AV687688 Note Best alignment is between forward est and forward genome, and splice sites imply forward gene Exon 77 100.0 162405 162481 AC090953 1 77 gi +Intron -20 0.0 162482 170888 AC090953 Exon 142 100.0 170889 171030 AC090953 78 219 gi +Intron -20 0.0 171031 177658 AC090953 Exon 243 100.0 177659 177901 AC090953 220 462 gi +Intron -20 0.0 177902 178672 AC090953 Exon 96 95.4 178673 178781 AC090953 463 567 gi +Intron -20 0.0 178782 179440 AC090953 Exon 38 95.2 179441 179482 AC090953 568 609 gi Span 517 98.9 162405 179483 AC090953 1 610 gi Segment 77 100.0 162405 162481 AC090953 1 77 gi Segment 142 100.0 170889 171030 AC090953 78 219 gi Segment 243 100.0 177659 177901 AC090953 220 462 gi Segment 62 100.0 178673 178734 AC090953 463 524 gi Segment 42 97.7 178739 178781 AC090953 525 567 gi Segment 38 95.2 179441 179482 AC090953 568 609 gi AC090953 vs gi: AC090953 162405 GCCAGTGAGTCACCGTCAGTGAAGAGCCTCCGCTTGCTTGTTGCTGATCA 162454 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 1 GCCAGTGAGTCACCGTCAGTGAAGAGCCTCCGCTTGCTTGTTGCTGATCA 50 AC090953 162455 AGACTTTTCCTTTAAAGCTGGCCAGTGgtaag......tttagGGTTGAT 170895 |||||||||||||||||||||||||||>>>>> 8407 >>>>>||||||| gi 51 AGACTTTTCCTTTAAAGCTGGCCAGTG................GGTTGAT 84 AC090953 170896 TTCTTTATTCCAGGAGTCTCTGTGGTTGGTGGGTTTTCAATATGCTCCAG 170945 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 85 TTCTTTATTCCAGGAGTCTCTGTGGTTGGTGGGTTTTCAATATGCTCCAG 134 AC090953 170946 TCCCAGACTGCTAGAACAAGAGAGAGTGATAGAATTGGCAGTGAAATATA 170995 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 135 TCCCAGACTGCTAGAACAAGAGAGAGTGATAGAATTGGCAGTGAAATATA 184 AC090953 170996 CGAACCACCCTCCTGCCCTCTGGGTTCACAATACGgtaag......ctta 171030 |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>>> 6628 >>>> gi 185 CGAACCACCCTCCTGCCCTCTGGGTTCACAATACG............... 219 AC090953 171030 gTGTACACTTGACTGTGAAGTGGCTGTGAGAGTGGGTGGAGAGTTCTTCT 177707 >||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 219 .TGTACACTTGACTGTGAAGTGGCTGTGAGAGTGGGTGGAGAGTTCTTCT 268 AC090953 177708 TTGACCCTCAGCCTGCGGATGCCTCTAGAAACCTCGTGTTGATTGCAGGA 177757 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 269 TTGACCCTCAGCCTGCGGATGCCTCTAGAAACCTCGTGTTGATTGCAGGA 318 AC090953 177758 GGAGTCGGAATTAACCCTCTGCTTTCCATCCTGCGGCACGCAGCAGATCT 177807 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 319 GGAGTCGGAATTAACCCTCTGCTTTCCATCCTGCGGCACGCAGCAGATCT 368 AC090953 177808 CCTCAGAGAGCAGGCAAACAAAAGAAATGGATATGAGATAGGAACAATAA 177857 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 369 CCTCAGAGAGCAGGCAAACAAAAGAAATGGATATGAGATAGGAACAATAA 418 AC090953 177858 AACTATTCTACAGTGCAAAAAATACCAGCGAACTCCTGTTTAAGgtaag. 177901 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>>> gi 419 AACTATTCTACAGTGCAAAAAATACCAGCGAACTCCTGTTTAAG...... 462 AC090953 177901 ....tccagAAAAATATCCTTGATTTAGTAAATGAATTTCCTGAGAAGAT 178713 771 >>>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 462 .........AAAAATATCCTTGATTTAGTAAATGAATTTCCTGAGAAGAT 503 AC090953 178714 TGCATGCAGTTTGCATGTTACAAAACAGACTACACAAATCAATGCGGAAC 178763 ||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| gi 504 TGCATGCAGTTTGCATGTTAC----CAGACTACACANATCAATGCGGAAC 549 AC090953 178764 TCAAGCCATACATCACGGgtgag.....ggtagAAGGAAGAATAACGGAG 179457 ||||||||||||||||||>>>>> 659 >>>>>|| |||||||||||||| gi 550 TCAAGCCATACATCACGG...............AAAGAAGAATAACGGAG 584 AC090953 179458 AAGGAGATAAGAGATCATATTTCAA 179482 ||||||||||||||||||||||| | gi 585 AAGGAGATAAGAGATCATATTTCCA 609 Alignment Score: 517