Transfasta 2003 versió 1.0 és un programa creat amb lŽobjetiu de transformar seqüències -tant nucleotídiques com aminoacídiques- en qualsevol format a format fasta. Ha estat programat al febrer del 2003 utilitzant Perl per Ramírez-Soriano A i Molina-Tomàs MC.
Una seqüència en format fasta comença amb una sola línia de descripció seguida per línies que continguin la seqüència. La línia de descripció es distingueix de la seqüència pel símbol major que (">") a lŽinici. Es recomana que les línies de text tinguin una longitud menor de 80 caràcters. Un exemple de seqüència en format fasta es:
>gi|532319|pir|TVFV2E|TVFV2E proteïna de lŽenvoltura
ELRLRYCAPAGFALLKCNDADYDGFKTNCSNVSVVHCTNLMNTTVTTGLLLNGSYSENRT
QIWQKHRTSNDSALILLNKHYNLTVTCKRPGNKTVLPVTIMAGLVFHSQKYNLRLRQAWC
HFPSNWKGAWKEVKEEIVNLPKERYRGTNDPKRIFFQRQWGDPETANLWFNCHGEFFYCK
MDWFLNYLNNLTVDADHNECKNTSGTKSGNKRAPGPCVQRTYVACHIRSVIIWLETISKK
TYAPPREGHLECTSTVTGMTVELNYIPKNRTNVTLSPQIESIWAAELDRYKLVEITPIGF
APTEVRRYTGGHERQKRVPFVXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXVQSQHLLAGILQQQKNL
LAAVEAQQQMLKLTIWGVK
Les seqüències han dŽestar representades en els codis estàndard IUB/IUPAC tant per a nucleòtids com per a aminoàcids, amb lŽexcepció que sŽaccepten les lletres minúscules. Els codis dŽàcids nucleics acceptats per Transfasta 2003 versió 1.0 són:
| A --> Adenosina | M --> A C (amino) | |||||
| C --> citidina | S --> G C (fort) | |||||
| G --> guanina | W --> A T (dèbil) | |||||
| T --> timidina | B --> G T C | |||||
| U --> uridina | D --> G A T | |||||
| R --> G A (purina) | H --> A C T | |||||
| Y --> T C (pirimidina) | V --> G C A | |||||
| K --> G T (ceto) | N --> A G C T (qualsevol) |
I els codis aminoacídics acceptats són:
| A alanina | P prolina | |||
| B aspartat o asparagina | Q glutamina | |||
| C cisteïna | R arginina | |||
| D aspartat | S serina | |||
| E glutamat | T treonina | |||
| F fenilalanina | U selenocisteïna | |||
| G glicina | V valina | |||
| H histidina | W triptòfan | |||
| I isoleucina | Y tirosina | |||
| K lisina | Z glutamat o glutamina | |||
| L leucina | X qualsevol | |||
| M metionina | * traducció stop | |||
| N asparragina |
És molt fàcil. Només has de clicar el link de download i guardar el programa al disc. El programa està comprimit amb zip, de manera que el necessitaràs per tal de descomprimir el programa i fer-lo servir (per a descarregar gratuïtament Winzip per Windows clica aquí).
Transfasta 2003 versió 1.0 està pensat per a ser executat des de Linux. Una vegada descarregat se li han de donar permisos dŽexecució emprant la comanda chmod u+x seguit pel nom de lŽarxiu (Transfasta.pl). Després només has dŽescriure ./Transfasta.pl. No necessita cap mena dŽargument, ja que el programa et demana tots els paràmetres que necessita.
Pots escollir tant el nom de lŽarxiu de sortida com el seu format: el programa et demanarà aquesta informació quan comenci a executar-se. Tot i això, es recomanable utilitzar una extensió del tipus .txt, ja que et permet visualitzar els resultats utilitzant qualsevol editor de text.
Naturalment. Pots escollir la longitut de les línies sense cap mena de restricció. Tot i això, recorda que la longitud màxima recomenada és de 80 caràcters.
La línia de descripció comença per ">gi|", com és habitual. La informació sobre la seqüència és introduïda per lŽusuari. Recorda posar el símbol "|" entre les diferents parts de la descripció, ja que el programa només inclourà el que sŽescriu després de "gi".
Transfasta 2003 versió 1.0 ha estat creat utilitzant GNU Emacs 21.2.1 (per a Linux) com a editor de text. Si lŽobres amb un editor diferent o amb una altra versió dŽemacs poden generar-se errors quan troba accents o dŽaltres lletres o símbols no emprats a lŽanglès (per exemple ç).
El català és la nostra llengua, de manera que el programa original està escrit en català. De moment, lŽúnica part traduïda són les preguntes. Versions posteriors inclouran també la traducció de lŽscript.