Command line: [exonerate -q dsps2_U_prot.fasta -t D_sim01_dsps2.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes] C4 Alignment display: Model: protein2genome Raw score: 1828 Aligned positions 0->370 of query Aligned positions 2851->4134 of target Query: dSps2 Target: gnl|Dsim-washu-w501-asm|Contig27.138 1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThrHi : 20 |||||||||||||||||||||||||||..!|||||||||||||||||||||||||||||||| MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuSerProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThrHi 2852 : ATGTTTCAACCAGAAAAACATGGGCTTTCGCCCGACTTTCAGCTTACTAAGTTTACCACCCA : 2911 21 : sThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThrGluI : 41 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| sThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThrGluI 2912 : CACCGGGTGAAGTTGCAAAATCCCCCAAAAAGTACTGGAGAAGTACCTAAGGGGAACAGAAA : 2974 42 : leGluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G} >>>> Target Intron 1 >>>> : 52 ||||||||||||||||||||||||||||||||{|} 60 bp leGluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G} 2975 : TAGAAAATAAGAACAATGATGGATACCTTATC{G}gt......................... : 3010 53 : {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyrLeuLeuIl : 71 {||}|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyrLeuLeuIl 3011 : ag{GC}TCTGGAATGGACTGTGCAGTCATACCACTCAAGCGGCACAAGGACTATTTGCTTAT : 3124 72 : eGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaL : 92 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| eGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGlyArgIleAlaL 3125 : TCAAACCGTTGACTTCTTCTATCCCATGGTCAATGATCCCGAATTACTGGGCCGTATTGCGC : 3187 93 : euAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMet : 112 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| euAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAspThrValGluMet 3188 : TAGCTAATGTCTTGAGTGATGTCTATGCGGTTGGGGTGACGCAGTTTGATACCGTGGAGATG : 3247 113 : IleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMe : 133 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| IleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValValIleGlyLeuValMe 3248 : ATCGTCAGCACTTCCACGAGCTTCAGCGAAAAAGAACGCGACGTAGTGATTGGATTGGTGAT : 3310 134 : tLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgG : 154 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| tLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThrProLeuIleIleArgG 3311 : GAAGGGTTTCCAAAACTCCCTGAAGGCAAATGGCTATCGTAATACCCCGCTGATTATTCGGC : 3373 155 : lnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGlu : 174 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| lnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThrSerValCysArgSerGlu 3374 : AATTGAAGATCAATCCCTGGTGCATTATTGGTGGCATAGCCACATCTGTCTGCCGCAGTGAG : 3433 175 : GluIleIle{Le} >>>> Target Intron 2 >>>> {u}ProSerAsnAlaGlnPr : 184 |||||||||{||} 58 bp {|}||||||||||||||||| GluIleIle{Le} {u}ProSerAsnAlaGlnPr 3434 : GAAATAATA{CT}gt.........................ag{A}CCGTCGAACGCGCAGCC : 3521 185 : oGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuT : 205 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| oGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGlnMetAlaMetAspAlaHisLeuT 3522 : CGGCGATGTGTTGGTCCTCACGAAACCTTTGGGTGGCCAAATGGCGATGGATGCCCACCTTT : 3584 206 : rpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAspAlaAspIle : 225 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !|||||| rpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeuSerGluCysSerAspAspAspIle 3585 : GGCAGCTTAACCAGACCGAAAAGTATAAGAAACTGCTGTCCGAATGCAGTGATGATGATATA : 3644 226 : LysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A} >>>> T : 243 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||{|} LysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThrTyrLeuAsnLysAsn{A} 3645 : AAGGAAACTTTTGAAATAGCTGTGAAGTCTATGACTTATTTGAACAAAAAT{G}gt...... : 3701 244 : arget Intron 3 >>>> {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaT : 256 55 bp {||}||||||||||||||||||||||||||||||||||||| {la}AlaLeuLeuMetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaT 3702 : ...................ag{CC}GCCCTCTTAATGCACAAATATCAAGCGCACTGTGCCA : 3792 257 : hrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLysGlu : 276 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| hrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHisAlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLysGlu 3793 : CTGATATCACCGGATTTGGTCTACTGGGTCACGCCAATAATCTAGCACAATTCCAAAAGGAA : 3852 277 : LysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLe : 297 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| LysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuProIleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLe 3853 : AAGGTCTTATTCCAGATCAACAAGTTGCCCATCATCAAAAATGTACTTAAATTCAGCACCTT : 3915 298 : uValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuI : 318 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| uValGlyGlnSerThrLysPheArgSerGlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuI 3916 : GGTGGGCCAAAGCACAAAGTTTCGTTCTGGCAGATCGGTGGAAACCTCTGGTGGTCTTTTAA : 3978 319 : leCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnGly : 338 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| leCysLeuProAlaAspAlaAlaAspLysPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnGly 3979 : TATGCCTTCCTGCTGATGCCGCTGATAAATTTTGCCGCGACTTTGAAGAAGCTACCAACGGA : 4038 339 : GluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAlaAsnGluSerAspAlaValLeuCy : 359 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| GluGlnLysSerPheGlnIleGlyHisValThrAlaAlaAsnGluSerAspAlaValLeuCy 4039 : GAGCAGAAATCCTTTCAAATTGGACATGTTACAGCCGCAAATGAGTCTGACGCAGTTCTGTG : 4101 360 : sGluAspValGluPheIleGluValSerLeu : 370 ||||||||||||||||||||||||||||||| sGluAspValGluPheIleGluValSerLeu 4102 : CGAAGATGTAGAGTTTATCGAAGTTAGCCTG : 4134 vulgar: dSps2 0 370 . gnl|Dsim-washu-w501-asm|Contig27.138 2851 4134 - 1828 M 52 156 S 0 1 5 0 2 I 0 56 3 0 2 S 1 2 M 125 375 S 0 2 5 0 2 I 0 54 3 0 2 S 1 1 M 64 192 S 0 1 5 0 2 I 0 51 3 0 2 S 1 2 M 126 378