Links d'interès

Link recomenat. Accés al programa CercaGen per a l'ensamblatge dels exons predits amb EXON-finding.

Eucariotes i Procariotes

GenomeWeb (UK HGMP), enllaços a múltiples programes per la predicció de gens i motius.

GeneMark (GATECH), família de programes de predicció de regions codificants basada en HMM.

GeneMark.hmm per a eucariotes.

GeneMark.hmm per a procariotes.

GeneMark 2.4 per a procariotes i eucariotes.

GeneMark (EBI), prediccióde regions codificants, fent servir HMM en procariotes i eucariotes.

Procariotes

ORF Finder (NCBI), identificació de pautes obertes de lectura, en qualsevol organisme, amb conexió a BLAST.

FramePlot (NIH-NET Japó), predicció de seqüències codificants en genomes procariotes amb alt contingut en G+C, amb conexió a BLAST.

Glimmer (TIGR), identificació de gens en procariotes,mitjançant IMM (Interpolated Markov Model) (No accessible per Internet; cal instalar-lo localment).

Eucariotes

GENSCAN (MIT), predicció de gens en eucariotes.

**NetGENE (CBS), predicció de gens en humans, C. elegans i A. thaliana, mitjançant Xarxes Neuronals.

HMMgene (CBS), predicció de gens en vertebrats i C. elegans, mitjançant HMM.

MZEF (CSHL), predicció de gens en humans, ratolí, Arabidopsis i Saccharomyces, gràcies al Quadratic Discriminant Analysis.

Genie (BDGP), predicció de gens a Drosophila i humans, basada en HMM.

GeneId (IMIM), predicció de gens en eucariotes.

GlimmerM (TIGR), identificación de genes en eucariotas con una densitat de gens propera al 20%, mitjançant IMM (Interpolated Markov Model) (No accessible per Internet; cal instalar-lo localment).

MetaGene Server (MCW), servidor que sol·licita prediccions a varis dels servidors mencionats anteriorment, i a altres més, i convina els resultats creant una sortida gràfica molt il·lustrativa.

WebGene (ITBA), diverses eines complementàries per a predir gens en eucariotes.

GeneBuilder

ORFGene

ESTmap

RepeatView

CpG

SpliceView

HCpolyA

HCtata

GenView

AUG

Pier Bork Lab, enllaços a servidors de predicció de gens en eucariotes.

Banbury Cross, enllaços a servidors de predicció de gens en eucariotes.

Rockefeller University, enllaços a servidors de predicció de gens en eucariotes.

Utilitats

gff2ps (IMIM / Pasteur), representació gràfica de models de gens a partir de fitxers en format gff.

ReadSeq (EBI), eina per a canviar el format de seqüències biològiques.**

Eucariotes i Procariotes	GenomeWeb (UK HGMP), enllaços a múltiples programes per la predicció de gens i motius. GeneMark (GATECH), família de programes de predicció de regions codificants basada en HMM. GeneMark.hmm per a eucariotes. GeneMark.hmm per a procariotes. GeneMark 2.4 per a procariotes i eucariotes. GeneMark (EBI), prediccióde regions codificants, fent servir HMM en procariotes i eucariotes.
Procariotes	ORF Finder (NCBI), identificació de pautes obertes de lectura, en qualsevol organisme, amb conexió a BLAST. FramePlot (NIH-NET Japó), predicció de seqüències codificants en genomes procariotes amb alt contingut en G+C, amb conexió a BLAST. Glimmer (TIGR), identificació de gens en procariotes,mitjançant IMM (Interpolated Markov Model) (No accessible per Internet; cal instalar-lo localment).
Eucariotes	GENSCAN (MIT), predicció de gens en eucariotes. *NetGENE (CBS), predicció de gens en humans, C. elegans* i A. thaliana, mitjançant Xarxes Neuronals. HMMgene (CBS), predicció de gens en vertebrats i C. elegans, mitjançant HMM. MZEF (CSHL), predicció de gens en humans, ratolí, Arabidopsis i Saccharomyces, gràcies al Quadratic Discriminant Analysis. Genie (BDGP), predicció de gens a Drosophila i humans, basada en HMM. GeneId (IMIM), predicció de gens en eucariotes. GlimmerM (TIGR), identificación de genes en eucariotas con una densitat de gens propera al 20%, mitjançant IMM (Interpolated Markov Model) (No accessible per Internet; cal instalar-lo localment). MetaGene Server (MCW), servidor que sol·licita prediccions a varis dels servidors mencionats anteriorment, i a altres més, i convina els resultats creant una sortida gràfica molt il·lustrativa. WebGene (ITBA), diverses eines complementàries per a predir gens en eucariotes. GeneBuilder ORFGene ESTmap RepeatView CpG SpliceView HCpolyA HCtata GenView AUG Pier Bork Lab, enllaços a servidors de predicció de gens en eucariotes. Banbury Cross, enllaços a servidors de predicció de gens en eucariotes. Rockefeller University, enllaços a servidors de predicció de gens en eucariotes.**
Utilitats	gff2ps (IMIM / Pasteur), representació gràfica de models de gens a partir de fitxers en format gff. ReadSeq (EBI), eina per a canviar el format de seqüències biològiques.