| ORF | Proteïnes que presenten identitat | Comentaris | Alineament |
|---|---|---|---|
| EHV-1 | |||
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 346-912 | Funció desconeguda | Hi ha una identitat del 100% entre l´orf predit i una proteïna desconeguda d´EHV-1, de la qual no s´indica la soca, també en posició 346 a 912. Tot i això, aquest fragment no està descrit a M86664 (EHV1 soca Ab4p), on el primer orf està en posició 1298, a una gran distància de la nostra predicció. A més a més, el nostre orf inclou una regió (383 a 728) descrita com a repetitiva. Com a conseqüència, aquest orf té altes probabilitats de pertànyer a una proteïna encara no anotada per a la soca Ab4p, tot i que no està identificada. | veure alineament |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 113956-116160 >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 149202-146998 | Probable antígen nuclear | Hi ha una alta homologia, amb fragments molt conservats, entre els aminoàcids 49 a 571 de l´orf predit (un en sentit normal i l´altre en el complementari) i els aminoàcids 382 a 881 i 593 a 1094 de les dues proteïnes obtingudes amb Blast. Aquestes pertànyen a dues soques diferents d´herpesvirus porcí(o el virus pseudorabia), membre del gènere Varicellovirus, subfamília Alphaherpesvirinae (Filogènia), identificats com a probable antígen nuclear i una proteïna hipotètica, respectivament. A més a més, tot i que les dues proteïnes d´herpesvirus porcí són diferents, els fragments comparats són idèntics, de manera que podem assumir que formen un domini comú en les dues proteïnes, compartit amb EHV1. Així doncs, aquest orf pot correspondre també a un antígen nuclear per EHV1. | veure alineament |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 121246-121944 >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 141912-141214 | Proteïna IR4 | El fragment 15 a 40 i el subfragment 22 a 40 dels orfs predits, mostren una alta homologia amb els fragments 84 a 109 i 66 a 84 ,respectivament, de la proteïna IR4 d´EHV1 soca Kentucky A. Si analitzem l´alineament es pot veure que el fragment alineat és més llarg, però més enllà d´aquesta posició sembla degut a l´atzar. Com a conseqüència, podem dir que els fragments alineats poden correspondre al mateix domini proteic present una vegada a EHV1 soca Ab4p i dues a EHV1 soca Kentucky A. | veure alineament 1(amb posicions 84 a 109 de la soca Kentucky A) veure alineament 2(amb posicions 66 a 84 de la soca Kentucky A) |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1| 141933-142316 >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 121225-120842 | Proteïna de tegument | El fragment 2 a 40 de l´orf predit comparteix 5 repeticions de la seqüència aminoacídica RPPT, amb 10 repeticions a l´herpesvirus 1 de cercopitecí (CHV1), membre del gènere Simplexvirus, subfamília Alphaherpesvirinae (Filogènia). Aquest fragment pertany al nucli de la seqüència repetida DHRPPTT i AGPRPPRP respectivament. Els aminoàcids RPPT poden pertànyer a un domini important per la funció de la proteïna, que per tant s´ha conservat entre els dos genomes. Tot i això, també pot ser deguda a repeticions a l´atzar. Es precisa una investigació més a fons per acceptar o descartar aquest alineament com a significatiu o no. | veure alineament 1(amb posicions 507 a 545 d´EHV1 -idèntic per les posicions 521 a 559, 514 a 552 i 528 a 560 de CHV1) veure alineament 2(amb posicions 502 a 538 de CHV1) |
| >gi|M86664|herpesvirus equí 1|complem 58188-57514 | Proteïna d'unió a DNA | Hi ha una alta homologia entre les aminoàcids 1 a 160 de l´orf predit i els aminoàcids 391 a 547 d´una proteïna anotada com a orf específic (i més tard identificada com a proteïna d´unió a DNA) d´herpesvirus simple d´humà 2, membre del gènere Simplexvirus, subfamília Alphaherpesvirinae (Filogènia). Podem pensar que aquest fragment pertany a un domini comú entre ambdues proteïnes. A més a més, el nostre orf pot ser també una proteïna d´unió a DNA. | veure alineament |
| EHV-4 | |||
| >gi|AF030027|herpesvirus equí 4| 12168-12482 | Proteïna del tegument/proteïna B4 | Hi ha una identitat del 100% entre els aminoàcids 1 a 63 de l´orf predit i l´aminoàcid 1 a 63 d´una proteïna de tegument d´EHV4 soca 1942. Com a conseqüència, aquest orf té moltes probabilitats de ser una proteïna de tegument encara no anotada per a la soca NS80507 | veure alineament |
