#########################################################################################################
################################### P R O G R A M A   1  ################################################
#########################################################################################################

#!/usr/bin/perl -w
use strict;

## DEFINICIO DE VARIABLES

my $infile; ## emmagatzema el fitxer de dades d'entrada
my $grup;   ## registra el grup que volem mostrar amb print

my $sp;     ## per l'intro actual, emmagatzema l'especie
my $intro;  ## per l'intro actual, enregistra el nom d'intro
my $seq;    ## per l'intro actual, enregistra la sequencia de nucleotids

my %hash;
my @tots_els_introns; 
my $g;      ## index de @tots_els_introns
my @esp = ('Sc','Sb','Sm','Sp','star'); ## emmagatzema les 4 especies que ja sabem que tenim
my $j;      ## index de @esp

my $linia; ## enregistra $seq de 'Sc'
my $star;  ## enregistra $seq de 'star'

my $actual; ## enregistra la sequencia de l'especie que mirem
my $a;      ## compta quantes sequencies de $actual compleixen la condicio

my @branch_sp;   ## enregistra heptamers de $linia
my @branch_star; ## enregistra heptamers de $star
my $i;           ## index a @branch_sp i @branch_star (coincideix)
my $b;           ## si troba branch-site, aquest valor es fa 1.
my %branches;    ## emmagatzema la posicio on comença el branch-site, per a cada intro

my $interruptor; ## si l'intro te 3 senyals reguladores consens, aquest parametre es fa 1.

my %consenso;    ## emmagatzema $linia i $star per cada intro consens
my %no_consenso; ## emmagatzema $linia i $star per cada intro no consens




if(scalar(@ARGV)<2){
    print"Escriu: perl primer.pl dataset.txt 1 o 2 (consens/noconsens)\n";
    exit (1);
};


$infile = $ARGV[0];
$grup = $ARGV[1];  


if (!open(INFILE,"< $infile")){
    print"primer.pl: impossible obrir $infile\n";
    exit (1);
};


## CONSTRUCCIO DEL HASH

$g = 0; 

while(<INFILE>){
    chomp;

    if ($_ =~/(S\w)_(\S+)\s([ACGT-]+)/){
	$sp = $1;    ## enregistra l'especies de la linia que llegeix de dataset.txt
	$intro = $2; ## enregistra el nom de l'intro de la linia que llegeix de dataset.txt
	$seq = $3;   ## enregistra la sequencia de nucleotids que llegeix a dataset.txt
    };    

    if ($_ =~ /\s([\* ]+)/g){
	$sp = 'star';
	$seq = $1;
	$tots_els_introns[$g] = $intro; ## enregistra tots els noms d'introns que usem
        $g = $g + 1;
    };

    $hash{$intro}{$sp} = $seq;
};

## RECORRE %HASH PER DIFERENCIAR DOS GRUPS D'INTRONS: consens / no consens.

$g = 0;

while($g < scalar(@tots_els_introns)){ ## utilitza @tots_els_introns per recorrer %hash
    $interruptor = 0; 
    $a = 0; ## assigna 0 tots els indexs i comptadors
    $j = 0;
    $i = 0;
    $b = 0;
    $linia = $hash{$tots_els_introns[$g]}{'Sc'};
    $star = $hash{$tots_els_introns[$g]}{'star'};
    
## CERCA DE BRANCH CONSENS
    
    while($i <= length($linia) - 7){
	$branch_sp[$i] = substr($linia,$i,7);
	$branch_star[$i] = substr($star,$i,7);
	if(($branch_sp[$i] eq 'TACTAAC') && ($branch_star[$i] eq '*******')){
	    $branches{$tots_els_introns[$g]} = $i; 
	    $b = $b + 1;
	    $i = length($linia) + 1;
	    
	};
	$i = $i + 1;
    };
    
## CERCA DE DONOR-SITE CONSENS
    
    if(($b > 0) && ($linia =~/\AGTATGT[ACTG-]+\Z/) && ($star =~/\A\*{6}[\* ]+\Z/)){
	while($j <= 3){
	    $actual = $hash{$tots_els_introns[$g]}{$esp[$j]};
	    
## CERCA D'ACCEPTOR-SITE CONSENS
	    
	    if (($actual =~/\A[ACGT-]+[CT]AG\Z/) && ($star =~/\A[\* ]+\*{2}\Z/)){
		$a = $a + 1;	   
	    }; 

	    $j = $j + 1; 
	    if ($a == 4){  
		$interruptor = 1;
		$j = 10;
	    };     
	};
    };
    
    ## IMPRIMEIX EL GRUP 1
    if ($interruptor == 1 && $grup == 1){
	$consenso{$tots_els_introns[$g]}{'Sc'} = $linia;
	$consenso{$tots_els_introns[$g]}{'star'} = $star;
	print$tots_els_introns[$g],"\tbranch $branches{$tots_els_introns[$g]}\n";
	print$tots_els_introns[$g],"\t","Sc","\t",$linia,"\n";
	print$tots_els_introns[$g],"\t","star","\t",$star,"\n";
    };
    ## IMPRIMEIX EL GRUP 2
    if ($interruptor == 0 && $grup == 2){
	$no_consenso{$tots_els_introns[$g]}{'star'} = $star;
	$no_consenso{$tots_els_introns[$g]}{'Sc'} = $linia;
	if ($b > 0){
	    print$tots_els_introns[$g],"\tbranch $branches{$tots_els_introns[$g]}\n";
	};
	print$tots_els_introns[$g],"\t","Sc","\t",$linia,"\n";
	print$tots_els_introns[$g],"\t","star","\t",$star,"\n";
    };
    
    $g = $g + 1; ## PASSSA A L'INTRO SEGUENT
};