Família selenoproteïna	Protist	tBlastn	U alineada	Selenoproteïna	Homòleg en Cisteïna	Exonerate	GeneWise	cDNA	Proteïna	tCoffee	SECIS
SelH	A.anophagefferens
	P.berghei
	P.chabaudi
	N.caninum
	T.gondii_GT1
	E.tenella		U alineada amb R		En arginina
	P.marinus
	D.purpureum
	E.dispar
	E.invadens
	L.mexicana
	L.braziliensis
	E.huxleyi
SelI	A.anophagefferens
	P.berghei
	P.chabaudi
	N.caninum
	T.gondii_GT1
	E.tenella
	P.marinus
	D.purpureum
	E.dispar
	E.invadens
	L.mexicana
	L.braziliensis
	E.huxleyi
SelL	A.anophagefferens
	P.berghei
	P.chabaudi
	N.caninum
	T.gondii_GT1
	E.tenella
	P.marinus
	D.purpureum
	E.dispar
	E.invadens
	L.mexicana
	L.braziliensis
	E.huxleyi
SelN	A.anophagefferens
	P.berghei
	P.chabaudi
	N.caninum
	T.gondii_GT1
	E.tenella
	P.marinus
	D.purpureum
	E.dispar
	E.invadens
	L.mexicana
	L.braziliensis
	E.huxleyi

torna a dalt

SelH

Per buscar selH es van fer servir les següents espècies:

1. De SelenoDB:
   • Homo Sapiens
   • Mus Musculus
   • Drosophila Melanogaster H1
   • Drosophila Melanogaster H2
   • Drosophila Melanogaster H3
   • Anopheles gambiae
2. Dels genomes del 2010:
   • Monosiga brevicollis
3. De NCBI:
   • Chlamidomonas Reinhardtii

En fer el tBLASTn, en la majoria d'espècies excepte en les que es descriu a continuació, es van obtenir hits significaius. Aquests, o bé no contenien la U a l'alineament, o aquesta no estava alineada ni amb un codóo STOP ni amb una C. Per tant, es va descartar la presència de possibles selenoproteïnes en aquestes espècies.

A.anophagefferens

El tBLASTn del genoma de A.anophagefferens va donar hits significatius contra SelH de diferents espècies que, a més, es trobaven en el mateix contig. Per aquest motiu es va realitzar l'anàlisi només amb el hit que tenia el millor e-value, en aquest cas en Chlamidomonas reinhardtii (e-value de 4e-18). Es va fer exonerate i genewise i en ambdós casos la U de la selenoproteïna model es va alinear amb un codó STOP (TGA). Per acabar-ho de confirmar es va fer T_Coffee.
Per últim es va fer la cerca d'elements SECIS i es va obtenir un SECIS amb l'opció loose canonical i un score no gaire bo (5,46).

E.tenella

En aquest cas en el tBLASTn contra la seqüència de SelH1 de Drosophila melanogaster es van trobar dos hits significatius alineats amb una C i una R respectivament.

• Possible homòleg en cisteïna: l'e-value del hit era de 5e-04. Pel que fa a l'exonerate, no funcionava. A més, el genewise no alineava el tros que contenia la U. Per tant, es va decidir afegir el tros que contenia la U manualment per tal de dur a terme el T_Coffee, però la U no quedava alineada amb la C. Es va descartar la possibilitat de que fos un homòleg en cisteïna.
  
• Possible homòleg en arginina: l'e-value del hit era de 5e-05. Com en el cas anterior, l'exonerate no funcionava. Tant en el genewise com en el T_coffee, la U s'alineava amb una R. Per tant, pot ser que es tracti d'un homòleg en arginina. Tot i així, no es pot assegurar ja que en l'alineament no hi ha gaire conservació.
  

P.marinus

En Perkinsus marinus hi havia hits molt bons al tBLASTn que tenien la U alineada amb un STOP. El millor hit era el que estava alineat amb el genoma de Chlamydomonas reinhardtii (e-value de 5e-12). Es va fer exonerate però no funcionava i el genewise no alineava el tros de la query que contenia la U. Es va optar per agafar el tros de seqüència de P.marinus que ens havia alineat el tBLASTn (que contenia l'STOP) per realitzar un BLASTp al NCBI. En els resultats del NCBI es va observar que hi havia una proteïna de P.marinus (una peptidasa depenent de Zn) la qual tenia força homologia amb el tros de seqüència introduït. Seguidament, per tal de saber si el que s'estava alineant amb la SelH al tBLASTn es tractava d'una selenoproteïna o de la peptidasa depenent de Zn, es va fer un tBLASTn de la peptidasa de P.marinus contra el genoma de P.marinus. Naturalment, l'alineament era gairebé perfecte ja que la peptidasa és de P.marinus. Es va observar que un exó d'aquesta proteïna coincidia amb el tros que inicialment el tBLASTn ens alineava amb SelH. Per tant, P.marinus no té una SelH sinó una proteïna que té un exó molt semblant a un tros de SelH.
torna a dalt

SelI

Per buscar selI es van fer servir les següents espècies:

1. De SelenoDB:
   • Homo Sapiens
   • Mus Musculus
2. De treballs d'anys anteriors:
   • Phytophtora Infestans

El tBLASTn dels organismes de l'any anterior, excepte en L.braziliensis i L.mexicana, tot i donar hits significatius, presenten alineaments on no s'hi trobava la U, o bé estava alineada amb aminoàcids diferents de U o C. Com que les seqüències model de SelI presentaven la U a la part final, en els alineaments amb hits significatius es va mirar fins on alineaven respecte a la seqüència de la proteïna query. Per això, quan l'alineament s'acabava a prop de la U, tot i no incloure-la, es va fer exonerate i genewise per assegurar que no s'estava descartant una possible selenoproteïna que no era detectada per tBLASTn. Tanmateix, els alineaments amb l'exonerate o genewise continuaven sense alinear la U. Per tant, es va descartar la presència de selenoproteïnes en aquests organismes.

L.braziliensis

El tBLASTn de L.braziliensis presentava un hit amb un e-value molt bo, de 3e-31, alineat contra la proteïna d'Homo sapiens. Aquest alineament s'acabava just en l'aminoàcid anterior a U. Per tant, es va fer l'exonerate, el qual va fer un alineament curt i tampoc agafava la U. Per comprovar-ho es va fer genewise, que també alineava poc tros i no alineava la U. Finalment, es va fer un blastprotein contra la base de dades de l'NCBI. La seqüència que es va utilitzar va ser l'obtinguda en el tBLASTn ja que era la que alineava més tros. En els resultats no apareixia cap seqüència corresponent a SelI. Els millors hits corresponien a l'enzim aminoalcoholphosphotransferase. Per tant, es va descartar la presència de SelI en aquest protist.

L.mexicana

El tBLASTn de L.mexicana presentava un hit molt bo amb un e-value de 4e-29. Tot i que no alineava la U, l'alineament arribava fins la posició anterior a aquesta. La resta de hits van ser descartats perquè l'alineament acabava molt abans de la U. Es va fer exonerate i genewise però en cap dels dos casos s'alineava la U. Com en el cas anterior es va fer un blastprotein amb la base de dades de l'NCBI. La seqüència que es va utilitzar va ser la del tblastn ja que era la que presentava un major tros alineat. El resultat descartava que es tractés d'una selenoproteïna.
torna a dalt

SelL

Per buscar selL es van fer servir les següents espècies:

1. De la web de l'assignatura
   • Gasterosteus aculeatus
   • Oncorhynchus mykiss
   • Danio rerio
   • Squalus acanthias
   • Fugu orbimaculatus
   • Tetraodon nigroviridis
   • Ciona intestinalis
   • Molgula tectiformis
   • Salmo salar
2. Dels genomes del 2010:
   • Monosiga brevicollis

En cap dels organismes de l'any anterior, excepte en E. huxleyi i A. anophagefferens, no es va trobar cap selenoproteïna. En aquests casos en el tBLASTn es van obtenir hits poc significatius, pel que va descartar-se la presència d'aquesta família de selenoproteïnes.

E.huxleyi

En aquesta espècie es va trobar al fer tBLASTn un hit significatiu contra Monosiga brevicollis, una selenoproteïna identificada en el genoma d'un dels protists d'aquest any, amb un e-value de 0,003. Aquest hit presentava la U alineada amb un codó STOP. A continuació es va fer exonerate però no va funcionar i al realitzar el genewise aquest començava a alinear després de la posició on es situava la U. Tanmateix, es va fer el T_Coffee . En aquest cas l'alineament global obtingut no mostrava la U alineada amb una U, sinó amb un desplaçament d'un aminoàcid. Per arreglar-ho es va utilitzar la comanda següent: t_coffee test.fasta -gapopen -3.
El resultat obtingut va ser el següent. Aquests resultats indiquen que podria tractar-se d'una selenoproteïna.
Finalment, mitjançant SECIsearch es va fer una cerca d'elements SECIS en la seqüència de proteïna predita. No es va trobar cap element SECIS amb cap dels patrons de cerca possibles.

A.anophagefferens

El tBLASTn donava un resultat amb un e-value de 0,16 i una U alineada amb un codó STOP. Davant d'aquest resultat es va decidir realitzar l'exonerate, però no va donar resultat. Per aquest motiu es va realitzar el genewise. L'alineament produit era molt curt i no incloïa la U. Per tal de descartar la presència d'una selenoproteïna es va fer un protein BLAST contra la base de dades de NCBI amb la seqüència predita amb el tBLASTn, però no es va trobar cap hit significatiu.

torna a dalt

SelN

Per buscar selN es van fer servir les següents espècies:

1. De SelenoDB:
   • Homo sapiens
   • Mus musculus
2. De treballs d'anys anteriors:
   • Danio rerio

En totes les espècies en què es va estudiar la presència d'aquesta selenoproteïna, no es van trobar hits significatius en tBLASTn. Els e-values eren molt grans i en la majoria la U no es trobava alineada. Davant d'aquests resultats, no es va continuar l'anàlisis.
torna a dalt

torna a la pàgina principal