T-COFFEE, Version_7.54(Tue Jan 13 18:15:23 WEST 2009)
Cedric Notredame 
CPU TIME:0 sec.
SCORE=96
*
 BAD AVG GOOD
*
scaffold_2_subs   :  96
OPtRNAsecMUS.gi   :  96
cons              :  96

scaffold_2_subs   ---------------------------------------------
OPtRNAsecMUS.gi   MNPESFAAGERRVSPAYVRQGCEARRAHEHLIRLLLEQGKCPEDG

cons                                                           


scaffold_2_subs   ------------------------CGVGEREGRVFSSLVSQRHYG
OPtRNAsecMUS.gi   WDESTLELFLHELAVMDSNNFLGNCGVGEREGRVASALVARRHYR

cons                                      ********** *:**::*** 


scaffold_2_subs   LSHGMGRSGDITEPQPKAAGSSALVKLALLLTLDALRRGSKLDAK
OPtRNAsecMUS.gi   FIHGIGRSGDISAVQPKAAGSSLLNKITNSLVLNVIK----LAGV

cons              : **:******:  ******** * *::  *.*:.::    


scaffold_2_subs   GPAAYGILLPLCTGMSISLLLASIRSKEENSETKKDIVLWSRIDQ
OPtRNAsecMUS.gi   HSVASCFVVPMATGMSLTLCFLTLRHKRP----KAKYIIWPRIDQ

cons               ..*  :::*:.****::* : ::* *.     . ::*.****


scaffold_2_subs   KSCFKAIHSAGLICVVVPTKIEGDEVITDIDAMEAALSKH-EGRV
OPtRNAsecMUS.gi   KSCFKSMVTAGFEPVVIENVLEGDELRTDLKAVEAKIQELGPEHI

cons              *****:: :**:  **: . :****: **:.*:** :.:    ::


scaffold_2_subs   LAVITTSSCFTPRVPDAVDKVAKLCKVSNVYHIINNAYGLQCAKT
OPtRNAsecMUS.gi   LCLHSTTACFAPRVPDRLEELAVICANYDIPHVVNNAYGLQSSKC

cons              *.: :*::**:***** ::::* :*   :: *::*******.:* 


scaffold_2_subs   SKLINRACVVGRVDAVVCSTDKNFLVPVGGAIIISPSKNIIGEVG
OPtRNAsecMUS.gi   MHLIQQGARVGRIDAFVQSLDKNFMVPVGGAIIAGFNEPFIQDIS

cons               :**::.. ***:**.* * ****:******** . .: :* ::.


scaffold_2_subs   KVYAGRASSSPIVDLFITLLSMGMNGYKRLLKERTSVLETFPERL
OPtRNAsecMUS.gi   KMYPGRASASPSLDVLITLLSLGCSGYRKLLKERKEMFVYLSTQL

cons              *:*.****:** :*::*****:* .**::*****..::  :. :*


scaffold_2_subs   REVAEKHGERILVCPNNTVSFGLTLDGLARPKEVEITSFGAMLFS
OPtRNAsecMUS.gi   KKLAEAHNERLLQTPHNPISLAMTLKTIDGHHDKAVTQLGSMLFT

cons              :::** *.**:*  *:*.:*:.:**. :   ::  :*.:*:***:


scaffold_2_subs   RCVSGTRVVPRSQLKSIGGQDFIGFGSSTNEYPHAYMTAACAIGV
OPtRNAsecMUS.gi   RQVSGARAVPLGNVQTVSGHTFRGFMSHADNYPCAYLNAAAAIGM

cons              * ***:*.** .:::::.*: * ** * :::** **:.**.***:


scaffold_2_subs   SIFEIEEFYVRLDKTLTEFKRKKK---------------------
OPtRNAsecMUS.gi   KMQDVDLFIKRLDKCLNIVRKEQTRASVVSGADRNKAEDADIEEM

cons              .: ::: *  **** *. .::::.                     


scaffold_2_subs   ----------------K
OPtRNAsecMUS.gi   ALKLDDVLGDVGQGPAL

cons