Maquinària de transcripció

La següent taula mostra els resultats obtinguts en la cerca de la maquinària de transcripció en els 14 genomes de protists. Clicant a sobre de cada icona es poden veure el resultats del tBLASTn o el T-coffee de la proteïna traduïda mitjançant el Fastatranslate o el Genewise. En cada cas, es mostra el resultat més representatiu alhora de decidir si el resultat és positiu o negatiu, és a dir, si el genoma del protist presenta o no la proteïna. S'han utilitzat diferents querys per cada una de les proteïnes, però només es mostren resultats respecte la query que ha donat millors resultats en cada cas.

Pel tRNA-sec es mostren els resultats obtinguts a partir del tRNAscan-SE Search Server.



Resultats positus
Resultats negatius

Resultats maquinària

Per una banda D.discoideum, F.cylindrus, D.fasciculatum i S.arctica; presenten tota o pràcticament tota la maquinària necessària implicada en la biosíntesi de selenoproteïnes. No obstant, el fet de trobar maquinària no indica necessàriament la presència d'una determinada família de selenoproteïnes. Ara bé, en el cas de F.cylindrus els resultats obtinguts per la família TR i els resultats obtinguts en la maquinària apunta a la probable presència de selenoproteïnes al seu genoma. A més a més, de tots els genomes que hem estudiat, F.cylindrus i D.fasciculatum són els filogenèticament més propers i podríem hipotetitzar que hi ha algun patró de conservació en la maquinària, cosa que no em vist en la presència o absència de selenoproteïnes. A L.donovani i P.capsici podem veure com els resultats obtinguts al a maquinària no concorden amb els resultats extrets de la família LmSel1 i TR. Tanmateix, no podem extreure conclusions sobre aquesta absència d'elements de maquinària degut que requeriríem de les dades de més famílies de selenoproteines per poder formular hipòtesis.

Finalment, a G.niphandrodes i A.rara en principi no presenten proteïnes de la maquinària de síntesi de selenoproteïnes.

Els resultats del tRNAsec només mostren la presència d'aquest tipus de tRNA en tres genomes dels protists, A.laibachii, G.niphandrodes i F.cylindrus. Durant la realització d'aquest treball, tant nosaltres com altres grups han vist al realitzar el BLASTp amb les selenoproteïnes predites, que en alguns d'aquests protists ja estaven descrites selenoproteïnes, com en el cas de I.multifiliis on hem trobat dos selenoproteïnes descrites i els resultats del tRNAsec són negatius. Per tant, hi ha indicis per pensar que els resultats obtinguts no són del tot fiables.