Command line: [exonerate -q dselM_prot.fasta -t D_sim_secDNA.fasta -m protein2genome -W 3 --showtargetgff yes]
C4 Alignment display:
  Model: protein2genome
  Raw score: 1027
  Aligned positions 0->249 of query
  Aligned positions 138->997 of target

Query: dSelM
Target: gnl|Dsim-washu-w501-asm|Contig1042.3

   1 : MetProProLysArgAsnLysLysAlaGlu  >>>> Target Intron 1 >>>>  AlaPr :  11
       ||||||||||||||||||||||||.!!|||            59 bp            |||||
       MetProProLysArgAsnLysLysThrGlu                             AlaPr
 139 : ATGCCACCAAAACGGAACAAAAAAACAGAGgt.........................agGCGCC : 230

  12 : oIleAlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrValGluHis :  32
       |:!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       oValAlaGluArgAspAlaGlyGluGluLeuAspProAsnAlaProValLeuTyrValGluHis
 231 : AGTCGCTGAGCGGGATGCAGGCGAAGAGCTGGATCCCAATGCGCCGGTGCTCTACGTAGAGCAC : 293

  33 : CysArgSerUnkArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaLeuArgGluArgG :  54
       |||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       CysArgSer***ArgValPheArgArgArgAlaGluGluLeuHisSerAlaLeuArgGluArgG
 294 : TGCCGATCCTGACGAGTCTTTCGTCGTCGAGCGGAGGAGCTGCACTCCGCTCTCCGTGAGCGTG : 359

  55 : lyLeuGlnGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgArgGlyAlaPheGluLe :  75
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       lyLeuGlnGlnLeuGlnLeuGlnLeuAsnAlaLeuGlyAlaProArgArgGlyAlaPheGluLe
 360 : GTCTCCAACAGCTTCAGCTCCAGCTGAATGCACTTGGAGCACCGCGGCGAGGAGCCTTCGAGTT : 422

  76 : uSerLeuSerAlaGlyGlyMetGlyLysGlnGluGlnValAlaLeuTrpSerGlyLeuLysArg :  96
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !|||||||||||||||||||||
       uSerLeuSerAlaGlyGlyMetGlyLysGlnGluGlnValGluLeuTrpSerGlyLeuLysArg
 423 : GAGTTTGAGCGCTGGCGGAATGGGGAAGCAGGAGCAGGTGGAACTTTGGTCGGGTCTAAAGCGG : 485

  97 : GlyProProArgAlaArgLysPheProThrValGluGluValTyrAspArgIleValGlyIleL : 118
       |||||||||||||||! !||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       GlyProProArgAlaLeuLysPheProThrValGluGluValTyrAspArgIleValGlyIleL
 486 : GGTCCACCACGTGCTCTCAAGTTTCCCACTGTGGAGGAGGTATACGATCGGATTGTAGGGATTC : 551

 119 : euGlyAspGlnGlnGluSerLysGluGlnIleAsnThrGlnLysLeuSerLysIleAspLeuPr : 139
       ||..!|||||||||||||||||||||! !! !||||||||||||! !||||||||||||||| !
       euAsnAspGlnGlnGluSerLysGluLeuThrAsnThrGlnLysSerSerLysIleAspLeuTh
 552 : TAAATGACCAGCAGGAGTCCAAGGAACTGACCAACACGCAGAAGTCATCGAAAATTGATTTAAC : 614

 140 : oGlySerGluAlaLeuAlaSerProLysLysSerGluSerThrGluGluAlaGlnGluAsnGlu : 160
       !! !|||||||||  !.!!||||||||||||||||||||||||||||||||||||! !!.!|||
       rGluSerGluAlaLysThrSerProLysLysSerGluSerThrGluGluAlaGlnGlyThrGlu
 615 : GGAGTCCGAGGCAAAAACATCGCCAAAGAAGTCGGAGTCCACAGAGGAAGCACAGGGAACTGAG : 677

 161 : Ala  >>>> Target Intron 2 >>>>  ProThrSerThrSerThrSerArgLysSerLy : 172
       !.!            53 bp             !!! !:!! !!||||||||||||||||||||
       Val                             ThrLysAlaProSerThrSerArgLysSerLy
 678 : GTAgt.........................aaACAAAGGCACCTTCAACTTCGCGTAAATCCAA : 766

 173 : sLysGluGlnLysSerGluGluGluProThrGlnValAspSerLysGluAlaLysGlnSerLys : 193
       |||||||||||||||||||||||||! !||||||||||||||||||||||||||||||||||||
       sLysGluGlnLysSerGluGluGluGlnThrGlnValAspSerLysGluAlaLysGlnSerLys
 767 : AAAGGAACAGAAATCCGAGGAAGAGCAAACTCAAGTCGATTCAAAGGAAGCGAAACAATCCAAA : 829

 194 : GluLeuValLysThrLysArgGlnProLysAlaGlnLysLysGlnAlaLysAlaSerGluSerG : 215
       ||||||!.!|||||||||||||||||||||||||||||||||! !|||||||||||||||||||
       GluLeuAlaLysThrLysArgGlnProLysAlaGlnLysLysProAlaLysAlaSerGluSerG
 830 : GAGCTGGCCAAAACGAAGAGACAACCGAAAGCCCAAAAGAAGCCGGCAAAGGCATCCGAATCCC : 895

 216 : lnGluGluValAlaGluAspLysProProSerSerGlnLysArgLysArgThrThrArgSerSe : 236
       ||:!!||||||.!!|||!!:||||||  !|||||||||||||||||||||||||||||||||||
       lnLysGluValThrGluGluLysProValSerSerGlnLysArgLysArgThrThrArgSerSe
 896 : AAAAAGAAGTCACCGAAGAGAAGCCTGTAAGCAGCCAGAAACGGAAGCGGACCACCAGATCCTC : 958

 237 : rThrAspGluAlaThrAlaGlyAlaLysArgArgArg : 249
       |||||||||||||||||||.!!|||||||||||||||
       rThrAspGluAlaThrAlaSerAlaLysArgArgArg
 959 : CACAGACGAGGCTACTGCCAGTGCCAAGCGGAGGAGG : 997

vulgar: dSelM 0 249 . gnl|Dsim-washu-w501-asm|Contig1042.3 138 997 + 1027 M 10 30 5 0 2 I 0 55 3 0 2 M 152 456 5 0 2 I 0 49 3 0 2 M 87 261