RESULTATS MsrA

Discussió de la proteïna:

En la recerca de la Methionine sulfoxide reductase A (MsrA) d'Homo sapiens hem trobat una proteïna homòloga en el nostre organisme. En aquest cas la MsrA no es tracta d'una selenoproteïna en humà, i tampoc hem pogut identificar-la com a tal en Phytophthora infestans, ja que no presenta cap selenocisteïna en la seva estructura.

En la caracterització de la proteïna homòloga de MsrA, el primer resultat obtingut seguint el procediment general explicat en materials i mètodes ha estat una proteïna molt curta, que presentava el següent alineament amb el transcrit predit pel Broad Institute:

Tot i que aquest alineament és perfecte, el problema és que correspon a tota la seqüència de la proteïna predita per nosaltres, però només una petita part del transcrit predit en el Broad Institute. A continuació veiem la seqüència del transcrit del Broad Institute, i marcat amb vermell la seqüència predita a partir del BLAST.

Aquests resultats ens han fet pensar que potser hi havia algun error en el procediment seguit per caracteritzar la proteïna homòloga. A més a més la seqüència obtinguda també era molt més curta que la de la proteïna MsrA humana. Per intentar corregir aquest error i poder caracteritzar una proteïna amb més homologia a la humana hem decidit amplificar el rang de nucleòtids en la cerca de l'estructura gènica en el genewise.

Els resultats que es mostren a continuació són tots a partir d'aquesta modificació en el procediment de recerca.

Seqüència de la selenoproteïna homòloga:

Seqüència de nucleòtids on es troba la proteïna:

Podem determinar que en el nostre organisme trobem una proteïna homòloga a la Metionina Sulfòxid Reductasa A humana. El BLAST ens ha donat diferents hits però en el mateix supercontig, el 39, mirant la seqüència podem veure que els alineaments són solapants i que pertanyen a la mateixa proteïna. Utilitzem l'alineament amb màxim score i menys E-value per seguir amb l'anàlisi.

Després hem realitzat el genewise, en aquest cas no ens ha mostrat la presència de cap intró en la nostra possible proteïna, per tant hem passat directament a la cerca del codó d'inici ATG i el de finalització mitjançant el procediment explicat a materials i mètodes.

Després de la identificació a partir del BLAST hem realitzat també un BLAST de la proteïna identificada amb els diferents potencials transcrits identificats pel Broad Institute per veure si coincideixen. Els resultats obtinguts mostren alineaments significatius amb transcrits predits en el mateix supercontig 39, per tant els nostres resultats coincideixen amb els del Broad Institute, tot i que seguim observant un escurçament en la seqüència protèica tot i haver allargat la seqüència i introduïda en el genewise.

A més a més aquest últim pas ens permetrà construir l'estructura gènica de la proteïna que no ens havia permès el genewise. A continuació es mostren els resultats dels alineaments i l'esquema de l'estructura del gen que ens permetrà entendre la de la nostra proteïna.