#!/usr/bin/perl -w

use strict;

#Declraració de les variables

my $fitxerentrada;
my $fitxersortida;
my $tipustumor;
my @noms;
my $linia;
my $i;
my $l;
my $e;
my @ratios;

#Entrada de les dades

print "-Quin fitxer vols dividir: ";
$fitxerentrada=<STDIN>;
chomp ($fitxerentrada);

print "-Quin grup de tumors vols: ";
$tipustumor=<STDIN>;
chomp ($tipustumor);


#Per si hi ha problemes ....

if (($tipustumor ne 'LT5Y') && ($tipustumor ne 'GT5Y') && ($tipustumor ne 'BRCA1')) {
    print "imposible realitzar aquesta selecció\n";
    exit (1);
}

print "-En quin fitxer vols el resultat: ";
$fitxersortida=<STDIN>;
chomp ($fitxersortida);

# Per si hi ha problemes.....

if (!open(FITXERENTRADA,"< $fitxerentrada")) {
    print "impossible obrir fitxer $fitxerentrada\n";
    exit(1);
}

if (!open(FITXERSORTIDA,"> $fitxersortida")) {
    print "impossible crear fitxer $fitxersortida\n";
    exit(1);
}


$linia=<FITXERENTRADA>;
@noms=split(/\t/,$linia);

$i=0;
 
print FITXERSORTIDA "$noms[0]\t $noms[1]\t";

while ($i < scalar(@noms)) {

    $e = $tipustumor."S"."\\d+";

    if ($noms[$i] =~ m/$e/) {
	print FITXERSORTIDA "$noms[$i]\t";
    }
    $i=$i+1;
}

print FITXERSORTIDA "\n";

while (<FITXERENTRADA>) {

    chomp;
    @ratios = split(/\t/);

    print FITXERSORTIDA "$ratios[0]\t $ratios[1]\t";
    
    if ($tipustumor eq 'BRCA1') {
	
	$l=2;
	while ($l < 20) { 
	    print FITXERSORTIDA "$ratios[$l]\t";
	    $l=$l+1;
	}
    }
    
    else {
   
            if($tipustumor eq 'LT5Y') {
		$l=22;
		
		while ($l < 57) { 
	          print FITXERSORTIDA "$ratios[$l]\t";
	          $l=$l+1;
	     }
	  }
	  
          else {
	      $l=57;
	      while ($l < 100) {
	            print FITXERSORTIDA "$ratios[$l]\t";
	            $l=$l+1;
	     }    
     
          }
    }

 print FITXERSORTIDA "\n";
}  

close (FITXERENTRADA);
close (FITXERSORTIDA);
