#!/bin/bash

export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH

cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/

export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg

chmod u+x UquerysX.pl

# Creamos los siguientes directorios para almacenar los resultados de este programa.

mkdir exonerate querysX exonerategff

for genome in Crithidia_fasciculata Trypanosoma_congolense Leishmania_tarentolae Leishmania_donovani_BPK282A1 Ichthyophthirius_multifiliis_strain_G5 Phytophthora_capsici Sphaeroforma_arctica Fragilariopsis_cylindrus Dictyostelium_fasciculatum Dictyostelium_discoideum_AX4 Albugo_laibachii_Nc14; do {

for seq in selprotT_human.fa selprotT_mouse.fa selR1_human.fa selR2_human.fa selR3_human.fa selR_cerevisiae.fa selR_droso.fa selR_elegans.fa; do {

# Ejecutamos el programa Perl que nos cambia la 'U' por 'X' de las secuencias de las querys.

./UquerysX.pl < $seq > querysX/X_${seq}

# A continuación, ejecutamos dos comandas del programa exonerate. Con la primera comanda obtenemos el alineamiento de cada query con la región de interés que hemos seleccionado de cada genoma. Con la segunda comanda obtenemos una tabla que nos muestra los exones de la región.

exonerate -m p2g -q querysX/X_${seq} -t subseq/subseq.${seq}.CONTRA.${genome}.fa > exonerate/exonerate_${seq}.CONTRA.${genome}.fa

exonerate -m p2g --showtargetgff -q querysX/X_${seq} -t subseq/subseq.${seq}.CONTRA.${genome}.fa | egrep -w exon > exonerategff/exonerate_${seq}.CONTRA.${genome}.gff

} done

} done