BG477629 Note Best alignment is between forward est and forward genome, and splice sites imply forward gene Exon 256 99.6 141280 141538 AC090953 2 259 gi +Intron -20 0.0 141539 145158 AC090953 Exon 148 99.3 145159 145308 AC090953 260 410 gi +Intron -20 0.0 145309 146977 AC090953 Exon 125 99.2 146978 147104 AC090953 411 537 gi +Intron -20 0.0 147105 147691 AC090953 Exon 64 100.0 147692 147755 AC090953 538 601 gi +Intron -20 0.0 147756 162374 AC090953 Exon 99 96.3 162375 162481 AC090953 602 710 gi +Intron -20 0.0 162482 170888 AC090953 Exon 98 93.3 170889 171002 AC090953 711 830 gi Span 691 98.2 141280 171003 AC090953 2 831 gi Segment 225 100.0 141280 141504 AC090953 2 226 gi Segment 33 100.0 141506 141538 AC090953 227 259 gi Segment 129 100.0 145159 145287 AC090953 260 388 gi Segment 21 100.0 145288 145308 AC090953 390 410 gi Segment 125 99.2 146978 147104 AC090953 411 537 gi Segment 64 100.0 147692 147755 AC090953 538 601 gi Segment 68 97.2 162375 162446 AC090953 602 673 gi Segment 32 100.0 162447 162478 AC090953 675 706 gi Segment 3 100.0 162479 162481 AC090953 708 710 gi Segment 10 100.0 170889 170898 AC090953 711 720 gi Segment 42 95.7 170899 170944 AC090953 722 767 gi Segment 7 100.0 170945 170951 AC090953 769 775 gi Segment 3 100.0 170952 170954 AC090953 777 779 gi Segment 4 100.0 170955 170958 AC090953 781 784 gi Segment 39 100.0 170959 170997 AC090953 786 824 gi Segment 5 100.0 170998 171002 AC090953 826 830 gi AC090953 vs gi: AC090953 141280 CTGCAAGCTAGGTGCCAGCGGGGAAAGTTTCCCTGCTTCTTATCGTCTGC 141329 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 2 CTGCAAGCTAGGTGCCAGCGGGGAAAGTTTCCCTGCTTCTTATCGTCTGC 51 AC090953 141330 TTTAACGCCTTAAATAGCCCGCTGAAGGCTGCAGCAGGTGCTAGGTAGCA 141379 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 52 TTTAACGCCTTAAATAGCCCGCTGAAGGCTGCAGCAGGTGCTAGGTAGCA 101 AC090953 141380 GCCTCCCGGCCCTCGGGAAAGGCGGGGTGGGGAGGCGAGAGCAGCTTAGC 141429 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 102 GCCTCCCGGCCCTCGGGAAAGGCGGGGTGGGGAGGCGAGAGCAGCTTAGC 151 AC090953 141430 CTCCTCGACCTCCCTTCCTGGTGACGGACGAACAGTTCCCGTAGAATTTC 141479 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 152 CTCCTCGACCTCCCTTCCTGGTGACGGACGAACAGTTCCCGTAGAATTTC 201 AC090953 141480 GCTTCACCGAGTGACCTTGAGCCCAGGGCGACGGTCAGCTTGTTAATTCC 141529 ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| gi 202 GCTTCACCGAGTGACCTTGAGCCCA-GGCGACGGTCAGCTTGTTAATTCC 250 AC090953 141530 TGGCTGCAGgtaca......tgcagGAACTTTGTGAGAATTTTAATGCAT 145183 |||||||||>>>>> 3620 >>>>>||||||||||||||||||||||||| gi 251 TGGCTGCAG................GAACTTTGTGAGAATTTTAATGCAT 284 AC090953 145184 GGAAAAGCTGTCCATGTTCCAACTGCTGTACATCCAAAAGTCTCAGTGTA 145233 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 285 GGAAAAGCTGTCCATGTTCCAACTGCTGTACATCCAAAAGTCTCAGTGTA 334 AC090953 145234 ATAGCAGGACCAAAATATTCTGTCAATCAGCTGACCATATACTTAATGAC 145283 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 335 ATAGCAGGACCAAAATATTCTGTCAATCAGCTGACCATATACTTAATGAC 384 AC090953 145284 TCCT-AAAATCTCGTGGACTTCTAAGgtaag......cccagAAAGCGCC 146985 |||| |||||||||||||||||||||>>>>> 1669 >>>>>|||||||| gi 385 TCCTAAAAATCTCGTGGACTTCTAAG................AAAGCGCC 418 AC090953 146986 ATGGCCTGTGCTGCTGTTATGATTCCTGGGTTGTTGCGGTGCTCTGTTGG 147035 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 419 ATGGCCTGTGCTGCTGTTATGATTCCTGGGTTGTTGCGGTGCTCTGTTGG 468 AC090953 147036 AGCCATCCGTATTGAGGCTGCGTCACTGAGATTGACACTCAGCACTTTGC 147085 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 469 AGCCATCCGTATTGAGGCTGCGTCACTGAGATTGACACTCAGCACTTTGC 518 AC090953 147086 GCCACCTTACTCTAACCAGgtgag.....taaagCATAATGAAATCCAAA 147707 |||| ||||||||||||||>>>>> 587 >>>>>|||||||||||||||| gi 519 GCCATCTTACTCTAACCAG...............CATAATGAAATCCAAA 553 AC090953 147708 AGGAAAACTGATCACATGGAGAGAACTGCAAGTGTCCTTCGACGGGAGgt 147755 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>> gi 554 AGGAAAACTGATCACATGGAGAGAACTGCAAGTGTCCTTCGACGGGAG.. 601 AC090953 147755 ttg.......tttagATTGTGTCAGCAGCTAAGGTGTGTGGAGCTGCCAG 162409 >>> 14619 >>>>>|||||| |||||||||||||||||||||||||||| gi 601 ...............ATTGTGGCAGCAGCTAAGGTGTGTGGAGCTGCCAG 636 AC090953 162410 TGAGTCACCGTCAGTGAAGAGCCTCCGCTTGCTTGTT-GCTGATCAAGAC 162458 ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| gi 637 TGAGTCACCGTCAGTGAAGAGCCTCCGTTTGCTTGTTGGCTGATCAAGAC 686 AC090953 162459 TTTTCCTTTAAAGCTGGCCA-GTGgtaag......tttagGGTTGATTTC 170898 |||||||||||||||||||| |||>>>>> 8407 >>>>>|||||||||| gi 687 TTTTCCTTTAAAGCTGGCCAGGTG................GGTTGATTTC 720 AC090953 170899 -TTTATTCCAGGAGTCTCTGTGGTTGGTGGGTTTTCAATATGCTCCA-GT 170946 ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| || gi 721 TTTTATTCCAGGAGTCTCTGTGGTGGGTGGGGTTTCAATATGCTCCAGGT 770 AC090953 170947 CCCAG-ACT-GCTA-GAACAAGAGAGAGTGATAGAATTGGCAGTGAAATA 170993 ||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 771 CCCAGAACTGGCTAGGAACAAGAGAGAGTGATAGAATTGGCAGTGAAATA 820 AC090953 170994 TACG-AACCA 171002 |||| ||||| gi 821 TACGAAACCA 830 Alignment Score: 691