Discussió

Fragilariopsis cylindrus

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Els resultats obtinguts tant amb l'Exonerate com amb el Genewise semblen indicar la persència d'una selenoprteïna de la família TR en l'scaffold 7 d'aquest genoma al haver generat una proteïna que alinea la selenocisteïna de la query amb un codó stop i que presenta tots els dominis característics de la família TR (com es pot veure als BLASTp). Pel que fa als elements SECIS en aquesta regió, i tal com hem comentat en l'apartat de resultats, el fet que el possible element es trobi al mig de la regió codificant i no a 3' UTR no significa que no ho sigui, però amb el COVE score obtingut tampoc podem afirmar-ne la presència. A més a més, hi ha evidències de la presència de totes les proteïnes implicades en la síntesi i incorporació de selenocisteïnes a la proteïna.
Tenint en compte tots els resultats esmentats, tenim indicis clars de la presència d'una selenoproteïna de la família TR a l'scaffold 7 d' F. cylindrus.

D'altra banda, a l'scaffold 61 hem obtingut una proteïna que conté un codó stop 60 aminoàcids abans del final de la seqüència. Tot i que en el BLASTp obtenim scores molt elevats amb proteïnes de la família TR, probablement el codó stop no es recodifica i es tracta d'una proteïna de la família Glutatió reductasa, ja que les dues famílies comparteixen funcions i per tant, el domini catalític amb la família TR. Creiem que no es tracta d'una TR ja que el que caracteritza aquesta família és la sequència -Cys-SeCys- situada a l'extrem C-terminal.

Phytophthora capsici

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Pel que fa a la família TR, la proteïna predita tant per l'Exonerate com pel Genewise a la regió scaffold 84 ens mostra molt bons resultats, amb un codó stop darrera d'una cisteïna en la regió C terminal. El BLASTp ens corrobora que probablement estiguem davant una selenoproteïna de la família TR. Tot i així, no ho podem afirmar, ja que la cerca d'elements SECIS a 3' d'aquesta regió i la maquinària al genoma no han donat resultats gaire plausibles.

Albugo laibachii Nc14

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Mitjançant l'anàlisi ràpid dels hits d'aquest genoma no hem trobat cap indici de proteïnes de la família TR, en canvi, les proteïnes obtingudes analitzades amb BLASTp semblen pertànyer a les famílies Glutatió reductasa i Dihidroliopamida deshidrogenasa. Aquest fet sembla lògic ja que les tres famílies pertanyen al grup de les flavoproteïnes.

La troballa de tRNAsec apunta a la possible presència de selenoproteïnes d'altres famílies en aquest protist.

Gregarina niphandrodes

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Tant l'anàlisi mitjançant Exonerate i Genewise, així com la cerca fallida d'elements SECIS semblen indicar que aquest genoma no presenta cap selenoproteïna TR. Ara bé, la proteïna que hem obtingut és molt semblant a les querys, presenta els dominis catalítics de les tioredoxin reductases però conté una glicina en la posició de la selenocisteïna. Per tant, probablement estem davant una proteïna homòloga en glicina de la família TR. No hem trobat cap proteïna de la maquinària de transcripció, del que es pot inferir que possiblement aquestes s'han perdut al llarg del temps.

Ichthyophthirius multifiliis

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Pel que fa a la família TR, aquest genoma presentava bons hits al tBLASTn, però al realitzar els altres anàlisis no hem obtingut cap proteïna potencial. És estrany, però, que quan hem fet un BLASTp d'una seqüència de 36 aminoàcids obtinguda amb el Genewise, hem vist que ja han estat descrites, al juliol de 2011, diverses selenoproteïnes putatives de la família TR en aquest genoma. Aquestes proteïnes han estat descrites en regions del genoma de I. multifiliis que no ens han sortit com a hits al tBLASTn. L'explicació d'aquest fet pot raure en que és probable que la proteïna recentment descrita s'hagi obtingut d'una seqüenciació diferent del genoma d'I. multifiliis de la que hem treballat. La nostra suposició es basa en el fet que el nostre genoma no conté el contig que hi ha la selenoproteïna.

Sphaeroforma arctica

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Tant en l'anàlisi de la família TR mitjançant Exonerate i Genewise, així com en la cerca no productiva d'elements SECIS, tot sembla indicar que S.arctica no presenta cap selenoproteïna. Ara bé, la proteïna que hem obtingut és molt semblant a les querys, presenta els dominis catalítics de les tioredoxin reductases però conté una glicina en la posició de la selenocisteïna. Per tant, probablement estem davant d'una proteïna homòloga en glicina de la família TR. Del fet que encara presenti maquinària de transcripció, podem concloure que, possiblement, sigui un homòleg en glicina on la selenocisteïna ha mutat.

Physarum polycephalum

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de cap de les dues famílies de selenoproteïnes (Lmsel1 i TR). Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Dictyostelium fasciculatum

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Mitjançant l'anàlisi ràpid dels hits d'aquest genoma no hem trobat cap indici de proteïnes de la família TR tot i que el tBLASTn presenta hits amb E-values bons. Al fer l'Exonerate i el Genewise no hem obtingut cap resultat positiu.

Dictyostelium discoideum

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Mitjançant l'anàlisi ràpid dels hits d'aquest genoma no hem trobat cap indici de proteïnes de la família TR tot i que el tBLASTn presenta hits amb E-values bons. Al fer l'Exonerate i el Genewise no hem obtingut cap possible homòleg o selenoproteïna.

Leishmania donovani

En l'anàlisi de la família Lmsel1, tenint en compte que: la selenoproteïna sense la A s'alinea molt bé amb la query de L.major, que utilitzant aquesta seqüència com a query amb el BLASTp contra la base de dades del NCBI obtenim com a hit la Lmsel1 de L.major i que hi ha un element SECIS a 3' del gen en potència; sembla que aquest organisme presenta una selenoproteïna de la família Lmsel1. Tot i això, s'ha de tenir en compte que estem fent una suposició que podria haver-hi un error en la seqüènciació del genoma, i per tant, s'hauria de confirmar aquest fet. Per altra banda, no trobem tRNA al genoma però podria ser que fós un error del programa tRNAscan-SE Search Server, ja que no ens coincideixen tots els resultats amb la presència del tRNAsec als genomes. En aquest genoma també hem trobat la presència de Pstk i SBP2 pel que no podem confirmar que esitguem davant d'una selenoproteïna

Pel que fa a la família TR mitjançant l'anàlisi ràpid dels hits d'aquest genoma no hem trobat cap indici de proteïnes de la família TR, en canvi, hem obtingut dues proteïnes que al analitzar-les amb BLASTp semblen pertànyer a les família Dihidroliopamida deshidrogenasa. Aquest fet és lògic ja que la família TR i la Dihidroliopamida deshidrogenasa pertanyen al grup de les flavoproteïnes i són fàcils de confondre.

Leishmania tarentolae

En referència a la família Lmsel1, tot i que els resultats d'alinear la selenoproteïna sense la A amb la query de L.major són bastant bons, hi ha més d'un codó STOP en la seqüència de la selenoproteïna. La presència de més d'un codó STOP, a part del que correspon a la selenocisteïna, pot comprometre la funcionalitat de la proteïna resultant, ja que la proteïna quedaria truncada abans del final teòric d'aquesta. Hem obtingut un element SECIS, però el patró emprat és loose i el COVE score inferior a 15, pel que el més probable és que aquest resultat sigui un fals positiu. Degut als arguments esmentats, tenim indicis per pensar que L.tarentolae no presenta una selenoproteïna de la família Lmsel1.

Pel que fa a la família TR mitjançant l'anàlisi ràpid dels hits d'aquest genoma no hem trobat cap indici de proteïnes de la família TR, en canvi, hem obtingut una proteïna que al analitzar-la amb BLASTp sembla pertànyer a les família Dihidroliopamida deshidrogenasa. Aquest fet és lògic ja que la família TR i la Dihidroliopamida deshidrogenasa pertanyen al grup de les flavoproteïnes i són fàcils de confondre.

Trypanosoma congolense

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Mitjançant l'anàlisi ràpid dels hits d'aquest genoma no hem trobat cap indici de proteïnes de la família TR, en canvi, les proteïnes obtingudes analitzades amb BLASTp semblen pertànyer a les famílies Tripanothione reductase i Dihidroliopamida deshidrogenasa. Aquest fet sembla lògic ja que les tres famílies pertanyen al grup de les flavoproteïnes.

Crithidia fasciculata

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de la família de selenoproteïnes Lmsel1. Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.

Mitjançant l'anàlisi ràpid dels hits d'aquest genoma no hem trobat cap indici de proteïnes de la família TR, en canvi, les proteïnes obtingudes analitzades amb BLASTp semblen pertànyer a les famílies Tripanothione reductase i Dihidroliopamida deshidrogenasa. Aquest fet sembla lògic ja que les tres famílies pertanyen al grup de les flavoproteïnes.

Astrammina rara

Aquest protist no ha generat cap resultat significatiu al fer el tBLASTn amb cap de les querys emprades en l'anàlisi de cap de les dues famílies de selenoproteïnes ( Lmsel1 i TR). Per tant ja no hem buscat la presència de selenoproteïnes d'aquesta família en aquest genoma.