ALINIAMENTS DEL EST2GENOME:
- En Forward:
Per al gen 2:
AA625449
BG715977
BG897582
BG927804
BG722206
BG926353Per al gen 5 ( segons Genscan ), 4 ( segons el Geneid )
AW772312
BI517820
BG477629
AA888054
AV687688
AL583453Aquest aliniament amb el programa EST2GENOME prediu nous aliniaments amb els ESTs seleccionats que el programa Blast no predèia, de manera que ara suporten exons adicionals cosa que no feinen en els resultats obtinguts amb anterioritat.
En algun dels casos l'alineament es produeix en les mateixen posicions que ho feia amb l'alineament obtingut amb el Blast, però en altres casos apareixen fins a dues regions més d'alineament suportant d'aquesta manera dos regions exòniques més en aquests casos.
D'aquesta manera, els ESTs s'allargen i suporten més exons del que anteriorment feien. (imatge)
- En Reverse:
Per al gen 4 ( segons el Genscan ), 3 (segons el Geneid )
En aquest cas el , les regions aliniades són les mateixes que aquelles que aliniava amb el programa Blast (imatge)
Els Est anomenats en aquesta secció BG722206, BG6926353 i BG6927804 alinien amb diversos llocs de la nostra sequència. Tots els aliniaments reforcen les prediccions exóniques fetes pel Geneid o pel Genscan pel gen2, menys una regió, que no és predita com un exó per cap dels programes, però en canvi apareix amb claredat als aliniaments dels Est. En un anàlisi més acurat d'aquestes regions es va descubrir en aquest lloc d'aliniament un lloc d'splice no canònic:
BG927804 95554 GTTTCTCTGGAAaggca.....ctttcAGCTCCACAACACTGGACTTGGG 95963
||||||||||||????? 375 ?????|||||||||||||||||||||||
gi 320 GTTTCTCTGGAA...............AGCTCCACAACACTGGACTTGGG 354BG722206 95533 ACCCATCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAAaggca.....ctttcAG 95942
||| |||||||||||||||||||||||||||||????? 375 ?????||
gi 215 ACCTATCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAA...............AG 249BG926353 95538 TCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAAaggca.....ctttcAGCTCCA 95947
||||||||||||||||||||||||||||????? 375 ?????|||| ||
gi 538 TCTGAACCCAGGCCCAGTTTCTCTGGAA...............AGCTTCA 572
Aquest Splice site no canònic podria ser la causa de que els programes de predicció de gens no haguèssin predit un exó en aquesta regió de la nostra seqüència.