El gen PRR5 dóna lloc a 3 isoformes diferents i 5 transcrits. Això es degut a que l'exó 1 té tres seqüències alternatives: 1, 1A i 1B amb els promotors 1, 1A i 1B respectivament. Els exons alternatius 1 i 1B es troben envoltats de illes CpG, mentre que l'exó alternatiu 1A no es troba envoltada de aquestes illes.
L'exó alternatiu 1 dòna lloc a els transcrits 1 i 2, que s'expresen majoritàriament en el cervell. L'exó alternatiu 1A dòna lloc als transcrits 3 i 4, que s'expresen en el ronyó. Per últim, l'exó alternatiu 1B forma el transcrit 5, que és el més expresat.
En la següent imatge podem veure un esquema de la formació de les diferents variants segons la combinació d'exons
Els transcrits donen lloc a les diferents isoformes:
La isoforma 1 i 2 es diferencien pel seu punt d'inici de la transcripció
El gen ARHGAP8 dólloc a 2 isoformes diferents que es diferèncien en l'absència del exó 5. Aquest exó confereix 31 amino&aagrave;cids al segment N-terminal BCH/Sec14p-like. Al realitzar estudis sobre aquest splicing alternatiu, es va descobrir un tercer trànscrit que consisteix en la pérdua dels 15pb finals de l'exó 5. Es perden cinc aminoàcids (YWDYR).
En la següent imatge veiem en l'apartat A un western Bloth que ens mostra la precència de les diferents isoformes en els teixits alhora. Seguit (B) veiem un esquema de la formació dels diferents transcrits i després (C) l'esquema dels parells de bases que es perden al generar els diferents transcrits.
La proteïna de fusió ARHGAP8 PRR5 té 11 transcrits diferents. En la taula que es mostra a continuació podem veure que tots transcriuen donant lloc a diferents isoformes de la proteïna ja que tots ells es trasncriuen.
| Transcrit | Proteïna | Nom de la Proteïna | Esquema |
| ENST00000006251 | ENSP00000006251 | Q9NSG0-8 |  |
| ENST00000336963 | ENSP00000337287 | RHG08_HUMAN |  |
| ENST00000336985 | ENSP00000337464 | Q9NSG0-5 |  |
| ENST00000336995 | ENSP00000337560 | RHG08_HUMAN |  |
| ENST00000352766 | ENSP00000262731 | R HG08_HUMAN |  |
| ENST00000356099 | ENSP00000348407 | RHG08_HUMAN |  |
| ENST00000361473 | ENSP00000354732 | Q9NSG0-5 |  |
| ENST00000389772 | ENSP00000374422 | RHG08_HUMAN |  |
| ENST00000389773 | ENSP00000374423 | RHG08_HUMAN |  |
| ENST00000389774 | ENSP00000374424 | RHG08_HUMAN |  |
| ENST00000389775 | ENSP00000374425 | RHG08_HUMAN |  |
A continuació fem una taula dels exons dels diferents trànscrits i la seva fase de lectura.
TaulaEl transcrit tenen un número d'exons variable i no tots ells transcriuen. Basant-nos en les seves fases de lectura i fent un blast de cada transcrit hem intentat saber a quina isoforma correspon cada transcrit
A partir de les dades trobades a ensembl, hem realitzat la següent taula sobre les homologies de la proteïna de fusió PRR5-ARHGAP8 humana en altres espècies. La funció que es conserva es la de l'activitat GTPasa.
| Espècie | Gen | Proteïna | Identitat gen (%) | Identitat proteïna (%) |
| Cannis familiaris | Rho-GTPase-activating protein 8 | XP_851463.1 | 86.7 | 86.7 |
| Mus musculus | RIKEN cDNA 3110043J09 gene | NP_082731.1 | 86.7 | 84.1 |
| Ratus norvergicus | Rho GTPase activating protein 8 | NP_001004242.1 | 86.2 | 84.2 |
| Gallus gallus | similar to ARHGAP8 protein | XP_416463.1 | 75.6 | 69.3 |
Per veure els llocs d'expresió de la nostre proteïna de fusió hem utilitzats la font de dades de USCS, genome browse. Hem examinat els microarrays i, alhora, em comparat la informació obtinguda amb la informació treta de articles.
PRR5-ARHGAP8 s'expresa en altes quantitats en la placenta, la prostata, es pulmons, la tiroides i les cèl.lules epitelials del bronqui. En menor proporció també s'expresa en adenocarcinomes colorectals i en el limfoma de Burkitts. Aquesta expresió es relaciona amb la seva posible funció antitumoral que, segons estudis recents, pot tenir la proteïna de fusió PRR5-ARHGAP8.
En la imatge següent podem veure la expresió segons els resultats del microarray. El colors vermells equivalen a una major expresió mentre que els colors verds indoquen una baixa expresió
També hem buscat l'expresió de les proteïnes per separat en les seves diferents isoformes. PRR5 isoforma 1 s'expresa en la placenta, el fetge, el cor, les cèl.lules T CD4 i CD8 i en les cèl.lules de la early erythroid.
La isoforma 2 de PRR5 s'expresa en gairebé els mateixos llocs que la isoforma 1, però amb algunes diferències. El trobem en la placenta, el fetge, el cor, les cèl.lules T Cd4 i CD8 i en les cèl.lules early erythroid igual que la isoforma 1. Però també està en les cèl.lules NK i, en menor proporció en els pulmons i la tiroides com la proteïna de fusió. Al material bibliogràfic que hem estat buscant, localitzaven el major punt d'expresió de la isoforma 2 de PRR5 en el cervell, però els estudis de microarrays no ens ho indica així
La isoforma 3 de PRR5 s'expresa en les cèl.lules early erythroid, les cèl.lules T CD4 i CD8 igual que en les isoformes 1 i 2. També s'expresa en les cèl.lules NK com la isoforma 2. En menor proporció s'expresa en el cor, la placenta, el fetge i els pulmons en molt baixa proporció. En baixa proporció també s'expresa en el limfoma de Burkitts, com la proteïna de fusió.
La proteïna ARHGAP8 s'expresa en els mateixos llocs que PRR5 i que la proteïna de fusió. La isoforma 1 s'expresa en la tiroides, la tiroides fetal, la prostata, la placenta, els pulmons i les cèl.lules epitelials dels bronquis. En menor proporció s'expresa en el adenocarcinoma colorectal i el limfoma de Burkitts, igual que la proteïna de fusió.
La isoforma 2 de ARHGAP8 s'expresa en els mateixos teixits que la isoforma 1, afegint, en baixa proporció, la testis.
Utilitzant el programa del servidor web PROMO hem buscat la seqüència promotora de la nostre proteïna de fusió PRR5-ARHGAP8. Al obtenir un gran nombre de possibles resultats, hem seleccionat aquells que tenen una REequally més petita que 0,08.
A continuació s'adjunta la taula dels resultats obtinguts:
La funció de la proteï:na de fusió PRR5-ARHGAP8 es, avui en dia, encara desconeguda. Es creu que pot tractar-se d'un supresor tumoral en els adenocarcinomes colorectals i en el limfoma de Burkitts, però encara no s'han pogut demostrar. Per això, analitzarem la funció de les dos proteïnes que formen la proteïna de fusió per separat.
La proteïna PRR5 no conté cap domini asociat, es tracta de una seqüència rica en prolines de 42KDa. Alguns estudis relacionen aquesta proteïna com un possible supresor de tumors, especialment els de pit. Aquesta teoria ve donada porquè, s'ha observat una major proporció de PRR5 en cèl.lules sanes de pit que en les tumorals. Alguns estudis, per això, li otorguen aquesta capacitat supressora de tumors en els cancers colonorectals.
Pel contrari, ARHGAP8, es troba altament conservada i consta de tres clars dominis. Pertany a la familia de les RhoGAP, una GTPasa. És una proteïna homologa a ARHGAP1. En la regió N-terminal es troba el domini Sec14p-like (BCH lipid binding). Es tracta d'un domini característic de les proteïnes regulades per lípids. Li permet formar complexes amb proteïnes que poseeixin el mateix domini. Al sector central es troba el domini SH3 binding. Es tracta d'un domini que interacciona amb les seqüències riques en prolina o aminoàcids hidrofòbics. Segons alguns estudis, l'activitat GTPasa s'activa a través de la unió a aquest domini. Per últim, en la regió C-terminal trobem el domini RhoGAP, que és el que produeix l'activitat GTPasa (GO:0005096) (hidrolització de GTP unit inactivant la proteïna).
ARHGAP8 està implicada en procesos de movilitat cel.lular(GO:0030036) (reorganització del citoesquelet d'actina) i en la proliferació cel.lular (activació de cascades de quinases que regulen l'expresió gènica) i la migració cel.lular (GO:0030335)
Torna
