SECIS Supercontig 1

A partir dels resultats de SECIS potencials, hem escollit els 2 valors que tenen un valor d'score més elevat.El primer resultat potencial que hem agafat és un que es troba en el supercontig 1, la seqüència del qual és la següent:



Després d'ampliar aquesta regió per la part 5' (per tal de buscar la possible selenoproteïna) i introduir-ho al GeneId, hem obtingut aquests resultats.

Aquest gen és el que ens ha predit el programa que es troba en tota aquesta regió. Tot i això, no el podem considerar una selenoproteïna perquè es troba en l'strand- i en canvi el SECIS predit es troba en l'strand positiu, i per tal de que el SECIS pugui ser utilitzat per la selenoproteïna, aquesta s'ha de trobar en el mateix strand.

Tot seguit hem buscat en la base de dades del Broad Institute, possibles proteïnes contingudes en la regió que ens interessa, i n'hem obtingut dues:







Hem vist que l'element SECIS es troba dins de la proteïna i entre l'intró i la zona codificant predita. Per tant podem concloure que no és una selenoproteïna, ja que els elements SECIS haurien d'estar darrere de la zona 3'UTR, i en aquest cas veiem que està al mig.

L'altre proteïna que hem obtingut a partir del Broad Institute, ha sigut la següent:







Aquesta seqüència d'una possible proteïna, no és necessària que l'analitzem, ja que aquesta està continguda en l'strand-, i els nostres elements SECIS es troben en l'strand positiu. és pel mateix motiu, que tots els EST que hem vist que s'han obtingut d'aquesta regió no és necessari que els analitzem, ja que també estan continguts en l'strand negatiu.


Finalment podem concloure, que tot i que aquest element SECIS potencial tenia un score molt elevat, de més de 17, no podem dir que realment ho sigui, i que estigui associat a una selenoproteïna.