#!/user/bin/perl -w use strict; ###### INTRODUCCIÓ SEQÜÈNCIES A FER BLAST ###### my $proteoma = $ARGV[0]; # Introduïm el proteoma a comparar contra fugu while (){ /(\w+)\s+(\w+)/; my $id = $1; # Guardem l'identificador my $seq = $2; # Guardem la seqüència open(FH, ">temp.tbl"); print FH "$id\t$seq"; # Guardem en format Table close(FH); `TblToFasta temp.tbl>temp.fa`; # Transformem de Table a Fasta ###### BLAST ###### `blastall -p blastp -d $proteoma -i temp.fa -o temp.out -e 0.00001`; ###### BUSCAR HOMÒLEGS ###### open(FH,"< temp.out"); my $homoleg = 1; while (){ if (/No hits found/) { $homoleg = 0; } } if ($homoleg == 1) { print "$id\tSI\n"; } else { print "$id\tNO\n"; } }