Command line: [exonerate -q dsps2_U_prot.fasta -t chr2l_D_mel_103826_6000.fa -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes] C4 Alignment display: Model: protein2genome Raw score: 1836 Aligned positions 0->370 of query Aligned positions 1047->2327 of target Query: dSps2 Target: chr2l_D_mel_fastachunk 103826_6000 1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThrHi : 20 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThrHi 1048 : ATGTTTCAACCCGAAAAACATGGGCTTGAGCCCGACTTTCAGCTTACTAAGTTTACCACCCA : 1107 21 : sThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThrGluI : 41 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| sThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThrGluI 1108 : CACCGGGTGAAGTTGCAAAATCCCCCAAAAAGTACTGGAGAAGTACCTAAGGGGAACAGAAA : 1170 42 : leGluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G} >>>> Target Intron 1 >>>> : 52 ||||||||||||||||||||||||||||||||{|} 60 bp leGluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G} 1171 : TAGAAAATAAGAATAATGATGGATACCTTATC{G}gt......................... : 1206 53 : {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyrLeuLeuIl : 71 {||}|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyrLeuLeuIl 1207 : ag{GC}TCTGGAATGGACTGTGCAGTTATACCACTCAAGCGGCACAAGGACTATTTGCTTAT : 1320 72 : eGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaL : 92 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| eGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaL 1321 : TCAAACCGTTGACTTCTTCTATCCCATGGTTAATGATCCCGAATTACTGGGTCGTATTGCGC : 1383 93 : euAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMet : 112 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| euAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMet 1384 : TAGCTAATGTCTTGAGTGATGTCTATGCGGTTGGGGTGACGCAGTTTGATACAGTGGAGATG : 1443 113 : IleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMe : 133 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| IleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMe 1444 : ATCGTCAGCACTTCCACAAGTTTCAGTGAGAAGGAACGCGACGTTGTGATTGGATTGGTGAT : 1506 134 : tLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgG : 154 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| tLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgG 1507 : GAAGGGTTTCCAAAACTCCCTGAAGGCAAATGGCTATCGTAATACCCCGCTGATTATTAGGC : 1569 155 : lnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGlu : 174 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| lnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGlu 1570 : AATTGAAGATCAATCCGTGGTGCATTATTGGTGGCATAGCCACATCTGTCTGCCGTAGCGAG : 1629 175 : GluIleIle{Le} >>>> Target Intron 2 >>>> {u}ProSerAsnAlaGlnPr : 184 |||||||||{||} 56 bp {|}||||||||||||||||| GluIleIle{Le} {u}ProSerAsnAlaGlnPr 1630 : GAAATAATA{CT}gt.........................ag{A}CCGTCAAACGCGCAGCC : 1715 185 : oGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuT : 205 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| oGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuT 1716 : CGGCGATGTATTGGTCCTCACGAAACCTTTGGGCGGTCAAATGGCGATGGATGCTCACCTTT : 1778 206 : rpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAspAlaAspIle : 225 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| rpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAspAlaAspIle 1779 : GGCAGCTTAACCAGACCGAAAAGTACAAGAAACTGCTGTCTGAATGTAGTGATGCTGATATA : 1838 226 : LysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A} >>>> T : 243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||{|} LysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A} 1839 : AAAGAAACCTTTGAAATAGCAGTGAAATCTATGACCTATTTGAACAAAAAT{G}gt...... : 1895 244 : arget Intron 3 >>>> {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaT : 256 54 bp {||}||||||||||||||||||||||||||||||||||||| {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaT 1896 : ...................ag{CC}GCCCTCTTAATGCACAAATATCAAGCGCACTGTGCCA : 1985 257 : hrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLysGlu : 276 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| hrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLysGlu 1986 : CTGATATCACCGGATTTGGTTTACTGGGTCACGCCAATAATCTAGCACAATTCCAAAAGGAA : 2045 277 : LysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLe : 297 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| LysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLe 2046 : AAGGTTTTATTCCAAATCAACAAGTTGCCCATCATCAAAAATGTTCTTAAATTCAGCACCTT : 2108 298 : uValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuI : 318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| uValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuI 2109 : GGTGGGCCAAAGCACAAAGTTTCGTTCTGGCAGATCGGTGGAAACCTCTGGAGGCCTTTTAA : 2171 319 : leCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnGly : 338 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| leCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnGly 2172 : TATGCCTTCCTGCTGATGCCGCTGATAAATTTTGCCGCGACTTTGAAGAAGCTACCAACGGA : 2231 339 : GluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAlaAsnGluSerAspAlaValLeuCy : 359 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAlaAsnGluSerAspAlaValLeuCy 2232 : GAGCAGAAATCCTTTCAAATTGGACATGTTACAGCCGCAAATGAGTCTGATGCAGTTCTGTG : 2294 360 : sGluAspValGluPheIleGluValSerLeu : 370 ||||||||||||||||||||||||||||||| sGluAspValGluPheIleGluValSerLeu 2295 : CGAAGATGTAGAGTTTATCGAAGTTAGCCTT : 2327 vulgar: dSps2 0 370 . chr2l_D_mel_103826_6000.fa 1047 2327 + 1836 M 52 156 S 0 1 5 0 2 I 0 56 3 0 2 S 1 2 M 125 375 S 0 2 5 0 2 I 0 52 3 0 2 S 1 1 M 64 192 S 0 1 5 0 2 I 0 50 3 0 2 S 1 2 M 126 378