#!/bin/bash

export PATH=/cursos/BI/bin/ncbiblast/bin:$PATH

cp /cursos/BI/bin/ncbiblast/.ncbirc ~/

export PATH=/cursos/BI/bin/exonerate/i386/bin:$PATH

export PATH=/cursos/BI/bin:$PATH

export WISECONFIGDIR=/cursos/BI/soft/wise-2.2.0/wisecfg

chmod u+x SECISearch.pl

# Creamos el siguiente directorio para almacenar los resultados de este programa.

mkdir SECIS

for genome in Crithidia_fasciculata Trypanosoma_congolense Leishmania_tarentolae Leishmania_donovani_BPK282A1 Ichthyophthirius_multifiliis_strain_G5 Phytophthora_capsici Sphaeroforma_arctica Fragilariopsis_cylindrus Dictyostelium_fasciculatum Dictyostelium_discoideum_AX4 Albugo_laibachii_Nc14; do {

for seq in selprotT_human.fa selprotT_mouse.fa selR1_human.fa selR2_human.fa selR3_human.fa selR_cerevisiae.fa selR_droso.fa selR_elegans.fa; do {

# Utilizamos el siguiente programa para buscar los elementos SECIS de la región de interés, que se encuentra en la carpeta 'subseq' que hemos utilizado para predecir la proteína

SECISearch.pl subseq/subseq.${seq}.CONTRA.${genome}.fa > SECIS/SECIS_${seq}.CONTRA.${genome}.fa

} done

} done