Discussió

FAMÍLIA Dio:

Veiem que totes les proteïnes d'aquesta família probablement són selenoproteïnes ja que conserven la selenocisteïna respecte les queries emprades. Totes les queries provenien de Danio rerio excepte la Dio3b, sent de Takifugu rubripes. Aquest fet confirma el que es deia fins ara, que Dio1, 2 i 3 són considerades ancestrals de vertebrats i que a més Dio3b es troba present en els peixos teleostis. Pel que fa als elements SECIS n'hem trobat per totes excepte per la Dio3, malgrat això, creiem que és bastant probable que en tingui però no l'hem pogut trobar ja que el contig era molt curt.

FAMÍLIA GPx:

En aquest cas les queries eren de diverses espècies.

GPx1 i GPx1b: ambdues conserven la selenocisteïna i tenen SECIS, sent la primera una selenoproteïna ancestral pels vertebrats i la segona amb aparició en peixos teleostis.
GPx2: és una selenoproteïna ancestral en la qual la query és un homòleg en cisteïna i la nostra també. Tot i així hem trobat element SECIS,
GPx3: vam utilitzar com a query un precursos de GPx3 de Danio rerio ja que amb la query de Perca flavescens obteniem resultats dubtosos. Ara bé, amb la de Danio rerio obteniem un blast molt similar al de GPx1 de manera que no podiem determinar si la proteïna que estavem analitzant era realment GPx3 o un altre membre de la família.
GPx3b: hem hagut d'emprar com a query un precursor d'aquesta. Hem observat que conserva la selenocisteïna i té SECIS. Corrobora el fet de que és una selenoproteïna que es troba en peixos teleostis.
GPx4 i GPx4b: ambdues conserven la selenocisteïna. No hem trobat SECIS per a cap de les dues: en la primera degut a que el contig és massa curt i desconeixem el contig adjacent. En el cas de la GPx4b la gran part de la seqüència que es troba en la regió 3' de la proteïna és desconeguda. Malgrat presentar les selenocisteïnes, pel fet de no haver trobat els SECIS no podem acabar de confirmar que es trobin en el nostre organisme. Caldria fer una altra anàlisi quan trobem la seqüencia més descrita.

FAMíLIA TR:

Les queries utilitzades per a TR1 i TR3 provenien de Danio rerio, TR2 no es troba en la base de dades per a aquest organisme. TR1 i TR3 només diferien en un aminoàcid, de manera que els resultats del blast són idèntics. Hem decidit repetir-ho però utilitzant en aquest cas, com a query, les TR de Mus musculus (TR1, TR2 i TR3). Amb aquestes tampoc hem obtingut bons resultats ja que tant amb Exonerate com GeneWise el T_coffee presentava gran quantitat de gaps. Contrastant els resultats anteriors amb la TR2 de Mus musculus creiem que el segon hit que obtenim amb la query de Danio rerio podria correspondre a TR2 del nostre organisme. En quant a TR1 i TR3, el primer Scaffold obtingut podria correspondre a alguna d'aquestes dues.

SelH:

Molt probablemnet és una selenoproteïna, conserva la selenocisteïna i a més també presenta l'element SECIS.

SelI:

Molt probablement és una selenoproteïna, té SECIS i Sec.

FAMÍLIA SelJ:

Hem identificat la selenocisteïna i el SECIS per a la SelJ. Referent a la SelJ2 sembla ser exclusiva a alguns peixos. Per a la SelJ2 no teniem query de manera que hem analitzat el segon hit que hem obtingut amb la SelJ de Danio rerio com a query. Els resultats no han estat molt bons ja que s'alineava bona part de la proteïna però la regió precedent a la selenocisteïna i aquesta no. A més, s'ha presentat SECIS. És probable que el nostre organisme d'estudi sigui del grup de peixos teleostis que no presenta la SelJ2.

SelK:

No existeix ja que no hem obtingut cap hit amb cap de les dues queries utilitzades (Danio rerio i Mus musculus).

SelL:

Els resultats del blast només ens mostren un hit, tractant-se concretament d'un contig. L'Exonerate i GeneWise ens fa evident que aquesta selenoproteïna es conserva però no disposem de l'alineament de l'inici de la proteïna. Hem intentat buscar per separat la part de l'inici no alineada però no hem obtingut cap hit. Pel que fa als SECIS no hem aconseguit trobar-ne degut a que el hit es trobava en un contig i aquests tenen una longitud molt inferior a la dels Scaffolds.

SelM:

La query que vam trobar de Danio rerio no tenia ni cisteïna ni selenocisteïna. Vam decidir comparar-la amb la de Mus musculus (extreta de selenoDB) i en aquest cas vam veure que malgrat GeneWise no ens alineava la regió de la query que contenia la selenocisteïna amb el nostre genoma, segons l'Exonerate la selenocisteïna es trobava conservada. A més cal recalcar que hem trobat SECIS per aquesta.

SelN:

Molt probablement és una selenoproteïna, té Sec i SECIS.

FAMÍLIA SelO:

SelO: els resultats de Genewise són bastant més polits que els de Exonerate. Segons GeneWise pot ser que la selenocisteïna es conservi, malgrat això els resultats no són del tot convincents. Tot i així afegim que hem trobat l'element SECIS.
SelO2: no tenim query. En estudis s'ha vist que és una proteïna que va aparèixer en Danio rerio i per tant seria probable (tal i com succeeix amb la SelW2b) que Gadus morhua no la tingués. De totes maneres en analitzar el blast veiem que obtenim hits amb un bon e-value per més d'un Scaffold de manera que hem decidit utilitzar el segon hit per a comprovar si SelO2 hi era. L'alineament no és gens bo i per tant descartem que Gadus morhua tingui SelO2. A més tampoc s'ha trobat SECIS per a aquesta.

FAMÍLIA SelP:

SelPa: la query que vam utilitzar tenia 17 selenocisteïnes, en canvi a l'hora de buscar al genoma de Gadus morhua en cap dels hits obtinguts a través del blast hem aconseguit alinear la part final de la proteïna (on es troben les 16 selenocisteïnes restants). Hem pogut trobar un element SECIS en un dels contigs. Podria tractar-se d'una selenoproteïna però caldria poder fer evident l'alineament de les 16 selenocisteïnes que no trobem alineades.
SelPb: observem que la selenocisteïna es conserva i a més hem obtingut l'element SECIS. Per tant, probablement es tracta d'una selenoproteïna.

SelS:

Molt ptobablemnet es tracta d'una selenoproteïna, té SECIS i Sec.

FAMÍLIA SelT:

SelT1a: la selenocisteïna es conserva, així com també hem troabt l'element SECIS, molt probablemnet es tracti d'una selenoproteïna. Cal comentar que no hem utilitzat el hit òptim ja que hem cregut que tenia un millor e-value per a SelT1b.
SelT1b: el resultat del blast és molt similar a SelT1b. La selenocisteïna és conservada i també tenim element SECIS per a aquesta, molt probablement es tracti d'una selenoproteïna.
SelT2: la query que hem utilitzat és una proteïna molt curta homòloga en cisteïna, la qual cosa és bastant curiosa ja que es tracta d'una duplicació en peixos teleostis. D'aquesta manera, el nostre organisme hauria de ser probable que mantingués la selenocisteïna, cosa que no suceeix.

FAMíLIA SelU:

En aquest cas només disposàvem d'una query per analitzar totes les proteïnes SelU que sabíem que podiem trobar (SelU1, SelU1b i SelU1c).
A partir de la query utilitzada vam obtenir 5 hits. Al no tenir query per a totes les proteïnes de la família hem cregut que probablement els hits amb un bon e-value eren les altres proteïnes de la família, ja que aquestes són resultat de duplicacions. El primer hit hem pensat que corresponia a SelU1a i aquest tenia SECIS. Hem analitzat el segon hit, l'alineament era bo (excepte l'inici que estava sense alinear) i també presentava SECIS, de manera que pot tractar-se d'una de les altres dues selenoproteïnes. En quant als tres contigs que obteniem amb el blast hem vist que es tractaven de diferents regions de la mateixa proteïna, no tenim possibilitats de trobar el SECIS corresponent degut a trobar-se repartit en tres contigs però podria tractar-se de la tercera.
Els alineaments del segon Scaffold i dels tres contigs no són tan bons perquè emprem la SelU1a com a query en tots els casos, sent proteïnes de la mateixa família però no la mateixa. És així com coneixem exactament la SelU1a del nostre organisme, mentre que a la SelU1b i SelU1c no sabem quin hit correspon a cadascuna.

FAMÍLIA SelW:

SelW1: s'ha perdut igual que en part dels peixos teleostis, no tenim cap hit.
SelW2a: manté la Selenocisteïna però la part final de la proteïna no ens ha alineat utilitzant l'Exonerate, mentre que sí que ho ha fet amb el GeneWise sense alinear la Selenocisteïna. Afegim que hem trobat SECIS, d'aquesta manera probablement es tracti d'una selenoproteïna.
SelW2b: no ens ha donat cap hit, això corrobora les dades conegudes fins ara, que SelW2b és una selenoproteïna exclusiva de Danio rerio.
SelW2c: no disposàvem de query i al no obtenir més d'un hit amb la SelW2a, ja que SelW2c no en donava cap, vam utilitzar la SelW2 de Mus musculus i Homo sapiens per veure si apareixia algun hit nou. No hem aconseguit cap hit amb cap de les dues queries de manera que podria ser probable que Gadus morhua, igual que Danio rerio, no tingui la SelW2c.

Sep15: