RESULTATS eEFSec

Seqüència de la proteïna homòloga a eEFSec:

Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:

Discussió de la proteïna:

L' eEFSec (Eukaryotic elongation factor) és una proteïna que participa en la incorporació de la selenocisteïna en les proteïnes; és a dir forma part de la maquinària molecular de producció de les selenoproteïnes. El fet de trobar aquesta proteïna en algun organisme pot ser indicatiu de que aquest té la capacitat per sintetitzat aquest tipus de proteïnes.

En el cas de Phytophthora infestans hem descobert una proteïna homòloga a aquest factor d'elongació eucariota. El resultat del BLASTens mostra valors molt significatiu d'homologia, amb una E-value de 7e-93 i un score de 341.

Tot seguit hem realitzat el genewise, en aquest cas no ens ha mostrat la presència de cap intró en la nostra possible proteïna, per tant hem passat directament a la cerca del codó d'inici ATG i el de finalització mitjançant el procediment explicat a materials i mètodes.
Resultat GFF

Després de la identificació a partir del BLAST buscant en la seqüència genòmica, hem realitzat un segon BLAST de la proteïna identificada amb els diferents potencials transcrits identificats pel Broad Institute. Aquest pas ens ha permès comprovar que la proteïna identificada és significativament molt semblant (score de 955 bits -1469-, i un E-value de 0.0) a la proteïna hipotetica predita; i hem pogut descobrir també la seva estructura gènica, introns i exons que no havíem pogut predir em el programa genewise.

En aquesta imatge mostrem l'estructura del gen, observem que està format per 3 introns i 4 exons