El quadre següent fa referència als resultats obtinguts en l'anàlisi del BLAST per a les proteïnes que apareixen a SelenoDB d' Homo sapiens. Cal tenir en compte que el BLAST ha donat altres aliniaments que no han estat inclosos en aquesta taula per no ésser significatius.
Proteïna | Aminoàcids | Cromosoma | Score | e-value | Match | Nucleòtid d'inici | Nucleòtid final |
eEFSec (Sel B) | 596 | 34 | 275 | 7e-74 | 34% (524) | 1079383 | 1080924 |
GPx1 | 203 | 26 | 75,1 | 3e-14 | 32% (182) | 227741 | 227268 |
26 | 75,1 | 3e-14 | 32% (187) | 225470 | 224982 | ||
36 | 68,6 | 3e-12 | 29% (182) | 1298307 | 1297858 | ||
GPx2 | 190 | 26 | 74,3 | 5e-14 | 28% (184) | 225470 | 224988 |
26 | 72,8 | 1e-13 | 29% (182) | 227741 | 227265 | ||
36 | 60,5 | 8e-10 | 28% (163) | 1298307 | 1297912 | ||
GPx3 | 226 | 26 | 89,4 | 2e-18 | 32% (185) | 225470 | 224982 |
26 | 89 | 3e-18 | 33% (181) | 227741 | 227265 | ||
36 | 55,5 | 3e-08 | 26% (158) | 1298310 | 1297921 | ||
GPx4 | 197 | 26 | 130 | 5e-31 | 42% (156) | 227741 | 227280 |
26 | 125 | 1e-29 | 42% (156) | 225470 | 225009 | ||
36 | 87,4 | 5e-18 | 33% (143) | 1298307 | 1297903 | ||
GPx5 | 221 | 26 | 93,2 | 1e-19 | 35% (179) | 227741 | 227265 |
26 | 90,9 | 7e-19 | 35% (179) | 225470 | 224994 | ||
36 | 60,8 | 6e-10 | 26% (175) | 1298310 | 1297870 | ||
GPx6 | 221 | 26 | 86,3 | 2e-17 | 33% (183) | 227747 | 227265 |
26 | 84,3 | 6e-17 | 33% (181) | 225470 | 224994 | ||
36 | 56,6 | 1e-08 | 29% (158) | 1298310 | 1297921 | ||
GPx7 | 187 | 26 | 100 | 5e-22 | 35% (157) | 227735 | 227265 |
26 | 100 | 5e-22 | 35% (157) | 225464 | 224994 | ||
36 | 99,4 | 1e-21 | 36% (151) | 1298301 | 1297858 | ||
GPx8 | 209 | 26 | 85,1 | 3e-17 | 31% (159) | 227741 | 227265 |
26 | 84,3 | 6e-17 | 31% (160) | 225473 | 224994 | ||
36 | 102 | 2e-22 | 37% (142) | 1298277 | 1297858 | ||
SPS1 | 392 | 36 | 256 | 2e-68 | 42% (379) | 2159227 | 2158139 |
SPS2 | 448 | 36 | 227 | 1e-59 | 38% (397) | 2159218 | 2158139 |
Sel I | 397 | 36 | 97,8 | 1e-20 | 39% (136) | 2330218 | 2329829 |
Sel R1 | 116 | 28 | 46,6 | 3e-06 | 30% (99) | 1039100 | 1039390 |
Sel R2 | 199 | 28 | 77,8 | 4e-15 | 32% (140) | 1039022 | 1039399 |
Sel R3 | 192 | 28 | 83,2 | 1e-16 | 39% (126) | 1039025 | 1039390 |
Sel T | 195 | 35 | 48,5 | 3e-06 | 25% (173) | 518224 | 518691 |
MsrA | 235 | 7 | 105 | 3e-23 | 39% (164) | 521791 | 522282 |
TR1 | 499 | 5 | 220 | 2e-57 | 32% (453) | 105503 | 106807 |
32 | 136 | 5e-32 | 26% (442) | 1469817 | 1471070 | ||
TR2 | 524 | 5 | 229 | 4e-60 | 34% (458) | 105449 | 106780 |
32 | 134 | 1e-31 | 28% (453) | 1469769 | 1471076 | ||
TR3 | 754 | 5 | 214 | 3e-55 | 31% (459) | 105449 | 106777 |
32 | 126 | 5e-29 | 26% (430) | 1469823 | 1471070 |
A continuació es pot observar una taula amb els resultats del BLAST obtinguts per a les proteïnes de la maquinària o essencials per a la síntesi de selenoproteïnes. No s'han trobat hits per a la Sel A.
Proteïna | Aminoàcids | Cromosoma | Score | e-value | Match | Nucleòtid inici | Nucleòtid final |
PSTK | 287 | 36 | 33,5 | 0,27 | 25% (222) | 2208115 | 2207561 |
33 | 30,8 | 1,7 | 28% (95) | 347683 | 347922 | ||
7 | 30,0 | 2,4 | 35% (48) | 148708 | 148830 | ||
SECp43 | 287 | 35 | 77,4 | 1e-14 | 32% (168) | 2013191 | 2013664 |
25 | 55,5 | 5e-08 | 32% (155) | 21409 | 20966 |
Com es pot veure en el quadre anterior, la PSTK no ha donat resultats significatius, segons els criteris establerts. De tota manera, s''a inclòs ja que apareixia predita a l'article de Cassago et al. i per tant es realitzaran l'anàlisi pertinent.
S'ha realitzat l'anàlisi des del principi, seguint els passos indicats a materials i mètodes, per les selenoproteïnes trobades a Plasmodium [fitxer multifasta]. Només començar, el resultat del blast ha estat poc esperançador ja que no hi ha hagut aliniament. Amb la qual cosa, s'ha finalitzat en aquest punt el procés.
A continuació es mostra un arxiu amb els GFF i dos arxius multifasta amb els cDNAs i les seqüències de proteïnes predites.
GFF | cDNA | Proteïna |
arxiu.GFF | arxiu.cDNA | arxiu.proteïna |
Al següent apartat es presentaran les diferents prediccions gèniques fetes a partir dels BLASTs significatius en funció dels passos descrits a materials i mètodes. Els resultats se separen en proteïnes de la maquinària i selenoproteïnes en sí. Clicant sobre el nom de la proteïna s'accedeix a una pàgina amb els resultats d'aquesta. Al costat es troba un arxiu FASTA que conté la informació del GFF, la seqüència de proteïna i el cDNA.
Maquinària de Selenoproteïnes
eEFSec | eEFSec.fa | SPS | SPS.fa |
TR | TR.fa | SECp43 | SECp43.fa |
L'anàlisi del GeneWise per a la PSTK s'ha realitzat i la predicció obtinguda no ha estat significativa. Tot i que s'esperava trobar aquesta proteïna en Leishmania infantum, no ha estat així.
Selenoproteïnes
GPx | GPx26A.fa | GPx26B.fa | GPx36.fa | MsrA | MsrA.fa |
SelI | SelI.fa | SelR | SelR.fa | ||
SelT | SelT.fa |
Predicció tRNAsec
A continuació es mostren els resultats obtinguts de la predicció de tRNA's, l'únic resultat existent és el que es presenta a continuació i concorda amb els resultats presentats a Cassago et al.
Anticodó | Nucleòtid inici | Nucleòtid final | Cromosoma | Strand | Score | |
tRNAsec | TCA | 69648 | 69561 | 6 | - | 24,20 |
GCCGCGATgAGCTCAGCTGGTgcTGGGTGCGGGCTTCAAACCCGTAGGTGAGTTGCTCTCACAGCCGTTCGATTCGGCcTTCGTGGCG >>>>>>>...>>>>..........<<<<>>>>>.......<<<<<..>.>>>...<<<.<..>>>>>.......<<<<.<<<<<<<<.
[Selenoproteïnes] | [Leishmania infantum] | [Materials i mètodes] | [Discusió] |