ComentarisRESUM DE LES SEQÜÈNCIES REPETITIVES:
Enrera
file name: /woody1/tmp/repmask/aBfm
sequences: 1
total length: 189955 bp
GC level: 43.30 %
bases masked: 79158 bp ( 41.67 %)
==================================================
number of length percentage
elements* occupied of sequence
--------------------------------------------------
SINEs: 99 21103 bp 11.11 %
ALUs 49 13627 bp 7.17 %
MIRs 50 7476 bp 3.94 %LINEs: 61 29343 bp 15.45 %
LINE1 27 20642 bp 10.87 %
LINE2 32 8436 bp 4.44 %
L3/CR1 2 265 bp 0.14 %LTR elements: 47 16693 bp 8.79 %
MaLRs 28 9588 bp 5.05 %
ERVL 12 4890 bp 2.57 %
ERV_classI 6 1733 bp 0.91 %
ERV_classII 1 482 bp 0.25 %DNA elements: 48 9758 bp 5.14 %
MER1_type 36 7203 bp 3.79 %
MER2_type 4 1522 bp 0.80 %Unclassified: 0 0 bp 0.00 %
Total interspersed repeats: 76897 bp 40.48 %
Small RNA: 0 0 bp 0.00 %
Satellites: 0 0 bp 0.00 %
Simple repeats: 23 1516 bp 0.80 %
Low complexity: 19 837 bp 0.44 %
Les seqüències repetitives representen un 41,7% del total de la seqüència AC090953, que es correspon amb les proporcions presents a tot el genoma, on hi ha un 60% de seqüències de DNA de còpia única o de molt baix número de còpies, i un 40% de DNA amb seqüències moderadement repetitives i altament repetitives. El major tipus de seqüències repetitives corresponen als LINEs seguits dels SINEs. Els SINEs són elements nuclears curts dispersos ( short interspersed nuclear elements ). La SINE humana més present es la família de repeticions Alu, també la més present de les SINEs a la seqüència. La repetició Alu és específica de primats i ha arribat a un gran nombre de còpies al genoma humà. Las LINES són elements nuclears llargs dispersos ( long interspersed nuclear elements ) el seu tamany de les repeticions pot arribar a 1,4 kb. mentre que els SINEs el seu tamany arriba a 280 pb, però solen ser més petites.