SELENOPROTEÍNAS DE Meleagris gallopavo
PROTEIN REPORT FOR Selenoprotein P (Sel P)
| DESCRIPCIÓN | Proteína con un dominio de homología por la Selenoproteína P que tiene una Glutamina en el lugar de la selenocisteína. 2(+):73517593...73517871 |
| SELENOPROFILES | Elección: blast. Elemento SECIS no predicho. |
| COMENTARIOS | Nosotros no hemos encontrado este hit pero Selenoprofiles sí. No tiene ningún elemento SECIS predicho y contiene una región de muy baja complejidad rica en histidinas. No parece ser una selenoproteína. |
RESULTADOS DEL Selenoprofiles
Output_id: SelP.8.glutamine
---------- ----------------
-Species Meleagris gallopavo -Taxid 9103
-Target /homes/users/U63748/gallopavo.fa
-Chromosome (+) 2
-Program blast
-Query name BLAST_QUERY_MASTER
-Query range 165-271 length:393 coverage: 0.27
-Profile range 423-550 length:693 coverage: 0.18 sec_positions: [309, 548, 569, 571, 572, 576, 580, 582, 587,
589, 603, 605, 607, 625, 626, 636, 638, 654, 655, 656, 657, 663, 665, 667, 679, 680, 681, 682, 688, 690]
-Average sequence identity with profile: 0.2065 (ignoring gaps: 0.2949)
-State kept
------- alignment -------
Query IAYCENKCGNCSLTSLEDE <---Intron---> DFCKNVTSATVEKTAEAPQPHPHGQHSHHHHQHHHHHHGHHHLGNSHLSENQQPGAPDAPEHPPP
| ||| |// //|/ < 21bp > ||| /|/ | | | |||| |||||| ||| |
Target IKYCE---FGCNVQTIEER QTCKNDHKWILERVRRPHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH------------------HHHH
aattg---tgtagcaagga cataagcatacgagaaccccccccccccccccccccccccccc------------------cccc
taaga---tggatactaag acgaaaaagttagtggcaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaa------------------aaaa
tacta---tatcagctaaa aatatccggcagacaatcttttttttttttttctttttttttt------------------cctt
Query SGLHHHHGHKGQHRQGHLENUDM
|||| | | | /
Target HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHQTT
cccccccccccccccccccccaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaaaacc
ttttttcttctttcttttttatt
*
------- positions -------
Exon 1 73517593 73517640
Exon 2 73517662 73517871
--------- SECIS ---------
None found
--------- 3' seq --------
Total sequence length available downstream >= 3000
Sequence until first stop codon:
TCCAGCACTTGA
S S T *
......................................................................................................................................................................................................................................................