots els resultats obtinguts:


Les protïenes subratllades són les que comencen per metionina

* La predicció va ser realitzada amb el programa Seblastian, ja que l'exonerate no era capaç de trobar la regió central de la proteïna. La query utilitzada per aquest programa és de Gallus gallus però l'alineament ha estat realitzat amb la proteïna Homo sapiens.

Per veure una llista amb les seqüències de les selenoproteïnes trobades en Chelonia mydas feu clic aquí

Si també voleu veure una llista amb tots els SECIS trobats, heu de clicar aquí


Maquinària

Aquí podem veure la nostra taula de proteïnes implicades en la maquinària de síntesi de les selenoproteïnes:

Proteïna Query model Proteïna en Chelonia mydas Annotació tCOFFEE SECIS Chelonia mydas
SBP2 Anolis carolinensis SBP2 2142534-2175675 (-)
SPS1 Pelodiscus sinensis SPS1 3075-20742 (-)
SPS2 Homo sapiens SPS2 145160-151957 (-)
SecS Anolis carolinensis SecS 2026182–2073576 (+)
SECp43 Homo sapiens SECp43 2750052-2798577 (-)
pstk Anolis carolinensis pstk 12613828-12619940 (-)
eEFSec Pelodiscus sinensis eEFSec 5029712-5192054 (+)
tRNA - Sec* Homo sapiens tRNA - Sec 7531500-7531588 (+) -

Les proteïnes subratllades són les que comencen per metionina

* tRNA - Sec és l'RNA de transferència de la selenocisteïna, el qual s'ha volgut incloure amb la maquinària.


Proteïnes homòlogues en cisteïna

Aquí podem veure la nostra taula de proteïnes homòlogues en cisteïna, amb tots els resultats obtinguts:

Proteïna Query model Proteïna en Chelonia mydas Annotació tCOFFEE SECIS Chelonia mydas
Gpx7 Pelodiscus sinensis Gpx7 3269464–3274391 (+)
Gpx8 Anolis carolinensis Gpx8 258135–262423 (+)
MsrA Anolis carolinensis MsrA 1153237-1410707 (+)
MsrA (none) Pelodiscus sinensis1 MsrA (none) 1273620–1410722 (+)
SelO (none 1) Pelodiscus sinensis2 SelO (none 1) 8217671-8218089 (-)
SelO (none 2) Pelodiscus sinensis3 SelO (none 2) 8255270-8255689 (-)
SelR2 Anolis carolinensis SelR2 5847116–5857885 (+)
SelR3 Anolis carolensis SelR3 529193–540010 (-)
SelU1 Anolis carolensis SelU1 3389514–3400992 (-)
SelW (none 1) Pelodiscus sinensis4 SelW (none 1) 160047-162698 (-)

1 La nostra proteïna ha estat obtinguda usant com a query la MsrA none 3 de Pelodiscus sinensis
2 La nostra proteïna ha estat obtinguda usant com a query la SelO none 1 de Pelodiscus sinensis
3 La nostra proteïna ha estat obtinguda usant com a query la SelO none 3 de Pelodiscus sinensis
4 La nostra proteïna ha estat obtinguda usant com a query la SelW none 2 de Pelodiscus sinensis




A més a més, hem cercat una sèrie de proteïnes homòlogues en cisteïna - en els diversos genomes de referència - amb les quals no s'ha trobat un alineament correcte. Tot seguit, es mostra el conjunt d'aquestes proteïnes amb els seus corresponents alineaments:

- Anolis carolinensis: Gpx 4, SPS1, SelI (none 2), SelW (none 2).

- Pelodiscus sinensis: MsrA (none 1), MsrA (none 2), SBP2 (none 1), SBP2 (none 2), SecS, SelO (none 2), SelO (none 4)*, SelR3, SelU1, SelU2*, SelU3.

- Xenopus tropicalis: Fep15*

- Danio rerio: SelJ*, SelL*

- Homo sapiens: SelV*, Gpx5

*En aquests casos, no es presenta el T-coffee perquè el blast no donava cap hit (o hit significatiu), o bé l'exonerate no mostrava cap alineament.