Note Best alignment is between forward est and forward genome, but splice sites imply REVERSED GENE Exon 445 100.0 136418 136862 AC090953 1 445 gi -Intron -20 0.0 136863 140187 AC090953 Exon 75 100.0 140188 140262 AC090953 446 520 gi -Intron -20 0.0 140263 140801 AC090953 Exon 99 96.3 140802 140908 AC090953 521 627 gi Span 580 99.4 136418 140909 AC090953 1 628 gi Segment 445 100.0 136418 136862 AC090953 1 445 gi Segment 75 100.0 140188 140262 AC090953 446 520 gi Segment 99 96.3 140802 140908 AC090953 521 627 gi AC090953 vs gi: AC090953 136418 AAAATACAATCTCTTTTTTATTAAGAAATCCTAATGACTGAGGTAGATGA 136467 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 1 AAAATACAATCTCTTTTTTATTAAGAAATCCTAATGACTGAGGTAGATGA 50 AC090953 136468 TGCTGTTGTCAGATACCGAAGTAATTTGGTTTAAGATATGAAAATGATGA 136517 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 51 TGCTGTTGTCAGATACCGAAGTAATTTGGTTTAAGATATGAAAATGATGA 100 AC090953 136518 AACCAAGGGAAAGAAAGCACTGTTTTGAAATTATCTTCTTTTAAATTTAG 136567 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 101 AACCAAGGGAAAGAAAGCACTGTTTTGAAATTATCTTCTTTTAAATTTAG 150 AC090953 136568 ATGCATAATTAAGAATGCTTCCAATTTAAGGTTCTAAGCACAAAATCCAG 136617 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 151 ATGCATAATTAAGAATGCTTCCAATTTAAGGTTCTAAGCACAAAATCCAG 200 AC090953 136618 ATATGTCATGTTATGGACTTGCTTCCTGAAGATGATATCAGCAGTTGATA 136667 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 201 ATATGTCATGTTATGGACTTGCTTCCTGAAGATGATATCAGCAGTTGATA 250 AC090953 136668 GAAAGAATCCACACTCTTACAGAACAGCAAATCATAAATGGTTGTCTCTG 136717 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 251 GAAAGAATCCACACTCTTACAGAACAGCAAATCATAAATGGTTGTCTCTG 300 AC090953 136718 TGAAGCCAGTAGCTTTGCATTCGATATTTCTATCTGGGCTCATTCCAAAT 136767 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 301 TGAAGCCAGTAGCTTTGCATTCGATATTTCTATCTGGGCTCATTCCAAAT 350 AC090953 136768 GTTCAGGATTTGGATTCCTGAAGGCTTCTTCAGCATTTAACTAATTCTTT 136817 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 351 GTTCAGGATTTGGATTCCTGAAGGCTTCTTCAGCATTTAACTAATTCTTT 400 AC090953 136818 GTTGGCTGAAGGGGCTGGGACTGTTTCTCCACACACAAACTGATCctaag 136862 |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||<<<<< gi 401 GTTGGCTGAAGGGGCTGGGACTGTTTCTCCACACACAAACTGATC..... 445 AC090953 136862 ......cttacTTTGTCATAAATCACTTTTATAATGAGAGAGCAGCTAGG 140226 3325 <<<<<||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 445 ...........TTTGTCATAAATCACTTTTATAATGAGAGAGCAGCTAGG 484 AC090953 140227 ACACGTTGCCACGTCTTCCCCATTCTCCAAATCTTCctaca.....gtta 140262 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||<<<<< 539 <<<< gi 485 ACACGTTGCCACGTCTTCCCCATTCTCCAAATCTTC.............. 520 AC090953 140262 cCTTGGTGATGGAGAAGTTATCTCCACATGGGCAGGGATAGAAATACGTC 140850 <||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| gi 520 .CTTGGTGATGGAGAAGTTATCTCCACATGGGCAGGGATAGAAATACGTC 569 AC090953 140851 TCCGAGTCCTCGTCATATTGGAAGTCCTCGATTTCCACCTCGTCATGAAA 140900 ||||||||||||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||| gi 570 TCCGAGTCCTCGTCATATTGGTAGTCCTCGATTTTCTACTCGTCATGAAA 619 AC090953 140901 CACTGCCA 140908 |||||||| gi 620 CACTGCCA 627 Alignment Score: 580