eEFsec
eEFsec correspon al factor d´elongació eucariota de les selenocisteïnes. Aquest factor actua durant el procés de traducció i en la síntesis del Sec-tRNA[Ser]Sec.
Per tal de determinar si la nostra espècie contenia eEFsec vam realitzar un tblastn per veure si hi havia algun hit prou significatiu entre les eEFsec presents en la SelenoDB i GeneDB amb el nostre genoma. A continuació es mostren els resultats:
Analitzant els resultats veiem que en totes les espècies amb que vam fer el tblastn obtenim bons hits , però el hit més significatiu correspon el que ens alineava la query corresponent a la seqüència protèica eEFsec de Mus musculus contra el genoma de Leishmania braziliensis. Aquest alineament donava un E-value prou significatiu amb un valor de 6e-75 i un score de 278.
A més, l´alineament obtingut de les dues seqüències era bastant bó. Aquestes dues evidències ens van fer sospitar de la possible presència de eEFsec en L. Braziliensis.
Tot seguit vam procedir a extreure la seqüència genòmica d´interés on s´havia produit l´alineament localitzada al contig: gi|154336958|ref|NC_009312.1|
A partir d´aquesta regió vam determinar la seva estructura gènica; és a dir, els exons i els introns presents en aquesta subseqüència. Això ho obtenim gràcies al programa genewise, el qual ens alinea aquesta subseqüència juntament amb la eEFsec de M. Musculus i ens localitza els exons i els introns. Els resultats es mostren a continuació:
A partir d´aquí vam agafar el cDNA predit pel programa Genewise i vam realitzat un fastatranslate per tal d´obtenir els 6 possibles ORFs. Per tal de poder determinar quin dels 6 possibles ORFs corresponia a la possible seqüència codificant de la selenoproteïna , vam realitzar un blastp entre els diferents ORFs contra la proteïna eEFsec de M. Musculus.
Finalment vam extreure la seqüència proteica a partir del millor hit obtingut per blastp; aquesta presentava un E-value 5e-88 i un score de 307.
A continuació es mostra la seqüència proteica predita corresponent a eEFsec de L. braziliensis:
>gi|154336958|ref|NC_009312.1|:subseq(1022989,7970).[2973:4040].sp [translate(1)] KMLNVNIGLLGHVDSGKTALAKALSRTASTAAFDKSPQSQSRGITLDLGFSACEVSVEDGNEDACEVLRSAELTKVQCTLV DCPGHASLIRTVVGGAQIIDAMVLVIDATKGMQAQTAECLVLGEVMAKPLVVVLNKVDAVQGATPEAKAATLAALKRRLQQ TFRRTRWPTVVIVEVAAAPREVMGRIGPPVNTEAVLPQVLRVVDLVALKAAKEREGERPERFYMLVDHCFAVRGQGTVFTG TVVAGMVQVGDTVLVPELQMTRKVKGLQVFHKPVGLARSGDRVGLCVAQFDPTRMERGVLCSAASSGRTLANSSQLIAKVH RVRYHPLPCDTHTKFHISIGHATVMGTMRYFS
A continuació vam realitzar per mitjà del programa Interpro una cerca de dominis proteics, on vam localitzar el domini característic del eEFsec.
Finalment vam realitzar un alineament múltiple amb les diferents espècies que presentaven eEFsec per tal de veure si havia conservació entre elles.
