RESULTATS Sel I (Supercontig 24)
Seqüència de la proteïna homòloga a Sel I:
Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:
Discussió de la proteïna:
En aquest supercontig no hem pogut caracteritzar la proteïna a causa de mals resultats del genewise i exonerate.
Un cop fet el BLAST hem realitzat un genewise aquí mostrat en format gff (Resultat GFF) per poder trobar els introns i l'estructura gènica per determinar, posteriorment, la seqüència d'aminoàcids.
El genewise ens troba només un intró. Tenint en compte el resultat d'aquest programa hem buscat la metionina inicial i el codó STOP. Ha estat aquí on ens hem trobat el problema:
Tot i que no hem pogut caracteritzar la proteïna homòloga de SelI humana, si que podem mostrar el resultat obtingut pel Broad Institute i que ens serveix per fer-nos una idea de l'estructura de la proteïna homòloga de SelI en Phytophthora infestans . De fet els resultats mostrats com a seqüència d'aminoàcids i de nucleòtids són extrets de la pàgina del Broad Institute.
El resultat del BLAST mostra homologia significativa amb valors d'score alts i baixos per l'e-value. En aquest cas, com passava en el supercontig 3, no hi havia alineament de la U amb cap aminoàcid, ja que l'alineament resultant no arribava fins a aquesta regi&oactue;.
El resultat de l'ExPASy ens dóna una proteïna amb un codó STOP abans de la primera metionina. Per determinar d'on pot venir aquest error hem realitzat el BLAST de la proteïna humana SelI amb els transcrits del Broad Institute, i ens ha trobat una potencial proteïna molt semblant a la humana en el supercontig 24 (el mateix que estem analitzant). El Broad Institute ens permet conèixer l' estructura d'aquest transcrit , això ens ha servit per veure que la nostra possible proteïna presenta un intró abans del identificat pel genewise. La presència d'aquest intró faria canviar la pauta de lectura i permetria trobar la metionina sense cap problema.
