#!/bin/bash

export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH

cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/

export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg

mkdir blasts blasts_m8

# Del archivo que contiene los genomas (genomes_list_and_info.tab) extraemos la 4a columna y hacemos un tblastn de cada una de las querys, definidas por 'seq', contra una base de datos de blast (blastdb) y nos guardará los resultados del BLAST en la carpeta 'blasts' en un archivo que hemos llamado ${seq}.CONTRA.${genome}.tblastn

for seq in selprotN_human.fa selprotN_mouse.fa selprotT1_elegans.fa selprotT2_elegans.fa selprotT_anopheles.fa selprotT_drosophila.fa selprotT_human.fa selprotT_mouse.fa selR1_human.fa selR2_human.fa selR3_human.fa selR_cerevisiae.fa selR_droso.fa selR_elegans.fa; do {

for genome in Astrammina_rara Crithidia_fasciculata Trypanosoma_congolense Leishmania_tarentolae Leishmania_donovani_BPK282A1 Gregarina_niphandrodes Ichthyophthirius_multifiliis_strain_G5 Phytophthora_capsici Physarum_polycephalum Sphaeroforma_arctica Fragilariopsis_cylindrus Dictyostelium_fasciculatum Dictyostelium_discoideum_AX4 Albugo_laibachii_Nc14; do {

blastdb=`grep $genome /cursos/BI/genomes/protists/genomes_list_and_info.tab | cut -f 4`

blastall -p tblastn -i $seq -d $blastdb -e 0.0001 -o blasts/${seq}.CONTRA.${genome}.tblastn

blastall -p tblastn -i $seq -d $blastdb -e 0.0001 -o blasts_m8/${seq}.CONTRA.${genome}.tblastn -m8

} done

} done