Resultats


Prediccions amb BLAST

El quadre següent fa referència als resultats obtinguts en l'anàlisi del BLAST per a les proteïnes que apareixen a SelenoDB d' Homo sapiens. Cal tenir en compte que el BLAST ha donat altres aliniaments que no han estat inclosos en aquesta taula per no ésser significatius.



Proteïna Aminoàcids Cromosoma Score e-value Match Nucleòtid d'inici Nucleòtid final
eEFSec (Sel B) 596 34 275 7e-74 34% (524) 1079383 1080924
GPx1 203 26 75,1 3e-14 32% (182) 227741 227268
26 75,1 3e-14 32% (187) 225470 224982
36 68,6 3e-12 29% (182) 1298307 1297858
GPx2 190 26 74,3 5e-14 28% (184) 225470 224988
26 72,8 1e-13 29% (182) 227741 227265
36 60,5 8e-10 28% (163) 1298307 1297912
GPx3 226 26 89,4 2e-18 32% (185) 225470 224982
26 89 3e-18 33% (181) 227741 227265
36 55,5 3e-08 26% (158) 1298310 1297921
GPx4 197 26 130 5e-31 42% (156) 227741 227280
26 125 1e-29 42% (156) 225470 225009
36 87,4 5e-18 33% (143) 1298307 1297903
GPx5 221 26 93,2 1e-19 35% (179) 227741 227265
26 90,9 7e-19 35% (179) 225470 224994
36 60,8 6e-10 26% (175) 1298310 1297870
GPx6 221 26 86,3 2e-17 33% (183) 227747 227265
26 84,3 6e-17 33% (181) 225470 224994
36 56,6 1e-08 29% (158) 1298310 1297921
GPx7 187 26 100 5e-22 35% (157) 227735 227265
26 100 5e-22 35% (157) 225464 224994
36 99,4 1e-21 36% (151) 1298301 1297858
GPx8 209 26 85,1 3e-17 31% (159) 227741 227265
26 84,3 6e-17 31% (160) 225473 224994
36 102 2e-22 37% (142) 1298277 1297858
SPS1 392 36 256 2e-68 42% (379) 2159227 2158139
SPS2 448 36 227 1e-59 38% (397) 2159218 2158139
Sel I 397 36 97,8 1e-20 39% (136) 2330218 2329829
Sel R1 116 28 46,6 3e-06 30% (99) 1039100 1039390
Sel R2 199 28 77,8 4e-15 32% (140) 1039022 1039399
Sel R3 192 28 83,2 1e-16 39% (126) 1039025 1039390
Sel T 195 35 48,5 3e-06 25% (173) 518224 518691
MsrA 235 7 105 3e-23 39% (164) 521791 522282
TR1 499 5 220 2e-57 32% (453) 105503 106807
32 136 5e-32 26% (442) 1469817 1471070
TR2 524 5 229 4e-60 34% (458) 105449 106780
32 134 1e-31 28% (453) 1469769 1471076
TR3 754 5 214 3e-55 31% (459) 105449 106777
32 126 5e-29 26% (430) 1469823 1471070

Per altra banda, també s'inclouen aquelles proteïnes sense hits en BLAST:

DI1
Sel 15
Sel H
Sel K
Sel M
Sel O
Sel P
Sel S
Sel U1
Sel U2
Sel U3
Sel V
Sel W1
I per últim, les proteïnes amb resultats no significatius en BLAST segons els criteris establerts a Materials i Mètodes:

DI2
DI3
SBP2
Sel N
Sel W2

A continuació es pot observar una taula amb els resultats del BLAST obtinguts per a les proteïnes de la maquinària o essencials per a la síntesi de selenoproteïnes. No s'han trobat hits per a la Sel A.

Proteïna Aminoàcids Cromosoma Score e-value Match Nucleòtid inici Nucleòtid final
PSTK 287 36 33,5 0,27 25% (222) 2208115 2207561
33 30,8 1,7 28% (95) 347683 347922
7 30,0 2,4 35% (48) 148708 148830
SECp43 287 35 77,4 1e-14 32% (168) 2013191 2013664
25 55,5 5e-08 32% (155) 21409 20966

Com es pot veure en el quadre anterior, la PSTK no ha donat resultats significatius, segons els criteris establerts. De tota manera, s''a inclòs ja que apareixia predita a l'article de Cassago et al. i per tant es realitzaran l'anàlisi pertinent.

S'ha realitzat l'anàlisi des del principi, seguint els passos indicats a materials i mètodes, per les selenoproteïnes trobades a Plasmodium [fitxer multifasta]. Només començar, el resultat del blast ha estat poc esperançador ja que no hi ha hagut aliniament. Amb la qual cosa, s'ha finalitzat en aquest punt el procés.

Prediccions amb GeneWise

A continuació es mostra un arxiu amb els GFF i dos arxius multifasta amb els cDNAs i les seqüències de proteïnes predites.

GFF cDNA Proteïna
arxiu.GFF arxiu.cDNA arxiu.proteïna

Al següent apartat es presentaran les diferents prediccions gèniques fetes a partir dels BLASTs significatius en funció dels passos descrits a materials i mètodes. Els resultats se separen en proteïnes de la maquinària i selenoproteïnes en sí. Clicant sobre el nom de la proteïna s'accedeix a una pàgina amb els resultats d'aquesta. Al costat es troba un arxiu FASTA que conté la informació del GFF, la seqüència de proteïna i el cDNA.

Maquinària de Selenoproteïnes

eEFSec eEFSec.fa SPS SPS.fa
TR TR.fa SECp43 SECp43.fa

L'anàlisi del GeneWise per a la PSTK s'ha realitzat i la predicció obtinguda no ha estat significativa. Tot i que s'esperava trobar aquesta proteïna en Leishmania infantum, no ha estat així.

Selenoproteïnes

GPx GPx26A.fa GPx26B.fa GPx36.fa MsrA MsrA.fa
SelI SelI.fa SelR SelR.fa
SelT SelT.fa

Predicció tRNAsec

A continuació es mostren els resultats obtinguts de la predicció de tRNA's, l'únic resultat existent és el que es presenta a continuació i concorda amb els resultats presentats a Cassago et al.

Anticodó Nucleòtid inici Nucleòtid final Cromosoma Strand Score
tRNAsec TCA 69648 69561 6 - 24,20

GCCGCGATgAGCTCAGCTGGTgcTGGGTGCGGGCTTCAAACCCGTAGGTGAGTTGCTCTCACAGCCGTTCGATTCGGCcTTCGTGGCG >>>>>>>...>>>>..........<<<<>>>>>.......<<<<<..>.>>>...<<<.<..>>>>>.......<<<<.<<<<<<<<.



Tornar a la pàgina inicial

[Selenoproteïnes] [Leishmania infantum] [Materials i mètodes] [Discusió]