Abstract Introducció Materials i Mètodes Resultats Discussió Bibliografia

  • Materials i Mètodes


    • El primer pas que hem realitzat, és trobar el gen que reconeixia la proteïna que se'ns ha assignat: 


    MEELSADEIRRRRLARLAGGQTSQPTTPLTSPQRENPPGPPIAASAPGPSQSLGLNVHNMTPATSPIGAA
DNIAVRGLHVGQHHQLLPMDSSKKTEVVLLACGSFNPITNMHLRLFELAKDYMHATGKYSVIKGIISPVG
DAYKKKGLIPAHHRIIMAELATKNSHWVEVDTWESLQKEWVETVKVLRYHQEKLATGSCSYPQSSPALEK
PGRKRKWADQKQDSSPQKPQEPKPTGVPKVKLLCGADLLESFSVPNLWKMEDITQIVANFGLICITRAGS
DAQKFIYESDVLWRHQSNIHLVNEWITNDISSTKIRRALRRGQSIRYLVPDLVQEYIEKHELYNTESEGR
NAGVTLAPLQRNAAEAKHNHSTL

    Gràcies a un tblastn realitzat a la pàgina web de NCBI hem descobert que la seqüència proporcionada pertany a una proteïna quimèrica de ratolí codificada pels gens Ufd2 i D4Cole1e.


    1. Caracterització de l'estructura genòmica del gen:

    La base de dades Ensembl, ens proporciona la majoria d' informació desitjada en aquest punt, tan la que fa referència als exons, com la dels transcrits. Aquesta informació ha estat contrastada amb la proporcionada pel Genome Browser de UCSC. Per obtenir informació de les diferents isoformes codificades pel gen, hem utilitzat la base de dades Swissprot i Uniprot.


    2. Estudi de l'homologia del gen en altres espècies:

    En aquest punt també hem utilitzar la base de dades Ensambl, on se'ns mostra els ortòlegs dels dos gens. A partir d'ella, construïm una taula fixant-nos en el valor de query i ordenant els diferents ortòlegs en funció d'aquest paràmetre. Comentar que les dades obtingudes han estat contrastades amb la informació proporcionada per Biomart.

    Per altre banda, hem completat l'estudi mitjançant la construcció d'arbres filogenètics amb el programa MEGA gràcies a les seqüències homòlogues proporcionades per Ensembl.

    3. Caracterització de l'expressió del gen:

    L'expressió del gen ha estat obtinguda del Genome Browser, observant les dades que ens donen els assajos d'expressió en microarrays, ja que aquests ens proporcionen informació més extensa que la donades pel Gene Sorter. Hem construït una taula amb tots els teixits on hem trobat una sobreexpressió relativa sense aplicar cap filtre, ja que ambos gens presenten nivells de sobreexpressió força baixos per a tots els teixits. A més a més, ens hem descarregat imatges de l'expressió d'un dels gens amb VisiGene.


    4. Caracterització de la regió promotora del gen:

    Aquest apartat s'ha realitzat de dos maneres diferents paral·lelament:

  • Hem realitzat un programa Perl, amb les instruccions donades per la pàgina web de l'assignatura, que ens dóna el nom del factor de transcripció i el seu p-value corresponent.

  • Mitjançant el servidor web del programa PROMO, a partir de matrius de factors de transcripció de ratolins, hem analitzat la nostra seqüència amb una dissimilaritat del 15%. De tots els resultats obtinguts, hem realitzat una taula amb tots els factors de transcripció que ens donaven un RE equally menor a 1.


    5. Estudi de la funció del gen:

    Finalment, hem fet una cerca de la funció del gen buscant articles a Pubmed relacionats amb qualsevol dels dos gens o del gen quimèric, sempre guiant-nos pels termes GO de la base de dades Gene Ontology.