En el cas de les senyals d'splicing, aquest llindar ens determinarà la robustesa de les senyals, que teòricament es correlaciona amb la probabilitat que una senyal d'splicing donada sigui certa o no.
En el cas del biaix codificant, aquest llindar determinarà la probabilitat que un determinat exó predit es tradueixi a proteïna.
El nombre d'emparellaments ATG-donor, acceptor-donor o acceptor-STOP considerats per a cada senyal també és rellevant en la predicció d'exons a partir d'una seqüència de DNA, ja que indica la quantitat de combinacions d'inici i final que s'han tingut en compte per la predicció.
Un valor gran significa que s'han evaluat més possibles exons i viceversa.
Donem també l'opció de triar la longitud mínima dels exons per tal de poder limitar el tipus d'exons predits. Exons de llargada molt curta poden no ser informatius o reals, tot i tenir una bona puntuació.