SELENOPROTEÍNAS DE Meleagris gallopavo

MATERIALES Y MÉTODOS: MÓDULO IV

MAPA CONCEPTUAL

En este módulo hacemos una búsqueda de elementos secis en una región de 10kb a partir del extremo 3' de las mejores predicciones.

BASH script

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##################################    -  MÓDULO   4 -    ######################################
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####################################     SECISearch      ######################################
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#!/bin/bash
#$ -o our.stdout
#$ -e our.stderr
#$ -q llicen.q
#$ -N OurJob
#$ -cwd

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH # GeneWise, fastaseqfromGFF.pl, t_coffee

##### Para reducir el número de falsos positivos hacemos un nuevo fastasubseq previo al
#SECISearch. El objetivo es que la búsqueda de los elementos SECIS se haga en una región de 10000bp a partir 
#de la posición final del hit del tblastn. Para ello tenemos en cuenta la orientación del gen. Para predecir 
#elementos SECIS de forma más rigurosa tendríamos que usar un profile y un threshold energético adecuado. Como
#no sabemos que parámetros usar, nuestra predicción de elementos SECIS no es muy buena.

n=$(wc -l ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | cut -d ' ' -f1);
for line in $(seq 1 $n); do
id=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f2 | tr -d ' ');
chr=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f3 | tr -d ' ');
ini=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f4 | tr -d ' ');
str=$(egrep $id ~/perlscripts/scripts_output/candidates | egrep $ini | cut -f7);
fin=$(head -$line ~/perlscripts/scripts_output/bestselenoprotstcoffee | tail -1 | cut -f5 | tr -d ' ');

if [[ $str != *trev ]]; then
    fastasubseq  ~/gallopavodb/chromosomes/$chr.fa $fin 10000 > ~/gallopavodb/regions/$id.$chr.SECIS.fa;
fi;

if [[ $str == *trev ]]; then
 start=$(($ini - 10000));
 fastasubseq  ~/gallopavodb/chromosomes/$chr.fa $start 10000 > ~/gallopavodb/regions/$id.$chr.SECIS.fa;
fi;

SECISearch.pl < ~/gallopavodb/regions/$id.$chr.SECIS.fa > ~/our_results/SECIS/$id.$chr.SECIS;

done;

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