Command line: [exonerate -q dselG_U_prot.fasta -t chrX_mel_chunk178395_1000.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 588
  Aligned positions 0->110 of query
  Aligned positions 116->576 of target

Query: dSelG
Target: chrX D_melanogaster 178395 179395

   1 : MetValTyrIleAspHis{A}  >>>> Target Intron 1 >>>>  {sn}GlyArgValT :  10
       ||||||||||||||||||{|}            67 bp            {||}||||||||||
       MetValTyrIleAspHis{A}                             {sn}GlyArgValT
 117 : ATGGTGTACATCGACCAT{A}gt.........................ag{AT}GGGCGCGTGT : 213

  11 : rpGluLysArgProTrpAspTrpArgArgIleValGluLeuPheValGlyIleTrpPheAlaIl :  31
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       rpGluLysArgProTrpAspTrpArgArgIleValGluLeuPheValGlyIleTrpPheAlaIl
 214 : GGGAGAAGCGTCCGTGGGACTGGCGACGGATTGTGGAGCTATTTGTCGGGATATGGTTTGCCAT : 276

  32 : eLysGln{Le}  >>>> Target Intron 2 >>>>  {u}PheLeuThrPheLeuAlaPro :  41
       |||||||{||}            63 bp            {|}|||||||||||||||||||||
       eLysGln{Le}                             {u}PheLeuThrPheLeuAlaPro
 277 : TAAGCAG{CT}gt.........................ag{A}TTCCTAACATTCCTTGCTCCC : 369

  42 : PheThrGlyAsnAsnAsnGlnAlaAsnProArgArgGlyAsnGlyTrpGlyGlyGlyGlyGlyT :  63
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       PheThrGlyAsnAsnAsnGlnAlaAsnProArgArgGlyAsnGlyTrpGlyGlyGlyGlyGlyT
 370 : TTTACGGGCAACAATAACCAGGCCAATCCGCGTCGCGGAAATGGATGGGGTGGCGGTGGAGGAT : 435

  64 : rpGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyArgProGlySerGlySerGlyGl :  84
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       rpGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyGlyArgProGlySerGlySerGlyGl
 436 : GGGGCGGCGGCGGCGGAGGTGGTGGCGGCGGTGGAGGAGGAAGACCTGGATCAGGATCAGGTGG : 498

  85 : yLeuArgProAsnArgArgIleGlyArgIleGlnProThrMetSerCysAsnMetProAlaGly : 105
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       yLeuArgProAsnArgArgIleGlyArgIleGlnProThrMetSerCysAsnMetProAlaGly
 499 : ACTAAGACCAAACCGCCGGATCGGCCGCATTCAGCCGACTATGAGCTGCAATATGCCCGCTGGA : 561

 106 : GlyGly***Gly : 110
       ||||||||||||
       GlyGly***Gly
 562 : GGCGGATGAGGA : 576

vulgar: dSelG 0 110 . chrX 116 576 + 588 M 6 18 S 0 1 5 0 2 I 0 63 3 0 2 S 1 2 M 27 81 S 0 2 5 0 2 I 0 59 3 0 2 S 1 1 M 75 225