Resum
L'objectiu del treball presentat en aquesta pàgina web és reportar la presència de les selenoproteïnes SelH i EhSEP2, i dels sus homòlegs sense selenocisteïna, al genoma de cartoze organismes protists diferents.
Les selenoproteïnes són proteïnes que contenen selenocisteïna (el recentment descobert aminoàcid vint-i-un), la qual és idèntica a la cisteïna però canviant el sofre per seleni. Aquest aminoàcid està codificat pel codó TGA, que de manera habitual és un codó de parada, i per poder-se recodificar a selenocisteïna és necessària la presència d'elements SeCIS i de maquinària específica per sintetitzar-la.
El fet que TGA pugui donar lloc tant a un codó de parada com a selenocisteïna, representa un gran problema a l'hora de realitzar l'anàlisi informàtic de les seqüències, de manera que es poden obtenir resultats diferents en funció del programa utilitzat. En aquest estudi s'ha fet servir tBlastn, Exonerate, Genewise, Tcoffee, SECISearch, ClustalW i Jalview. Per tal de complementar els resultats obtinguts en la recerca de gens d'EhSEP2 i SelH, també s'ha buscat la presència d'elements SeCIS i gens de la maquinària necessària per la síntesi de selenocisteïna.
Abstract
The aim of this project is to determine the presence of selenoproteins SelH and EhSEP2, as well as their homologous without selenocysteine, in the genome of fourteen different protists.
Selenoproteins are proteins that contain selenocysteine (an aminoacid residue recently discovered and known as the twenty-first aminoacid). Selenocysteine is higly similar to cysteine, with the difference that includes selenium instead of sulphur. This aminoacid is encoded by TGA codon, which usually acts as a STOP codon. SeCIS elements and selenocystein machinery are needed to place selenocysteines and avoid stopping the sequence.
The fact that TGA can encode for a STOP or for a selenocystein is a big deal when analyzing sequences automatically, so depending on the program used different results can be obtained.
The programs tBlastn, Exonerate, Genewise, Tcoffee, SECISearch, ClustalW and Jalview have been used to develope this study.
SeCIS elements and machinery to add selenocysteines have been also searched to complement the results obtained from the research of EhSEP2 and SelH genes.