#!/usr/bin/perl -w

use strict;

open (SNP,"<$ARGV[0]"); 	#Cridarem el fitxer dels SNPs quan cridem el programa.

while (<SNP>){	#Obrim el fitxer de SNPs.

    my @v = split(/\s+/,$_);	#Posem cadascuna de les columnes del fitxer en una posicio del vector.

    my $chrsnp = $v[1];	#Agafem la primera columna, la del cromosoma, que es la que ens interessa.

    if ($chrsnp eq 'chr1'){	#Depenent del cromosoma que indiqui cada fila anirem sumant 1 a una variable que correspondra a aquest cromosoma.
	$chr1 = $chr1 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr2'){
	$chr2 = $chr2 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr3'){
	$chr3 = $chr3 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr4'){
	$chr4 = $chr4 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr5'){
	$chr5 = $chr5 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr6'){
	$chr6 = $chr6 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr7'){
	$chr7 = $chr7 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr8'){
	$chr8 = $chr8 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr9'){
	$chr9 = $chr9 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr10'){
	$chr10 = $chr10 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr11'){
	$chr11 = $chr11 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr12'){
	$chr12 = $chr12 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr13'){
	$chr13 = $chr13 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr14'){
	$chr14 = $chr14 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr15'){
	$chr15 = $chr15 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr16'){
	$chr16 = $chr16 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr17'){
	$chr17 = $chr17 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr18'){
	$chr18 = $chr18 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr19'){
	$chr19 = $chr19 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr20'){
	$chr20 = $chr20 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr21'){
	$chr21 = $chr21 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chr22'){
	$chr22 = $chr22 + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chrX'){
	$chrX = $chrX + 1;
    }

    if ($chrsnp eq 'chrY'){
	$chrY = $chrY + 1;
    }
}
close (SNP);	#Quan ja hem acabat de llegir el fitxer de SNPs el tanquem.

#Mostrem per pantalla el numero de SNPs per cada cromosoma, que han quedat enregistrats en les variable que nosaltres hem declarat.

print "en el cromosoma 1 hi ha $chr1 SNPs\n";
print "en el cromosoma 2 hi ha $chr2 SNPs\n";
print "en el cromosoma 3 hi ha $chr3 SNPs\n";
print "en el cromosoma 4 hi ha $chr4 SNPs\n";
print "en el cromosoma 5 hi ha $chr5 SNPs\n";
print "en el cromosoma 6 hi ha $chr6 SNPs\n";
print "en el cromosoma 7 hi ha $chr7 SNPs\n";
print "en el cromosoma 8 hi ha $chr8 SNPs\n";
print "en el cromosoma 9 hi ha $chr9 SNPs\n";
print "en el cromosoma 10 hi ha $chr10 SNPs\n";
print "en el cromosoma 11 hi ha $chr11 SNPs\n";
print "en el cromosoma 12 hi ha $chr12 SNPs\n";
print "en el cromosoma 13 hi ha $chr13 SNPs\n";
print "en el cromosoma 14 hi ha $chr14 SNPs\n";
print "en el cromosoma 15 hi ha $chr15 SNPs\n";
print "en el cromosoma 16 hi ha $chr16 SNPs\n";
print "en el cromosoma 17 hi ha $chr17 SNPs\n";
print "en el cromosoma 18 hi ha $chr18 SNPs\n";
print "en el cromosoma 19 hi ha $chr19 SNPs\n";
print "en el cromosoma 20 hi ha $chr20 SNPs\n";
print "en el cromosoma 21 hi ha $chr21 SNPs\n";
print "en el cromosoma 22 hi ha $chr22 SNPs\n";
print "en el cromosoma X hi ha $chrX SNPs\n";
print "en el cromosoma Y hi ha $chrY SNPs\n";