AW772312 Note Best alignment is between forward est and forward genome, but splice sites imply REVERSED GENE Exon 446 99.8 136415 136862 AC090953 5 452 gi -Intron -20 0.0 136863 140801 AC090953 Exon 107 100.0 140802 140908 AC090953 453 559 gi Span 534 99.8 136415 140909 AC090953 5 560 gi Segment 446 99.8 136415 136862 AC090953 5 452 gi Segment 107 100.0 140802 140908 AC090953 453 559 gi AC090953 vs gi: AC090953 136415 TCAAAAATACAATCTCTTTTTTATTAAGAAATCCTAATGACTGAGGTAGA 136464 ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| gi 5 TCAAAAATACAATCTCTTTTTTATTAAAAAATCCTAATGACTGAGGTAGA 54 AC090953 136465 TGATGCTGTTGTCAGATACCGAAGTAATTTGGTTTAAGATATGAAAATGA 136514 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 55 TGATGCTGTTGTCAGATACCGAAGTAATTTGGTTTAAGATATGAAAATGA 104 AC090953 136515 TGAAACCAAGGGAAAGAAAGCACTGTTTTGAAATTATCTTCTTTTAAATT 136564 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 105 TGAAACCAAGGGAAAGAAAGCACTGTTTTGAAATTATCTTCTTTTAAATT 154 AC090953 136565 TAGATGCATAATTAAGAATGCTTCCAATTTAAGGTTCTAAGCACAAAATC 136614 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 155 TAGATGCATAATTAAGAATGCTTCCAATTTAAGGTTCTAAGCACAAAATC 204 AC090953 136615 CAGATATGTCATGTTATGGACTTGCTTCCTGAAGATGATATCAGCAGTTG 136664 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 205 CAGATATGTCATGTTATGGACTTGCTTCCTGAAGATGATATCAGCAGTTG 254 AC090953 136665 ATAGAAAGAATCCACACTCTTACAGAACAGCAAATCATAAATGGTTGTCT 136714 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 255 ATAGAAAGAATCCACACTCTTACAGAACAGCAAATCATAAATGGTTGTCT 304 AC090953 136715 CTGTGAAGCCAGTAGCTTTGCATTCGATATTTCTATCTGGGCTCATTCCA 136764 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 305 CTGTGAAGCCAGTAGCTTTGCATTCGATATTTCTATCTGGGCTCATTCCA 354 AC090953 136765 AATGTTCAGGATTTGGATTCCTGAAGGCTTCTTCAGCATTTAACTAATTC 136814 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 355 AATGTTCAGGATTTGGATTCCTGAAGGCTTCTTCAGCATTTAACTAATTC 404 AC090953 136815 TTTGTTGGCTGAAGGGGCTGGGACTGTTTCTCCACACACAAACTGATCct 136862 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<< gi 405 TTTGTTGGCTGAAGGGGCTGGGACTGTTTCTCCACACACAAACTGATC.. 452 AC090953 136862 aag......gttacCTTGGTGATGGAGAAGTTATCTCCACATGGGCAGGG 140837 <<< 3939 <<<<<|||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 452 ..............CTTGGTGATGGAGAAGTTATCTCCACATGGGCAGGG 488 AC090953 140838 ATAGAAATACGTCTCCGAGTCCTCGTCATATTGGAAGTCCTCGATTTCCA 140887 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 489 ATAGAAATACGTCTCCGAGTCCTCGTCATATTGGAAGTCCTCGATTTCCA 538 AC090953 140888 CCTCGTCATGAAACACTGCCA 140908 ||||||||||||||||||||| gi 539 CCTCGTCATGAAACACTGCCA 559 Alignment Score: 534