#!/usr/bin/perl -w
# Abello Laie, Angelats Laura, Armenteros Elena, Ayneto Alba, Balcells Reyes
#per executar ./programa.petitgran.pl ./analisi ./definitiu
#abans de executar el programa cal borrar els arxius a analitzar que estiguin buits
# programa per distingir de forma automatica quins alineaments dins del genewise estan tallats.

	my @v;
	my $resultat;
	my $line;
	my $nom1;
	my $nom2;
	my $nom3;
	my $nom4;
	my $analisi;

	$nom1="analisigenewise";
	$nom2="analisiprot";
	$nom3="analisi";
	$nom4="definitiu";

#es genera un arxiu amb el nom de la selenoproteina,el tamany de l'arxiu que genera el genewise i el tamany de la sequencia extreta amb fastasubseq.

	system "ls -l *.genewise.fa | awk '{print \$9, \$5}' | sort -k1 > $nom1";#cal posar el nom adient en cada cas
	system "ls -l *.seq |sort -k9 | awk '{print \$5}'  > $nom2"; #cal posar el nom adient en cada cas
	system "paste -d \" \" $nom1 $nom2 > $nom3"; 

	&resultat; #compara el tamany dels dos arxius per tenir la relacio

	system "paste -d \" \" $nom3 resultat > $nom4";

	$resultat = $ARGV[1];
	open (F,$resultat);

# quan la sequencia i l'arxiu generat amb genewise tenen tamanys molt diferents considerem que el genewise no ha fet l'alineament complet.  
	
	while(<F>){

		$line=$_;
		chomp ($line);
    		@v = split(/\s/,$line);

	if ($v[3]<0.7) { # es considera significativa la diferencia a partir de 0,7 ja que hi ha un buit entre 0,7 i 0,5 (cap relacio es 0,6).

		$nom=$v[0];
		system " mv $nom $nom\.petit"

			}

	else {

		$nom=$v[0];
		system "mv $nom $nom\.gran"

	     }
		}

#relacio dels dos tamanys
	
	sub resultat   { 
			
	$analisi= $ARGV[0];
	open (F,$analisi);
	
	while (<F>){
		$line=$_;
		chomp ($line);
		@v = split(/\s/,$line);
	
		$resultat= ($v[1]/$v[1]) - ($v[2]/$v[1]);

		open (OUT, ">> resultat");
		print OUT $resultat;
		print OUT "\n";
		close (OUT); 

		   }  

			}


