Command line: [exonerate -q dsps2_U_prot.fasta -t D_ana01_dsps2.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 1494
  Aligned positions 0->370 of query
  Aligned positions 40850->42133 of target

Query: dSps2
Target: gnl|Dana-agencourt-040714-asm|contig_1089

     1 : MetPheGlnProGluLysHisGlyLeuGluProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThr :    19
         ||||||:!!||||||||||||||||||! !||||||||||||||||||||||||||||||
         MetPheGluProGluLysHisGlyLeuAlaProAspPheGlnLeuThrLysPheThrThr
 40851 : ATGTTCGAACCGGAGAAACATGGGCTAGCGCCCGATTTTCAGCTAACTAAGTTTACAACG : 40907

    20 : HisThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr :    39
         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         HisThrGly***SerCysLysIleProGlnLysValLeuGluLysTyrLeuArgGlyThr
 40908 : CACACCGGATGAAGTTGCAAAATCCCCCAAAAAGTACTTGAAAAGTACCTACGGGGAACA : 40967

    40 : GluIleGluAsnLysAsnAsnAspGlyTyrLeuIle{G}  >>>> Target Intron  :    52
         !!:|||!  |||! !||||||!!:||||||||||||{|}            58 bp    
         AspIleAlaAsnThrAsnAsnGluGlyTyrLeuIle{G}                     
 40968 : GACATAGCTAATACAAACAATGAAGGATATCTTATT{G}gt................... : 41009

    53 : 1 >>>>  {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisLysAspTyr :    68
                 {||}|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!|||  !
                 {ly}SerGlyMetAspCysAlaValIleProLeuLysArgHisGluAspSer
 41010 : ......ag{GC}TCTGGAATGGACTGTGCAGTGATTCCACTAAAACGGCATGAAGATAGT : 41112

    69 : LeuLeuIleGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluLeuLeuGly :    88
         ||||||:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||||||
         LeuLeuValGlnThrValAspPhePheTyrProMetValAsnAspProGluValLeuGly
 41113 : TTACTTGTTCAGACTGTAGATTTTTTTTACCCCATGGTAAATGATCCCGAAGTTTTGGGT : 41172

    89 : ArgIleAlaLeuAlaAsnValLeuSerAspValTyrAlaValGlyValThrGlnPheAsp :   108
         |||||||||:!!|||||||||||||||||||||!:!|||||||||||||||:!!||||||
         ArgIleAlaIleAlaAsnValLeuSerAspValPheAlaValGlyValThrGluPheAsp
 41173 : CGTATTGCTATTGCCAATGTTTTAAGTGATGTCTTTGCGGTGGGAGTGACAGAATTCGAT : 41232

   109 : ThrValGluMetIleValSerThrSerThrSerPheSerGluLysGluArgAspValVal :   128
         .!!||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||!!:|||||||||||||||:!!
         AlaValGluLeuIleValSerThrSerThrSerPheSerAspLysGluArgAspValLeu
 41233 : GCAGTGGAACTGATTGTAAGCACCTCGACCAGCTTCTCAGATAAGGAAAGAGACGTTCTA : 41292

   129 : IleGlyLeuValMetLysGlyPheGlnAsnSerLeuLysAlaAsnGlyTyrArgAsnThr :   148
         |||..!|||:!!||||||||||||!:!||||||||||||:!!||||||!:!!.!||||||
         IleSerLeuIleMetLysGlyPheArgAsnSerLeuLysSerAsnGlyPheHisAsnThr
 41293 : ATATCCCTTATTATGAAAGGATTTCGAAACTCATTGAAATCAAATGGGTTTCATAATACT : 41352

   149 : ProLeuIleIleArgGlnLeuLysIleAsnProTrpCysIleIleGlyGlyIleAlaThr :   168
           !:!!   |||!:!|||||||||||||||||||||||||||:!!|||||||||||||||
         ValValArgIleLysGlnLeuLysIleAsnProTrpCysIleValGlyGlyIleAlaThr
 41353 : GTCGTACGGATCAAGCAACTTAAGATCAATCCATGGTGTATAGTCGGTGGTATAGCAACA : 41412

   169 : SerValCysArgSerGluGluIleIle{Le}  >>>> Target Intron 2 >>>>   :   178
         ||||||||||||!.!||||||||||||{||}            57 bp            
         SerValCysArgLysGluGluIleIle{Le}                             
 41413 : TCTGTCTGTCGGAAAGAGGAAATTATC{TT}gt.........................ag : 41499

   179 : {u}ProSerAsnAlaGlnProGlyAspValLeuValLeuThrLysProLeuGlyGlyGln :   197
         {|}|||||||||!.!||||||||||||||||||:!!||||||||||||||||||||||||
         {u}ProSerAsnGlyGlnProGlyAspValLeuIleLeuThrLysProLeuGlyGlyGln
 41500 : {G}CCTTCCAATGGACAACCAGGTGATGTTTTGATACTCACGAAACCCTTGGGTGGCCAG : 41556

   198 : MetAlaMetAspAlaHisLeuTrpGlnLeuAsnGlnThrGluLysTyrLysLysLeuLeu :   217
         |||||||||||||||  !|||||||||! !||||||||||||!:!||||||! !|||! !
         MetAlaMetAspAlaAlaLeuTrpGlnArgAsnGlnThrGluArgTyrLysThrLeuArg
 41557 : ATGGCAATGGATGCCGCCCTTTGGCAACGTAATCAGACTGAGAGGTACAAAACACTCCGA : 41616

   218 : SerGluCysSerAspAlaAspIleLysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThr :   237
         ||||||! !||||||! !!!:|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         SerGluPheSerAspGluGluIleLysGluThrPheGluIleAlaValLysSerMetThr
 41617 : TCTGAATTCAGCGATGAAGAAATCAAGGAGACCTTTGAAATCGCAGTAAAATCGATGACC : 41676

   238 : TyrLeuAsnLysAsn{A}  >>>> Target Intron 3 >>>>  {la}AlaLeuLeu :   246
         |||||||||||||||{|}            58 bp            {||}|||! !|||
         TyrLeuAsnLysAsn{A}                             {la}AlaHisLeu
 41677 : TATTTGAATAAAAAT{G}gt.........................ag{CT}GCACATTTA : 41761

   247 : MetHisLysTyrGlnAlaHisCysAlaThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHis :   266
         ||||||||||||:!!|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
         MetHisLysTyrLysAlaHisCysAlaThrAspIleThrGlyPheGlyLeuLeuGlyHis
 41762 : ATGCACAAATACAAAGCACACTGTGCCACCGACATCACAGGATTTGGCTTATTGGGACAT : 41821

   267 : AlaAsnAsnLeuAlaGlnPheGlnLysGluLysValLeuPheGlnIleAsnLysLeuPro :   286
         :!!!!.||||||!.!.!.|||||||||||||||:!!||||||:!!|||:!!! !||||||
         SerLysAsnLeuValAsnPheGlnLysGluLysLeuLeuPheLysIleHisThrLeuPro
 41822 : TCAAAGAATCTTGTCAATTTCCAAAAGGAGAAACTTTTGTTCAAGATCCATACATTGCCA : 41881

   287 : IleIleLysAsnValLeuLysPheSerThrLeuValGlyGlnSerThrLysPheArgSer :   306
         .!!|||||||||||||||:!!||||||:!!|||||||||||||||.!!||||||||||||
         PheIleLysAsnValLeuGlnPheSerSerLeuValGlyGlnSerAlaLysPheArgSer
 41882 : TTCATCAAAAATGTTTTGCAGTTCAGTTCTCTTGTTGGTCAGAGTGCAAAGTTCCGATCT : 41941

   307 : GlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCysLeuProAlaAspAlaAlaAsp :   326
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||:!!||| !!||||||||||||
         GlyArgSerValGluThrSerGlyGlyLeuLeuIleCysIleProProAspAlaAlaAsp
 41942 : GGCAGATCTGTAGAAACATCTGGTGGTCTACTGATCTGTATTCCTCCCGATGCTGCGGAC : 42001

   327 : LysPheCysArgAspPheGluGluAlaThrAsnGlyGluGlnLysSerPheGlnIleGly :   346
         |||||||||! !!!:|||||||||!.!|||  !|||:!!||||||:!!|||  !:!!|||
         LysPheCysLeuGluPheGluGluValThrCysGlyLysGlnLysAlaPheValValGly
 42002 : AAATTTTGTCTAGAATTTGAAGAGGTTACATGCGGGAAGCAAAAAGCTTTTGTAGTTGGT : 42061

   347 : HisValThrAlaAlaAsnGluSerAspAlaValLeuCysGluAspValGluPheIleGlu :   366
           !|||  !  !|||   ||||||||||||..!||| !!!!::!!|||.!.|||||||||
         ThrValGluLysAlaLeuGluSerAspAlaThrLeuSerAspAsnValAsnPheIleGlu
 42062 : ACTGTTGAAAAGGCATTAGAGTCGGATGCCACATTGAGCGATAATGTAAACTTCATTGAA : 42121

   367 : ValSerLeu :   370
         |||||||||
         ValSerLeu
 42122 : GTAAGTCTG : 42133

vulgar: dSps2 0 370 . gnl|Dana-agencourt-040714-asm|contig_1089 40850 42133 - 1494 M 52 156 S 0 1 5 0 2 I 0 54 3 0 2 S 1 2 M 125 375 S 0 2 5 0 2 I 0 53 3 0 2 S 1 1 M 64 192 S 0 1 5 0 2 I 0 54 3 0 2 S 1 2 M 126 378