T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=99
*
 BAD AVG GOOD
*
PHYCAscaffold_5   :  99
OPtRNAsecMUS.gi   :  99
cons              :  99

PHYCAscaffold_5   MNSKSAALAEQLIPSTYVKQGLGAIRSREALVTTLLAQRRLPDEG
OPtRNAsecMUS.gi   MNPESFAAGERRVSPAYVRQGCEARRAHEHLIRLLLEQGKCPEDG

cons              **.:* * .*: :..:**:**  * *::* *:  ** * : *::*


PHYCAscaffold_5   WDDASVEMLLQTLSAMDSNNFQGSAGAGEREARVFSPMVARRHFR
OPtRNAsecMUS.gi   WDESTLELFLHELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYR

cons              **::::*::*: *:.****** *..*.****.** *.:*****:*


PHYCAscaffold_5   LAHGVGRSGDVAAVQPKAAGSSLLVQLANSLAKDVLRLAGMRAVQ
OPtRNAsecMUS.gi   FIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLNVIKLAGVHSVA

cons              : **:*****::************ :::***. :*::***:::* 


PHYCAscaffold_5   AALVLPVATGMSLTLVLLQLNELKPGAHYVIWPRIDQKSCFKSIL
OPtRNAsecMUS.gi   SCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRPKAKYIIWPRIDQKSCFKSMV

cons              :.:*:*:******** :* *.. :* *:*:*************::


PHYCAscaffold_5   AAGLTPLVLPNVLVEEEGGYLKTDLAGMAELIDQYGADSILAVMS
OPtRNAsecMUS.gi   TAGFEPVVIENVL---EGDELRTDLKAVEAKIQELGPEHILCLHS

cons              :**: *:*: ***   **. *:*** .:   *:: *.: **.: *


PHYCAscaffold_5   TTSCFAPRAYDSVQEIAKMCQDRNIAHVINNAYGVQASKCVHEVE
OPtRNAsecMUS.gi   TTACFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHVVNNAYGLQSSKCMHLIQ

cons              **:*****. * ::*:* :* : :*.**:*****:*:***:* ::


PHYCAscaffold_5   LAMRVGRVDAVVQSLDKNFMVPVGGAIVCSASRDLVDRVAKFYPG
OPtRNAsecMUS.gi   QGARVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAIIAGFNEPFIQDISKMYPG

cons               . ****:**.****************:.. .. ::: ::*:***


PHYCAscaffold_5   RASATPTLDFFITMLQMGKSGYRQLLDERKHLAVYMREKLESLAA
OPtRNAsecMUS.gi   RASASPSLDVLITLLSLGCSGYRKLLKERKEMFVYLSTQLKKLAE

cons              ****:*:**.:**:*.:* ****:**.***.: **:  :*:.** 


PHYCAscaffold_5   EEGERVLRVSSNEVL------------------------------
OPtRNAsecMUS.gi   AHNERLLQTPHNPISLAMTLKTIDGHHDKAVTQLGSMLFTRQVSG

cons               ..**:*:.. * :                               


PHYCAscaffold_5   ---------------------------------------------
OPtRNAsecMUS.gi   ARAVPLGNVQTVSGHTFRGFMSHADNYPCAYLNAAAAIGMKMQDV

cons                                                           


PHYCAscaffold_5   ---------------------------------------------
OPtRNAsecMUS.gi   DLFIKRLDKCLNIVRKEQTRASVVSGADRNKAEDADIEEMALKLD

cons                                                           


PHYCAscaffold_5   -------VGCVL
OPtRNAsecMUS.gi   DVLGDVGQGPAL

cons                      * .*