Introducció
Pelodiscus sinensis
Descripció
La tortuga xinesa de closca tova (Pelodiscus sinensis) és una tortuga que pertany a la família de les Trionychidae. Com totes les tortugues de closca tova, el seu recobriment de està format per una pell corretjosa enlloc de plaques dures i rígides. Aquesta falta de protecció es veu compensada per unes mandíbules grans i robustes i moviments molt ràpids.
Aquestes tortugues acostumen a fer uns 25cm de closca, tenen un coll allargat i un nas semblant al dels porcs que els hi permet respirar mentre neden per la superfície. Tenen unes potes planes li que permeten ser bastant veloç quan es mou per terra a diferència d'altres espècies de tortugues.
Aquesta espècie té una closca de color oliva o gris i quan és jove pot tenir punts negres. Té un cos pla que li permet nedar millor i les vores de la closca estan corbades cap a dalt, cosa que li permet captar molta llum solar sense necessitat de sortir de l'aigua.
Una peculiaritat d'aquesta espècie de tortuga és que excreta la urea per la boca i no pel ronyó. Un estudi ha comprovat que aquest és un mecanisme adaptatiu a l'ambient on viuen, ja que aquesta tortuga viu en aigües salobres. [1]
Els animals que excreten la urea pel ronyó necessiten beure grans quantitats d'aigua. Això és un problema si l'aigua que hi ha a l’hàbitat és majoritàriament salada, sobretot pels rèptils, els quals no poden excretar les sals. Així doncs, Pelodiscus sinensis soluciona aquest problema excretant la urea per la cavitat bucofaríngia.
Pel que fa al comportament, aquesta tortuga és més agressiva que d'altres tot i ser més petita i acostuma a enterrar-se a la sorra per assatjar a les seves preses.
Alimentació
Pelodiscus sinensis és carnívora. S'alimenta de tot tipus de peixos, d'animals morts, d'ocells, granotes, insectes, alguns tipus de serps i fins i tot d'ous i d'altres espècies de tortugues més petites.
Reproducció
Aquesta tortuga té una tipus de reproducció ovípara i la còpula es dóna dins l'aigua. Durant l'aparellament, el mascle mossega el coll de la femella perquè aquesta no escapi. Desprès la femella selecciona una zona de sorra i enterra de 8 a 15 ous a uns 20cm de profunditat. Els ous eclosionen al cap de 3 o 4 mesos.
Filogènia
L'espècie Pelodiscus sinensis pertany a la família Trionychidae, la qual inclou totes les espècies de tortugues de closca tova. Aquesta família es troba dins del subordre Cryptodira que inclou a totes les tortugues que retrauen el coll, i aquest subordre es troba dins de l’ordre dels Testudines o Chelonia, el qual inclou a totes les tortugues. [2]
Estructura i funció
Anomenem selenoproteïnes a aquelles proteïnes que contenen una selenocisteïna (U) en la seva estructura. La selenocisteïna, aminoàcid número 21, té la mateixa estructura que una cisteïna amb l'única diferència que l'àtom de sofre es troba substituït per un àtom de seleni. Els dos elements es troben propers a la taula periòdica i, per tant, tenen propietats químiques similars. Per aquest motiu, quan es cerquen gens ortòlegs que codifiquen per selenoproteïnes en un organisme, sovint es troben cisteïnes en el seu lloc, ja que funcionalment són molt similars. Les selenoproteïnes són enzims que participen en reaccions redox i es troben en diverses espècies eucariotes, en alguns grups filogenètics de bacteris i arqueobacteris.El seleni
El seleni és un element de nombre atòmic 34 que, tot i ser poc comú a la Terra, és essencial pels organismes vius per la seva importància en la dieta, per la implicació que té en diverses rutes metabòliques (com el metabolisme tiroideu per exemple) i per conformar les selenoproteïnes.
Selenoproteïnes
La selenocisteïna està codificada per un codó UGA, el qual s'interpreta normalment com un codó STOP en la traducció. Així doncs, el codó STOP té dues funcions en una mateixa espècie.
Per poder sintetitzar una selenocisteïna, el ribosoma ha de diferenciar correctament un codó STOP d'un que codifica per una selenocisteïna. Aquesta diferenciació és possible gràcies a un element de l'estructura secundària del RNA anomenat SeCiS (SelenoCysteine Insertion Sequence). En bacteris, els SeCiS estan formats per un loop que es troba a les regions codificants dels gens de selenoproteïnes. En canvi, en els eucariotes trobem els SeCiS a l'extrem 3'UTR d'aquests mateixos gens.
L'element SeCiS s'uneix a la SeCiS binding protein (SBP2) i el complex s'uneix a un factor d'elongació específic per a selenoproteïnes anomenat Efsec. Aquest aproxima el tRNA de la selenocisteïna amb el mRNA de les selenoproteïnes. Així, quan el ribosoma es troba el codó UGA, enlloc de finalitzar la traducció de la cadena polipeptídica, reconeix aquest codó UGA com a selenocisteïna i continua la lectura de la cadena polipeptídica fins al següent codó STOP. [2]
El nostre projecte consisteix en cercar les possibles selenoproteïnes que hi puguin haver a Pelodiscus sinensis a partir de les selenoproteïnes conegudes fins al moment. Degut a la gran quantitat de selenoproteïnes existents, hem usat el Selenoprofiles per fer un primer screening i seleccionar els millors hits. A continuació, hem estudiat aquests hits manualment per decidir si es poden considerar possibles selenoproteïnes en el genoma de la nostra tortuga o no.
