ALINIAMENTS DEL EST2GENOME:
 

- En Forward:

Per al gen 2:

AA625449
BG715977
BG897582
BG927804
BG722206
BG926353

Per al gen 5 ( segons Genscan ), 4 ( segons el Geneid )

AW772312
BI517820
BG477629
AA888054
AV687688
AL583453

Aquest aliniament  amb el programa EST2GENOME prediu nous aliniaments amb els ESTs seleccionats que el programa Blast no predèia, de manera que ara suporten exons adicionals cosa que no feinen en  els resultats obtinguts amb anterioritat.
En algun dels casos l'alineament es produeix en les mateixen posicions que ho feia amb l'alineament obtingut amb el Blast, però en altres casos apareixen fins a dues regions més d'alineament suportant d'aquesta manera dos regions exòniques més en aquests casos.
D'aquesta manera, els ESTs s'allargen i suporten més exons del  que anteriorment feien. (imatge)
 

- En Reverse:

Per al gen 4 ( segons el Genscan ), 3  (segons el Geneid )

AA625207

En aquest cas el , les regions aliniades són les mateixes que aquelles que aliniava amb el programa Blast (imatge)

Enrera



SPLICE SITE NO CANONIC.

Els Est anomenats en aquesta secció BG722206, BG6926353 i BG6927804  alinien amb  diversos llocs de la nostra sequència. Tots els aliniaments reforcen les prediccions exóniques fetes pel Geneid o pel Genscan pel gen2, menys una regió, que no és predita com un exó per cap dels programes, però en canvi apareix amb claredat als aliniaments dels Est. En un anàlisi més acurat d'aquestes regions es va descubrir en aquest lloc d'aliniament un lloc d'splice no canònic:

BG927804  95554 GTTTCTCTGGAAaggca.....ctttcAGCTCCACAACACTGGACTTGGG  95963
                ||||||||||||????? 375 ?????|||||||||||||||||||||||
      gi    320 GTTTCTCTGGAA...............AGCTCCACAACACTGGACTTGGG    354

BG722206  95533 ACCCATCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAAaggca.....ctttcAG  95942
                ||| |||||||||||||||||||||||||||||????? 375 ?????||
      gi    215 ACCTATCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAA...............AG    249

BG926353  95538 TCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAAaggca.....ctttcAGCTCCA  95947
                ||||||||||||||||||||||||||||????? 375 ?????|||| ||
      gi    538 TCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAA...............AGCTTCA    572
 
 

Aquest Splice site no canònic podria ser la causa de que els programes de predicció de gens no haguèssin predit un exó en aquesta regió de la nostra seqüència.

Enrera