Command line: [exonerate -q dselM_U_prot.fasta -t dselM_DNA.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 1182
  Aligned positions 0->249 of query
  Aligned positions 58->926 of target

Query: dSelM
Target: gi|22832201:56888-58002 Drosophila melanogaster chromosome X, section 45 of 74 of the complete sequence

   1 : MetProProLysArgAsnLysLysAlaGlu  >>>> Target Intron 1 >>>>  AlaPr :  11
       ||||||||||||||||||||||||||||||            59 bp            |||||
       MetProProLysArgAsnLysLysAlaGlu                             AlaPr
  59 : ATGCCACCAAAACGGAACAAAAAAGCAGAGgt.........................agGCGCC : 150

  12 : oIleAlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrValGluHis :  32
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       oIleAlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrValGluHis
 151 : AATCGCTGAGCGGGATGCAGGCGAAGAGCTGGATCCCAATGCGCCGGTGCTCTACGTAGAGCAC : 213

  33 : CysArgSerUnkArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaLeuArgGluArgG :  54
       |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       CysArgSer***ArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaLeuArgGluArgG
 214 : TGCCGATCCTGACGAGTCTTTCGTCGTCGAGCGGAGGAGCTGCACTCCGCTCTCCGGGAGCGTG : 279

  55 : lyLeuGlnGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgArgGlyAlaPheGluLe :  75
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       lyLeuGlnGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgArgGlyAlaPheGluLe
 280 : GTCTCCAACAGCTTCAGCTCCAGCTGAATGCACTTGGAGCACCACGGCGAGGAGCCTTCGAGTT : 342

  76 : uSerLeuSerAlaGlyGlyMetGlyLysGlnGluGlnValAlaLeuTrpSerGlyLeuLysArg :  96
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       uSerLeuSerAlaGlyGlyMetGlyLysGlnGluGlnValAlaLeuTrpSerGlyLeuLysArg
 343 : AAGTTTGAGCGCCGGCGGAATGGGAAAGCAGGAGCAGGTGGCACTTTGGTCGGGTCTAAAGCGG : 405

  97 : GlyProProArgAlaArgLysPheProThrValGluGluValTyrAspArgIleValGlyIleL : 118
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       GlyProProArgAlaArgLysPheProThrValGluGluValTyrAspArgIleValGlyIleL
 406 : GGTCCACCACGTGCTCGCAAGTTTCCCACTGTGGAGGAGGTATACGATCGGATTGTAGGGATTC : 471

 119 : euGlyAspGlnGlnGluSerLysGluGlnIleAsnThrGlnLysLeuSerLysIleAspLeuPr : 139
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       euGlyAspGlnGlnGluSerLysGluGlnIleAsnThrGlnLysLeuSerLysIleAspLeuPr
 472 : TAGGTGACCAGCAGGAGTCCAAGGAACAGATCAACACGCAGAAGTTATCTAAAATTGATTTACC : 534

 140 : oGlySerGluAlaLeuAlaSerProLysLysSerGluSerThrGluGluAlaGlnGluAsnGlu : 160
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       oGlySerGluAlaLeuAlaSerProLysLysSerGluSerThrGluGluAlaGlnGluAsnGlu
 535 : GGGGTCCGAGGCTCTAGCATCGCCAAAGAAGTCGGAGTCCACAGAGGAAGCACAGGAAAACGAG : 597

 161 :   >>>> Target Intron 2 >>>>  AlaProThrSerThrSerThrSerArgLysSerLy : 172
                   62 bp            |||||||||||||||||||||||||||||||||||
                                    AlaProThrSerThrSerThrSerArgLysSerLy
 598 : gt.........................agGCACCAACTTCAACTTCAACTTCGCGTAAATCCAA : 695

 173 : sLysGluGlnLysSerGluGluGluProThrGlnValAspSerLysGluAlaLysGlnSerLys : 193
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       sLysGluGlnLysSerGluGluGluProThrGlnValAspSerLysGluAlaLysGlnSerLys
 696 : AAAGGAACAGAAATCCGAGGAAGAGCCAACTCAAGTCGATTCAAAGGAAGCGAAGCAATCCAAA : 758

 194 : GluLeuValLysThrLysArgGlnProLysAlaGlnLysLysGlnAlaLysAlaSerGluSerG : 215
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       GluLeuValLysThrLysArgGlnProLysAlaGlnLysLysGlnAlaLysAlaSerGluSerG
 759 : GAGTTGGTCAAAACGAAGAGACAACCGAAAGCCCAAAAGAAGCAGGCAAAGGCATCCGAATCCC : 824

 216 : lnGluGluValAlaGluAspLysProProSerSerGlnLysArgLysArgThrThrArgSerSe : 236
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       lnGluGluValAlaGluAspLysProProSerSerGlnLysArgLysArgThrThrArgSerSe
 825 : AAGAAGAAGTTGCCGAAGATAAGCCCCCTAGCAGCCAGAAACGGAAGCGGACCACCAGATCCTC : 887

 237 : rThrAspGluAlaThrAlaGlyAlaLysArgArgArg : 249
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       rThrAspGluAlaThrAlaGlyAlaLysArgArgArg
 888 : CACAGACGAGGCTACTGCCGGTGCCAAGCGGAGGAGG : 926

vulgar: dSelM 0 249 . gi|22832201:56888-58002 58 926 + 1182 M 10 30 5 0 2 I 0 55 3 0 2 M 151 453 5 0 2 I 0 58 3 0 2 M 88 264